В конце 15 века возникла Оружейная палата - арсенал Русского государства, ведавший изготовлением и хранением оружия. С 1511 года известна должность оружничего, возглавлявшего эту палату. Для заведования Оружейной палатой был создан Оружейный приказ. Руководство изготовлением ручного, холодного и огнестрельного оружия, а также предохранительного снаряжения (брони, шлемы, панцири и др.) осуществлял известный с 1573 года Бронный приказ.
Развитие артиллерии в Русском государстве в Ливонскую войну привело к образованию Пушкарского приказа (известен с 1577 года), который стал главным артиллерийским управлением. Приказ имел и некоторые военно-инженерные функции: строил укрепления на границах.
Деятельность Пушкарского приказа переплеталась с приказом Каменных дел, или Каменным. Приказ Каменных дел был учреждён приблизительно в конце 1583 - начале 1584 года и заведовал «записными» каменщиками, кирпичниками и другими ремесленниками строительного дела, проживавшими отдельными слободами в городах. В его ведении находились каменоломни и кирпичные сараи. Приказ руководил постройкой укреплений.
Службой и жалованием наиболее привилегированной части казаков, находящихся на службе Русского государства, ведал в 1613-1643 годах Казачий приказ.
Иноземный приказ ведал не только иноземцами находящимися на службе Русского государства, но и русскими людьми, служащими в полках нового («иноземного») строя. Приказ проводил пожалования иноземцев землями и крестьянами, осуществлял суд над иностранцами. Для разбирательства судебных дел в приказе существовали толмачи и переводчики.
Появление полков нового строя вызвало учреждение и специальных приказов. Наиболее важным из них был Рейтарский приказ (1649-1701 года), который ведал рейтарскими полками: их комплектованием, снабжением, обучением и судом.
В последние десятилетия 17 века Рейтарский и Иноземный приказы имели одного начальника и общих дьяков.
Рядовой состав солдатских, драгунских и рейтарских полков формировался из насильно набираемых даточных людей от тяглового (крестьянского и посадского) населения, а также из добровольцев - «охочих» людей из вольного населения. Вместо даточных, набираемых с определённого числа дворов, можно было платить определённый сбор на содержание этих полков. Этим занимались два существовавших почти одновременно приказа: сбора даточных людей (1633-1654 года) и сбора ратных людей (1637-1654 года).
Возросшее в 17 веке производство вооружения осуществлялось предприятиями и мастерами, подведомственными Пушкарскому приказу, Оружейной палате и созданному в 1647 году Ствольному приказу.
Чрезвычайными мерами по укреплению южных границ Русского государства и строительству городов руководил Приказ городового дела (1638-1644 года).
Близким к военной организации Русского государства был Аптекарский приказ, основанный в конце 16 века. Первоначально он являлся придворным учреждением, обслуживавшем царя, царскую фамилию и близких ко двору лиц. В 17 веке приказ превратился в государственный центр медицинского дела.
Значительную группу приказов составляли так называемые дворцовые приказы, заведовавшие отдельными отраслями великокняжеского, а затем и царского хозяйства. Так как вопросы дворцового хозяйства не подлежали рассмотрению в Боярской думе, то у великих князей рано появилась потребность в создании специального аппарата дворцового управления.
Один из самых древних приказов Русского государства - Казённый приказ - был не только дворцовым, но и общегосударственным учреждением. Первое упоминание о Казённом дворе относится к 1493 году (опальный князь Андрей Васильевич Большой сидел в «тюрьме на Казённом дворе»), но следы существования этого учреждения встречаются гораздо раньше. Само упоминание Казённый приказ впервые упоминается в 1512 году.
Являясь главой Казённого приказа - важнейшего дворцового ведомства, сложившегося как общегосударственное учреждение ранее многих других ведомств, казначей уже со второй половины 16 века осуществлял и общегосударственные задачи: он ведал дипломатическими сношениями, ямскими, поместными, холопьими и другими делами. Здесь же на Казённом дворе находился и печатник - хранитель «большой государственной печати», прилагаемой к важнейшим общегосударственным документам (и прежде всего документам дипломатического характера).
Ещё в первой половине 16 века в помощь казначею по отдельным государственным функциям появились соответствующие дьяки: ямской, посольский, поместный. Первоначально они подчинялись казначею и их делопроизводство велось на Казённом дворе, но с течением времени они обособляются на своих «дворах» или в приказах как начальники соответствующих самостоятельных государственных учреждений. Но даже после образования самостоятельных Посольского, Поместного, Ямского и Холопьего приказов казначей продолжал играть огромную роль в общегосударственных делах, особенно в вопросах внешней политики.
Гораздо меньшее значение имели другие дворцовые приказы, возникшие из соответствующих «путей». Уже с 1501 года встречается первое упоминание о Дворцовой избе, которая с 1572 года именуется приказом Большого дворца. Его возглавляли дворецкий и двое дьяков. Задача приказа заключалась в снабжении двора великого князя (царя) всем необходимым и пополнении его казны. Приказ заведовал великокняжеским хозяйством, обслуживающим персоналом двора, управлял дворцовыми землями и дворцовыми крестьянами.
В конце 15 - начале 16 века сложился Конюшенный приказ, ведавший царской конюшней и конюшенными слободами.
Упоминаются в 16 веке Ловчий и Сокольничий приказы; во главе их нередко стоял один боярин. Со второй половины 16 века известен Постельничий приказ, заведовавший великокняжеской (царской) спальней.
Все лица, возглавлявшие дворцовые приказы (дворецкий, конюший, ловчий, сокольничий, постельничий), были боярами.
С образованием Русского централизованного государства возросли и его международные связи. Это повлекло за собой появление должности посольского дьяка (1486 год).
Все важнейшие решения по вопросам внешней политики по-прежнему принимали царь, «поговоря с братьею и бояры», т.е. местом общего руководства внешней политикой была Боярская дума. Переговоры с послами вела специальная комиссия из бояр и посольского дьяка, который вскоре стал думным дьяком. Посольский дьяк выступал посредником между Боярской думой и послами. Он вёл дипломатическую переписку и присутствовал на заседаниях Боярской думы. Для переписки первоначально использовался канцелярский аппарат Казённого двора, где происходили заседания думской комиссии и посольского дьяка с послами.
Впервые Посольская изба упоминается в 1549 году, впоследствии она именуется Посольским приказом. В 16 веке в нём находились подьячие, переводчики (для письменного перевода) и толмачи (для устного перевода).
В 17 веке аппарат Посольского приказа значительно вырос. В приказе появились структурные части - повытья, возглавляемые старшими подьячими. Три повытья ведали сношениями с Западной Европой, а два - с Азией. Кроме того, в составе приказа числились площадные подьячие, золотописцы (для росписи дипломатических грамот), переводчики, толмачи, приставы, сторожа. Посольский приказ имел несколько степеней: великие послы, лёгкие послы ( посланники ), гонцы, посланцы.
Однако Посольский приказ оставался в основном исполнительным органом царя и Боярской думы, которым принадлежало решающее слово во всех вопросах внешней политики.
Во второй половине 17 века во гл окрестное население обязано было поставлять определённое количество лошадей, подвод, корма; оно же осуществляло и ямскую гоньбу. Каждым «ямом» заведовал ямщик, при котором был особый ямской двор.
С образованием централизованного русского государства значение ямской службы возросло: по дорогам, идущим от Новгорода, Смоленска, с юга от «яма» к «яму» ехали к царскому двору иностранные послы. От Москвы по этим же дорогам пробирались великокняжеские и царские воеводы и чиновники.
Уже в 1490 году упоминается ямской дьяк Тимофей Маклаков. Ямские дьяки заведовали ямщиками и ямской службой, разрешали споры между ямщиками и населением, утверждали выборы ямщиков, посылали учреждать новые «ямы».
В централизованном государстве ямская служба значительно усложнилась. Население выбирало для ямской службы особых ямских охотников, которые селились при ямских дворах слободами.
Первоначально при ямских дьяках не было специального учреждения, и они, как и некоторые другие дьяки, заведовавшие отдельными отраслями управления, пользовались канцелярским аппаратом Казённого приказа. В 1550 году впервые упоминается Ямская изба, а с 1574 года- Ямской приказ.
В 17 веке Ямской приказ сохранил значение одного из важнейших приказов государства. В его ведении находилась ямская служба, управление ямскими землями, сбор денег на подмогу ямщиков, выписка подорожных и надзор за дорогами в государстве.
Недовольство широких масс усилением феодального гнёта, возрастание значения в государстве поместного служилого дворянства повлекло за собой создание группы судебно-полицейских приказов: Разбойного, Земского, Холопьего и Судных.
Со времени введения повсеместно губных учреждений Судебником 1550 года возникла необходимость постоянного центрального государственного учреждения, осуществлявшего руководство губными органами и надзор за их деятельностью. В 1555 году была составлена Уставная книга Разбойного приказа.
Разбойный приказ утверждал в должности губных старост, целовальников и дьяков во всём государстве, санкционировал приговоры губных органов, являлся второй инстанцией для рассмотрения разбойных и татиных дел на территории всего государства, кроме Москвы и Московского уезда.
В 17 веке Разбойному приказу принадлежало общее руководство полицейской расправой по разбойным, татиным и приводным делам. Во главе приказа стояла следственно-судебная коллегия из боярина (окольничего), дворянина (стольника) и двух дьяков. Приказ имел разветвлённую сеть местных органов - губных старост и губ, осуществлял надзор за содержанием тюрем во всём государстве. В чрезвычайных случаях приказ посылал надельщиков и сыщиков из центра. Приказ существовал до 1701 года.