Основная задача ГКО — организация победы над врагом — могла быть решена при условии оперативной работы высших и местных органов власти. С этой целью во всех военно-промышленных наркоматах и ведомствах, краях и областях, на важнейших предприятиях и стройках ГКО имел своих уполномоченных. Они принимали необходимые меры для проведения в жизнь решений ГКО, контролировали деятельность местных государственных органов и должностных лиц, руководителей предприятий военной промышленности, военных строек, учреждений транспорта и связи по мобилизации сил и средств на нужды войны.
За годы Великой Отечественной войны ГКО издал до 10 тыс. постановлений и распоряжений по самым различным вопросам хозяйственной жизни, государственного управления и военного строительства. Решения ГКО быстро проводились в жизнь партийными органами, государственным аппаратом и общественными организациями.
В 1941—1942 гг. ГКО создал во многих городах прифронтовой зоны местные комитеты обороны (в Москве, Ленинграде, Туле, Севастополе, Одессе, Сталинграде, Воронеже, Калинине, Ростове-на-Дону и др.). Они состояли из председателя (секретарь обкома или горкома партии), заместителя (председатель исполкома облсовета или горсовета), командующего округом (фронтом), члена Военного совета округа (фронта), представителя НКВД. Комитеты обороны осуществляли свои функции в тесном контакте с местными Советами и общественными организациями. На граждан и учреждения возлагалась обязанность беспрекословно выполнять решения и распоряжения этих чрезвычайных органов военного времени.
Совет обороны был подотчетен Всероссийскому съезду Советов и его Центральному Исполнительному Комитету, он согласовывал свою деятельность с Совнаркомом, который осуществлял над ним общее руководство. ВЦИК и СНК имели право отменять или приостанавливать решения Совета по протесту наркоматов и по своему усмотрению.
Взаимоотношения ГКО с верховным органом социалистического государства— Президиумом Верховного Совета СССР — ограничивались представлением ему, для издания соответствующих указов, отдельных важных решений законодательного характера. Отчеты ГКО в верховные органы партии и государства не поступали, а его права и полномочия не были четко определены. В деятельности Сталина, возглавлявшего Государственный Комитет Обороны, допускались серьезные ошибки.
Так, в годы войны, вопреки Конституции и с превышением полномочий ГКО и Президиума Верховного Совета СССР, были лишены национальной государственности калмыки, балкарцы, черкесы, чеченцы, ингуши. Сталин, как председатель ГКО, необоснованно отменил социалистическое соревнование в армии, допустил массовые репрессии в отношении военнослужащих, возвращавшихся из вражеского плена.
В августе 1941 г. ГКО чрезмерно расширил полномочия Народного комиссариата внутренних дел в области охраны общественного порядка. Этим воспользовалась банда Берия, которая, грубо нарушая социалистическую законность, учинила массовые репрессии над невинными людьми. Известно, например, что в начале войны появился указ об ответственности за распространение в военное время ложных слухов, сеющих тревогу и панику среди населения. Однако к лицам, подпадавшим под действие этого указа, необоснованно применялся законе наказании за антисоветскую агитацию с контрреволюционным умыслом.
Председатель ГКО Сталин единолично санкционировал в 1943—1944 гг. введение чинов и рангов для работников различных ведомств, а также персональных военизированных званий и погон для личного состава железнодорожного транспорта и работников других наркоматов и ведомств.
Эти и подобные им ошибочные решения, свидетельствующие о превышении Сталиным своих полномочий, были впоследствии по инициативе ЦК партии отменены.
Отсутствие четкого разграничения между функциями ГКО и других государственных органов вело к тому, что и Президиум Верховного Совета созывался на заседания весьма редко, а его указы обычно подписывались лишь несколькими членами Президиума или согласовывались опросным порядком. Даже в последний период войны, когда боевые действия Красной Армии развернулись на территории врага, верховные органы власти созывались нерегулярно. Все это затрудняло мобилизацию широких масс на выполнение государственных решений и мероприятий.
Одновременно с чрезвычайными органами нашего государства в годы войны функционировали и его постоянные конституционные органы — Советы и их исполкомы. Однако практическая работа Советов максимально была подчинена задачам ведения войны.
Совет Народных Комиссаров СССР, являясь высшим исполнительным и распорядительным органом государственной власти, во время войны объединял и направлял работу наркоматов, ведавших производством невоенной продукции, занимался вопросами гражданского, капитального и жилищного строительства, а также сельского хозяйства. Совнарком обеспечивал общественный порядок и охрану прав граждан в местностях, не объявленных на военном положении, осуществлял общее руководство сношениями с иностранными государствами, руководил внутренней и внешней торговлей. Он ведал организацией социально-культурного строительства, единой системой народнохозяйственного учета, руководил кредитной и денежной системой, координировал деятельность органов государственного управления союзных республик и местных Советов в тыловых районах страны.
В союзных и автономных республиках высшие органы государственной власти и управления строились и функционировали аналогичным образом.
В связи с необходимостью усиленного производства вооружения и создания новой боевой техники перед войной и вначале ее были созданы новые органы по руководству военным хозяйством: наркоматы боеприпасов, вооружения, танковой промышленности, минометного вооружения и их управления на местах. Наряду с этим была значительно изменена структура некоторых существовавших наркоматов и ведомств. Например, в рамках наркоматов путей сообщения, социального обеспечения, торговли, связи, здравоохранения и других создавались военизированные управления и отделы для обслуживания Вооруженных Сил (Управление военно-дорожного строительства, Отдел эвакогоспиталей, Главвоенторг и пр.).
Во время войны государство увеличило число управлений и комитетов, организация которых вызывалась преимущественно нуждами военной экономики и задачами восстановления пострадавших районов. Так, были образованы главные управления по снабжению народного хозяйства нефтепродуктами, лесоматериалами, топливом, Управление по трудоустройству инвалидов войны, главные управления местной противовоздушной обороны и всеобщего обучения населения военному делу. Был создан в центре Совет по эвакуации, а на местах — в прифронтовой полосе — эвакуационные комиссии при исполкомах. Функционировали также Государственный комитет по учету и распределению рабочей силы и его местные органы.
В результате деятельности всех этих органов, при активном участии трудящихся и их общественных организаций, было налажено материальное снабжение тыла и фронта, обеспечена эвакуация и реэвакуация большого количества населения. Миллионы граждан обучались военному делу, проводилось трудовое и бытовое устройство инвалидов войны, перераспределение десятков миллионов рабочих и служащих по важнейшим отраслям военного хозяйства.
В оккупированных районах Советского Союза гитлеровцы чинили массовые злодеяния и грабежи. В связи с этим действовала созданная в ноябре 1942 г. Чрезвычайная государственная комиссия по установлению и расследованию злодеяний немецко-фашистских захватчиков и их сообщников, а также ущерба, причиненного ими нашей стране.
Коммунистическая партия и Советское правительство еще в ходе войны проявили большую заботу о возвращении на родину советских граждан, насильственно угнанных фашистскими оккупантами в Германию и другие страны. Выражением этой заботы явилось создание органов репатриации. В октябре 1944 г. при правительстве СССР было создано Центральное управление по делам репатриации во главе с уполномоченным Совета Народных Комиссаров СССР. Группы представителей уполномоченного СНК СССР находились во всех европейских странах (за исключением Испании и Португалии), в Египте, Иране и США. Отделы репатриации были учреждены при СНК РСФСР, Украины, Белоруссии, Молдавии, Эстонии, Латвии, Литвы и при всех действующих фронтах. При областных, уездных и районных исполкомах, территория которых подвергалась вражеской оккупации, были также созданы отделы репатриации и 249 приемно-распределительных пунктов.
Заграничные группы и фронтовые отделы репатриации занимались выявлением, материальным и медико-санитарным обслуживанием, а также перевозкой репатриируемых. В обязанности республиканских отделов репатриации и приемно-распределительных пунктов входило бытовое и трудовое устройство советских граждан, вернувшихся в места своего прежнего жительства.