С 1940 года в Майкопе, помимо АНИИ, функционировал и другой крупный научный центр — Майкопский учительский (впоследствии Адыгейский педагогический) институт. В структуре вуза были сформированы кафедры общественных наук, сотрудники которых проводили собственные научно-исследовательские работы по широкому кругу вопросов отечественной и зарубежной истории, теории и методологии общественных и гуманитарных наук, пропаганде научно-исторических знаний. Значительная часть научных интересов историков института лежала в области теории и практики марксизма-ленинизма, истории советского периода и коммунистической партии. Одной из первых работ вузовской науки по местной истории стала диссертация В. М. Глухова "Адыгея в дни Великой Отечественной войны", успешно защищенная в 1949 г.69 Несколько позже к научным исследованиям по истории и культуре Адыгеи советского периода подключились С. Н. Малых, А. В. Бурнышев, В. И.Шафранов и ряд других историков института.
В 40-е годы предпринимаются определенные шаги к налаживанию научных и творческих контактов и сотрудничества между двумя ведущими научными учреждениями области, вылившиеся впоследствии в целый ряд конкретных совместных научных трудов и акций. 29 января 1951 года состоялось заседание сектора истории АНИИ и кафедр истории и марксизма-ленинизма Майкопского учительского института с участием X. Д. Водождокова (директора АНИИ), Е. С. Зевакина, Б. С. Сейраняна, М. К. Ковалева, В. М. Глухова, Ю. К. Намитокова и других. На заседании с докладом о состоянии и задачах изучения истории Адыгеи и о плане-проспекте юбилейного сборника к 30-летию автономии Адыгеи выступил зав. сектором истории АНИИ к. и. н. Е. С. Зевакин. Он призвал вузовских ученых к сотрудничеству по актуальным проблемам истории Адыгеи.
В 50-е годы в жизни и деятельности АНИИ и его секторов произошли существенные позитивные перемены. Коллектив возглавил историк по образованию М. Г. Аут-лев, успешно защитивший в Москве, в ВПА им. В. И. Ленина диссертацию на тему "Партия большевиков — вдохновитель и организатор разгрома немцев под Сталинградом (июль 1942— 1943 гг.)70. Приход в институт специалиста по истории советского периода заметно усилил научно-исследовательскую деятельность всего учреждения и исторического сектора, в частности, по этому направлению. На должность заведующего сектором истории была назначена этнограф, к. и. н. Э. Л. Коджесау. Вскоре, после окончания аспирантуры в Тбилиси, возвращается еще один квалифицированный специалист по этнографии, ст. научный сотрудник М. А. Меретуков. На должность мл. научного сотрудника в сектор был принят окончивший в 1952 году экстерном аспирантуру при Академии пед. наук А. О. Хоретлев. В 1956 г. он успешно защитил кандидатскую диссертацию "Влияние передовой русской педагогической мысли на развитие просвещения адыгов во второй половине XIX в."71
С приходом в сектор высококвалифицированных кадров научно-исследовательская работа заметно активизировалась. Регулярными становятся самостоятельные и совместные с коллегами из Краснодара, Москвы, Абхазии историко-этнографические экспедиции сотрудников отдела в различные регионы Адыгеи и Краснодарского края. Э. Л. Коджесау и М. А. Меретуков неизменно принимали активное участие в полевых археологических исследованиях, проводившихся под руководством научного сотрудника Краснодарского краеведческого музея, к. и. н. Н. В. Анфимова, сотрудника Абхазского НИИ Транша. С приходом в сектор в 1956 году "штатного археолога", мл. научного сотрудника П. А. Дитлера появляется возможность организации самостоятельных археологических экспедиций. Уже первые из них, проведенные в предгорьях Прикубанья, дали сенсационный материал по средневековой истории Адыгеи, вызвавший широкий резонанс среди археологической (общественности страны. Большой энтузиаст и подвижник археологической науки, П. А. Дитлер увлеченно трудился над актуальной и слабо освещенной в науке темой "История средневековой Адыгеи" по материалам полевых исследований. С появлением в институте второго профессионального археолога к. и. н. П. У. Аутлева, в составе сектора истории была выделена самостоятельная археологическая секция.
Сотрудники сектора истории АНИИ все чаще приглашались на научные сессии и научно-практические конференции, проходившие в Москве, Ленинграде, Тбилиси, Баку, Нальчике, выступали с научными докладами и сообщениями. Преобладала в них, по вполне понятным причинам, этнографическая и археологическая проблематика. Сохранилась в этот период практика широкого привлечения к работам по гражданской истории "внештатных" сотрудников как местных, так и других регионов страны (преимущественно Москвы и Краснодара).
К середине 50-х гг. в штате АНИИ числилось пять историков, из них четыре — кандидаты исторических наук. Для сравнения — из шести литературоведов, работавших в это время в институте, лишь один имел ученую степень. Сектор истории, таким образом, постепенно превращался в одно из ведущих научно-производственных подразделений института.
Во многом эти позитивные перемены были обусловлены общественно-политической обстановкой, сложившейся в Адыгее. Приближался ряд юбилейных исторических дат, которым придавалось общественное и идеологическое значение: 400-летие "добровольного присоединения" адыгов к России, 40-летие Октябрьской революции, 35-летие автономии Адыгеи, 100-летие основания Майкопа. Все эти юбилеи приходились на 1957 год. Руководством области, отчасти по собственной инициативе, отчасти под воздействием директивных указаний свыше, решено было провести их с широким государственным размахом и соответствующим политическим антуражем. На АНИИ — ведущее научное учреждение области — были возложены ответственные задачи по научному и идеологическому обеспечению приближавшихся юбилеев и, прежде всего, 400-летия вхождения адыгов в состав России. Соответствующим образом корректировались планы научно-исследовательской и издательской работы, в которых особое место заняла тема русско-адыгских исторических отношений и связей.
Перечень конкретных научно-исследовательских задач и проблем, стоявших в 50-е годы перед сектором истории, выглядел следующим образом: 1) Окончательною завершить рукопись 1 тома "Очерков истории адыгейского народа" (С древнейших времен до образования ДАО в 1922 г.). Исполнители: Зевакин, Бушуев, Крупнов, Турчанинов и Водождоков с привлечением Сейраняна, Раенко и др.); 2) Написание монографии "Аул Понежукай (Опыт изучения аула социалистической эпохи)". Исполнители: М. 3. Азаматова под рук. Е. С. Зевакина; 3) Начать подготовку работы по написанию II тома "Очерков истории адыгейского народа. (Советский период)". Авт. коллектив: Е. С. Зевакин, М. Г. Аутлев, М. Ш. Туов; 4) Начать работу по составлению "Очерков по истории Адыгейской культуры". Авт. коллектив под рук. Е. С. Зевакина; 5) Написание статей "Борьба за установление Сов. власти в Адыгее (1917- 1920). Исп. А. Шеуджен; "Адыгея в восстановительный период (1921 —25 гг.)". Исполнители М. Меретуков и др.; 6) Составление историко-биографического очерка "Шеуджен Мос." Исп. М. Г. Аутлев; 7) Изучение и издание рукописного наследия Хаджибека Анчока; 8) Подготовить рукопись монографии "Быт и культура а. Шовгеновского" (Совместно с Институтом этнографии АН СССР); 9) Составление статей для сборника материалов по истории Адыгеи (1917—1941 гг.). Исп.: А. Шеуджен, М. Меретуков, Э. Коджесау, М. Туов, М. Аутлев; Подготовить к печати: 10) 1 том "Ученых записок"; II) Коллективный сборник воспоминаний "Сорокалетие Октябрьской соц. революции"; 12) Сборник архивных документов "Культурное строительство в Адыгее" (Совм. с обл. архивом), 13) Сборник архивных документов "Русско-адыгейские связи" (Совм. с ГДКК). В планах сектора значились также издание первого "Сборника но археологии Адыгеи", работ краснодарских авторов Н. В. Анфимова "Меото-сарматские племена Прикубанья в 1—111 вв. н. э.", М. В. Покровского "Русско-адыгейские торговые связи" и "Социально-экономический строй адыгов во второй половине XIX в., А. А. Стародубцева "Спортивные игры адыгов", публикация отдельных этнографических работ Э. Л. Коджесау "Культура и быт адыгейского колхозного аула", "Развитие ремесла у адыгов в XIX—XX вв.; М. Меретукова: "Материальная культура адыгов (постройки, орудия, утварь и т.д.)", М. 3. Азаматовой "Адыгейский орнамент" и "Кулинария адыгов... "72 Таковы лишь некоторые ориентиры и проблематика научно-исследовательской работы сектора в 1951—1959 гг. Названия приведенных трудов носят во многом условный, рабочий характер, они могли меняться в процессе работы, менялся и состав конкретных исполнителей. Качество выполнения работ обобщающего плана, исследований по отдельным актуальным вопросам истории и узловым темам требовало солидной источниковедческой базы. В связи с этим сотрудники сектора проводили большую работу по выявлению новых документальных и литературных материалов в различных архивохранилищах и библиотеках страны. Продолжались сбор и систематизация местного историко-этнографического материала, восстановление источниковой базы, созданной в предшествующие годы и утраченной по тем или иным причинам. Неоценимый вклад в адыгское источниковедение внес в этот период вернувшийся из сталинских лагерей научный сотрудник АНИИ М. К. Хуажев. Его, главным образом, стараниями удалось вернуть часть обширного краеведческого архива И. А. Наврузова, содержавшего ценнейшие исторические, фольклорно-этнографические источники: полевой материал, редкие дореволюционные издания по кавказоведению и официальные документы, копии и подлинники рукописей С. Хан-Гирея, С. Давлет-Гирея, И. В. Хаджимукова, 3. Брантова, фотографии и рисунки, имеющие отношение к национальной истории и культуре. Архив И. А. Наврузова, хранящийся в библиотеке АРИГИ, служил и по сей день служит ценным подспорьем в исследовательской работе сотрудников института. М. К. Хуажевым в эти же годы были собраны разнообразные материалы по биографиям М. X. Шовгенова, Ш. У. Хакурате, других деятелей революционного движения и советского строительства в Адыгее.