Хотя флот и получил твёрдую организацию, но она оказалась довольно громоздкой, делопроизводство было усложнено, вопросы решались медленно.
Коллегию, которая осуществляла «верхнюю дирекцию» над флотом, возглавлял президент, а в его отсутствие - вице-президент. В состав присутствия (общего собрания) коллегии входило пять-семь флагманов, преимущественно из тех, кто по возрасту и состоянию здоровья был неспособен к строевой службе. На заседаниях коллегии присутствовали также прокурор и обер-секретарь. Последний готовил и докладывал поступавшие на рассмотрение дела. Ему подчинялся рабочий орган коллегии - Канцелярия. В ней по штату полагалось иметь 24 служащих, включая сторожей, которые использовались и в качестве курьеров. В состав коллегии для ведения судебных дел входил также обер-аудитор с подчиненными ему аудитором и канцелярскими служащими. Президент Адмиралтейств-коллегии должен был еженедельно бывать на верфях в Петербурге, раз в месяц – в Кронштадте, раз в две недели – в морских учебных заведениях и госпиталях. При вооружении флота в Кронштадте и его возвращении из плавания присутствовали президент, вице президент или два члена коллегии.
Точное время образования подведомственных Адмиралтейств-коллегии учреждений и первоначальные их штаты установить трудно. К январю 1722 г., то есть перед изданием «Регламента», существовали: Военная морская канцелярия, Экипажеская, Обер-сарваерская, Подрядная, Провиантская, Счетная, Мундирная, Лесная конторы, а также: Цейхмейстерское, Аудиторское, Казначейское, Цалмейстерское правления дел.
Судя по перечню должностных лиц, подчиненных Адмиралтейств-коллегии, к весне 1722 г. состав этих органов несколько изменился. В «Регламенте» упомянуты должности генерал-кригскомиссара, контролера, обер-комиссара от покупки и подряда, казначея, цалмейстера, обер-провиантмейстера, цейхмейстера. Кроме того, в нем были предусмотрены должности начальников контор обер-сарваера и Адмиралтейской. В общей сложности в центральных органах управления флота служило 120 человек, а с представителями их в портах – 151 (не считая начальников учреждений) !
С 13 (24) июня 1723 г. все структурные подразделения Адмиралтейств-коллегии стали именоваться конторами. В 1725 г. функционировали следующие, конторы: Генерал-кригскомиссариатская, или Комиссариатская (общие вопросы обеспечения личного состава флота, ведение списков личного состава, руководство морскими госпиталями), Подрядная (проведение торгов, организация закупок), Провиантская (прием, хранение и выдача продовольствия), Казначейская (прием и расходование денег), Цалмейстерская (выдача жалованья личному составу), Цейхмейстерская (артиллерийская), Адмиралтейская (заведование верфями, складами, снабжением и оснащением кораблей), Обер-сарваерская (расходование лесных припасов, постройка кораблей), Контролерская (контроль за приходом и расходом материальных и денежных средств) и Мундирная (заготовление и выдача обмундирования). (рис. 1) В 1726 г. была учреждена Вальдмейстерская контора (заведование заповедными лесами). Наряду с ними, осуществляя сбор денег и заготовку провианта для флота, действовала Московская адмиралтейская контора. Начальники контор членами коллегии не являлись и присутствовали на ее заседаниях лишь при обсуждении дел, относившихся к их ведению. Основным рабочим органом Адмиралтейств-коллегии оставалась Канцелярия, которая оформляла протоколы заседаний и решения коллегии по де- лам, поступавшим от флагманов, из контор, портов, Морской академии и школ, а также по секретным делам и делам о производстве в чины, вела работу по составлению регламентов и тарифов. Регламент своей работы Адмиралтейств-коллегия определила 20 (31) января 1719 г. Было решено, что заседания коллегии будут происходить три раза в неделю. По вторникам должны были рассматриваться дела комиссариатские и экипажеские, по четвергам – дела, связанные с подрядами, строительством и провиантом, по субботам рассматривались челобитные, доношенная в счета. Важнейшие дела рассматривались в начале заседаний. Члены коллеги должны были собираться с восьми до половины девятого утра, заседания продолжались до полудня.
Из всего этого вывод ещё раз - порядок принятия решений Адмиралтейств-коллегией был крайне осложнен бюрократическими правилами и обычаями. Все входящие бумаги адресовались коллегии. Поступившие бумаги докладывались присутствию обер-секретарём в подлиннике. Если при этом требовались справки из дел и законов, то они предварительно разрабатывались в тех конторах, которых это касалось непосредственно. Принятые с общего согласия членов коллегии решения именовались приговорами, или резолюциями. В первые годы существования коллегии каждая резолюция на особом листе за подписью всех членов коллегии вместе с документами, раскрывавшими порядок рассмотрения дела, передавалась на исполнение в соответствующую контору. В случае если к исполнению решения