Флотом управлял вице-адмирал Макаров С.О. перед самой войной неожиданно назначенный командующим 1-ой Тихоокеанской эскадрой на Дальнем Востоке. Адмирал был прогрессивным человеком того времени, который был не только хорошим боевым командиром, но и глубоко знающим свое дело корабельным инженером. Под непосредственным наблюдением и по указаниям Макарова С. О. Был построен первый в России мощный ледокол «Ермак». Отстаивая идею освоения Севера, Макаров С.О. писал: « Простой взгляд на карту России показывает, что она своим фасадом выходит на Ледовитый океан. Мощный ледокол откроет дверь в этом главном фасаде, он снимет ледяные ставни с окна, которое Петр Первый прорубил в Европу.» Девизом всей его плодотворной жизни было: «В море - значит дома» и «Помни о войне». Этот девиз выбит на его памятнике, установленном в Кронштадте.
Японское командование, как уже говорилось выше, основными военными целями ставило: полное господство на море, а на суше японцы в первую очередь стремились овладеть Порт-Артуром и затем распространить свои военные успехи на Корею и Маньчжурию, вытеснив из этих районов русских.
Кропоткин А.Н. с самого начала боевых действий дал приказ по армии вести пассивно-оборонительные действия войскам с целью выиграть время для подхода и сосредоточения сил, растянутых почти на пол Сибири. Японская армия, воспитанная в духе шовинизма, отличавшаяся хорошей индивидуальной подготовкой солдата, воспользовавшись явной нерешительностью русского командования, с первых дней военных действий перехватила инициативу в свои руки.
Не смотря на героизм русских солдат и младших офицеров, подготовка русской армии страдала недооценкой огневого удара и инженерного обеспечения перед его нанесением, слабым взаимодействием различных родов войск, за что, в первую очередь, отвечало высшее русское командование. Прогрессивные офицеры армии и флота, такие как Макаров С.О., Кондратенко Р.И. и другие, не могли своими усилиями преодолеть косность и бюрократизм, которые повсеместно были распространены не только в армии, но и во всем царском обществе. Они не могли преодолеть всего того, с чем, пока безуспешно, борются и в современном нашем обществе.
Военная промышленность царской России выпускала достаточно хорошее по тому времени снаряжение и вооружение для армии, но из за нерасторопности военного ведомства и отчасти из за удаленности театра военных действий от основных военных заводов, в армии постоянно ощущался большой недостаток пулеметов, которые были тогда одним из высших достижений военной мысли, тяжелой артиллерии в горной местности боевых действий. Не хватало горных орудий и технических средств для их доставки.
В период с января по март 1904 года действия японцев сводились к блокированию Порт-Артура и уничтожению находящейся там русской эскадры. В ночь на 27 января японские корабли, в основном миноносцы, внезапно атаковали русскую эскадру, которая стояла на внешнем рейде, обнаженная со стороны открытого моря. В результате внезапного удара русская эскадра потеряла два броненосца «Цесаревич» и «Ротвизан» и крейсер «Паллада», чем сильно подорвали мощь русской эскадры.
Днем того же числа большая группа японских кораблей в составе 6 крейсеров и 8 миноносцев блокировали в корейском порту русские крейсер «Варяг», которым командовал капитан 1-ого ранга Руднев В.Д. и канонерскую лодку «Кореец».
Наши корабли сделали попытку прорвать вражескую блокаду, но в скоротечном бою с превосходящими силами противника, повредив два японских крейсера и часть миноносцев, все же не смогли пробить себе дорогу в океан. Не желая сдаваться превосходящему по силе врагу, крейсер «Варяг» был затоплен экипажем, а канонерская лодка «Кореец» взорвана. Этот героический бой и храбрые действия русских моряков навеки остались в народной памяти в широко известной песне «Крейсер Варяг», где есть такие строки: «... сами взорвали «Кореец», нами потоплен «Варяг»»
Лишь 24 февраля 1904 года в Порт-Артур прибыл адмирал Макаров С.О. и с его прибытием, благодаря его энергичным мерам, оборона военно-морской базы была основательно укреплена, а оставшиеся корабли эскадры настолько повысили свою боеспособность, что японцы уже не осмеливались соваться на рейд Порт-Артура. Макаров первым делом постарался изгнать с эскадры дух казармы, чтобы моряки ощутили себя мореходами, верящими в победу. От подчиненных он требовал лишь полной откровенности, «а полного согласия со мною...не потерплю».Макаров говорил: « Война-дело живое, она равнодушия и казенщины не терпит.» Но к сожалению кипучая деятельность адмирала трагически оборвалась. 31 марта случилось несчастье. Броненосец «Петропавловск», на котором находился Макаров С.О. подорвался на мине и в считанные минуты затонул. Это была невосполнимая потеря для русского флота и всей армии в целом. Матросы говорили: «Голова пропала, вот что важно.» Даже японцы устроили траурную демонстрацию, выражая свое уважение к памяти павшего героя. Имя Степана Осиповича давно славилось в Японии, сам военно-морской министр Ямомото высоко оценивал его вклад в развитие науки о флоте, в теорию кораблестроения. Вместе с броненосцем погиб и другой известный в России человек: живописец Верещагин-автор знаменитых картин батального жанра, воспевший в своих картинах героизм русского солдата и весь антигуманный смысл войны.
И после гибели Макарова случилось то, чего он опасался и против чего боролся: порт-артурскую эскадру постепенно прибрала к своим рукам армейское начальство. Оставшийся в Порт-Артуре флот перешел к пассивной обороне, а к весне 1904 года, по приказу нового коменданта базы Стесселя А.М., с него сняли даже часть орудий, чтобы укрепить сухопутную линию обороны.
Японские военные корабли, внезапно появившись в акватории Владивостока, в течении 45 минут беспрепятственно обстреливали город. Пока в гавани обкалывали лед вокруг крейсеров, японцы безнаказанно скрылись за горизонтом. Но этот пиратский выпад не прошел для японцев даром. Корабли Владивостокской эскадры совершили дерзкий рейд к берегам Японии, потопив несколько судов со стратегическим военным грузом из Америки для Японии. Японская эскадра под командованием адмирала Камимура была бессильна перехватить их. Особенный гнев в Японии вызвало сообщение о том, что русская эскадра, состоявшая всего из четырёх крейсеров, не только провела японского адмирала, но и пройдя проливами между островами, потопили транспорты с японской императорской гвардией, одним смелым ударом пустив на дно цвет японского воинства.
А положение на сухопутном фронте ухудшалось с каждым месяцем. Японские войска, высадившись в Корее, атаковали восточный отряд генерала Засулича М.И., который прикрывал южную Манчжурию. Японский маршал Куроки, поддержанный флотом Того, первым высадил свои дивизии в Корее и, форсировав реку Ялу, в середине апреля завязал бои с русскими войсками. Против 60-тысячной японской армии генерала Куроки у Засулича М.И. было в наличии лишь 20 тысяч солдат. Да к тому же, японцы превосходили русские войска по артиллерии в два с лишним раза. Под натиском превосходящих сил противника наши войска отступили, что дало японцам возможность, высадив еще один десант, уже в южной Манчжурии, атаковать русские укрепления, прикрывавшие перешеек Квантунского полуострова, где был расположен Порт-Артур и порт Дальний. Преодолевая героическое сопротивление русских солдат, японцы благодаря многократному превосходству в численности (30 тысяч против 4) и неумелому, а зачастую и предательскому (генерал Фок А.В.) поведению царских генералов, всеобщей неразберихи в штабах отдельных полков и дивизий, овладели «горлом» Квантунского перешейка - Кинчжоу. Кинчжоу- самое узкое место Квантунского полуострова. Это ключ к Порт-Артуру. 13 мая этот ключ сдали японцам. Возмущенный Витгефт В.К., командир порт-артурской эскадры, писал наместнику: «Я не считаю себя вправе входить в оценку действий командующего сухопутными силами, тем не менее никто не ожидал столь быстрого оставления Кинчжоуской позиции.» Но генералы твердо помнили и на деле выполняли наставление Куропаткина: «Главное на войне - вовремя отступить. И не бойтесь неудач: они только укрепляют нашу армию...». Тем самым японцы окружили Порт-Артур, отрезав от сухопутной армии.
Ввиду угрозы сдачи Порт-Артура остатки 1-ой Тихоокеанской эскадры под командованием контр-адмирала Витгефта В.К. сделала попытку в июне прорваться во Владивосток. Но выйдя в открытое море и встретив японцев, Витгефт В.К. струсил и, не вступая в бой, вернул эскадру в Порт-Артур.
Через месяц, в июле, по настойчивому приказанию адмирала Алексеева Е.И.,эскадра вновь попыталась прорвать японскую морскую блокаду. На этот раз Витгефт В.К. не посмел уклониться от боя и даже, по словам очевидцев, проявил в своих действиях храбрость. Но, к несчастью, был убит во время боя разорвавшимся снарядом. С его гибелью управление эскадрой было потеряно и она во второй раз вернулась в Порт-Артур. Причем не все: из-за потери общего управления, часть кораблей укрылась в нейтральных портах, где были разоружены, а экипажи интернированы. Владивостокская эскадра, получив сообщение о том, что Витгефт вышел со своими кораблями из Порт-Артура на прорыв, поспешила им на помощь, чтобы соединившись оказать достойный отпор японцам на море. Но Витгефт не смог прорваться и вернулся на базу. В результате Эскадра Владивостока вынуждена была одна сражаться со значительно превосходящими силами противника. Позднее историки писали: «Таких потерь в личном составе не было еще нив одной морской битве после Наварина (1827год) и, в частности, наш флот еще ни разу не нес подобного урона. такой адский бой.» Во Владивосток вернулись лишь три крейсера, «Рюрик» Действительно нужно быть железными существами, чтобы выдержать был потоплен. В бою погибло 1178 матроса и 45 офицеров. Военно-морской флот Японии выполнил поставленную перед ним задачу и обеспечил себе господство на море.