Польські магнати й шляхта в свою чергу відповідали на різанину різаниною. Найбільш сумнозвісним прибічником тактики шляхетського терору був найбагатший з магнатів — Ярема Вишневецький. У своїх лівобережних володіннях він мобілізує добре вишколене 6-тисячне військо, збирає, скільки може, переляканої шляхти, ксьондзів та євреїв і починає відступати на захід. Скрізь на своєму шляху жовніри Вишневецького катували козаків, лишаючи за собою страхітливий слід із трупів. Якщо у Польщі «подвигами» Вишневецького захоплювалися, то на Україні вони викликали таке обурення, що повсталі й слухати не хотіли про якісь переговори, поклявшись боротися з Вишневецьким до смерті.
Протягом літа Хмельницький, розташувавшись під Білою Церквою, зосередився на створенні дисциплінованої, добре організованої армії. Ядро її складали 16 випробуваних у боях козацьких полків, очолюваних такими шанованими полководцями, як Філон Джалалій, Максим Нестеренко та Іван Гиря. До того ж полковницькі булави отримали такі обдаровані, досвідчені й талановиті представники української знаті, як Данило Нечай, Іван Богун, Михайло Кричевський, а також вихідці з міщан — Мартин Небаба та Василь Золотаренко. Великим допоміжним загоном легкої кінноти командував затятий ворог Вишневецького й один із найпопулярніших повстанських ватажків Максим Кривоніс. Із добровольців створювалися нові частини, й під кінець літа українські сили налічували від 80 до 100 тис. чоловік. Із них регулярне козацьке військо складало близько 40 тис.
Поляки теж не гаяли часу. Щоб затримати повстанців, вони вступили з Хмельницьким у тактичні переговори, що дозволило їм мобілізувати 32 тис. шляхти й 8 тис. німецьких найманців. Коли біля Львова збиралося їхнє військо, споряджене в сліпучі шати, які так полюбляла шляхта, очевидець зауважив, що поляки збираються воювати не залізом, а золотом та сріблом. На чолі нової польської армії стояли три магнати: млявий і закоханий у розкошах Домінік Заславський, освічений вчений-латиніст Міколай Остророг і 19-річний Александр Конєцпольський. Хмельницький саркастично охрестив їх «периною», «латиною» й «дитиною». 23 вересня воюючі армії зустрілися під Пилявцями. Під час бою польським гетьманам зрадили нерви і вони кинулися тікати. Коли про це стало відомо, решта армії вчинила те ж саме. Козаки та їхні союзники татари за кілька годин знищили це нещодавно величне військо майже дощенту.
Битва під Пилявцями відкрила Хмельницькому шлях на захід. Коли він заглиблювався в землі Волині та Галичини, селяни вітали його та приєднувалися до повстання. Чули навіть, як у Південній Польщі пригноблені хлопи казали: «Якби тільки Бог змилувався над нами й дав нам свого Хмельницького, тоді б ми теж показали шляхті, як гнобити хлопів». На початку жовтня козацько-селянська армія взяла в облогу Львів і вже б от-от здобула його, та завдяки величезному викупу й небажанню Хмельницького руйнувати чудове місто Львів було врятовано. Через місяць, коли велася підготовка до облоги польської фортеці Замостя, надійшла новина, що королем обрано Яна Казимира — людину, яку волів бачити на троні Хмельницький. Новий король запропонував гетьманові перемир'я.
Для істориків завжди лишалося загадкою, чому Хмельницький, який на той момент міг знищити Річ Посполиту, вирішив пристати на цю пропозицію й повернутися на Наддніпрянщину. Вочевидь, він усе ще сподівався змінити політичну систему Речі Посполитої так, щоб вона могла задовольняти козацтво. До того ж голод і чума вже позначилися на його військах, як і на населенні України в цілому. Та й союзникам гетьмана — кримським татарам — не терпілося повернутися додому. Ці обставини, можливо, й зумовили небажання гетьмана продовжувати військову кампанію взимку.
На початку січня 1649 р. Хмельницький повертається до Києва на чолі переможного війська. Збуджений натовп і православне духовенство вітали його, як «українського Мойсея», що «звільнив свій народ від польського рабства».
Навіть після перемог Хмельницького стосунки між поляками та українцями лишилися нез'ясованими. Хоч гетьман усе ще не вирішив розірвати зв'язки з Річчю Посполитою, він знав, що його послідовники рішуче настроєні проти повернення до стану, який існував у 1648 р. Зі свого боку поляки, готові надати незначні поступки козакам, все ж наполягали на поверненні українців під панування шляхти. Ця безвихідь спричинилася до повторення певної моделі подій: з року в рік обидві сторони воювали між собою, але не в змозі завдати одна одній рішучої поразки, вони закінчували виснажливі кампанії підписанням незадовільних для себе угод, після чого верталися додому, щоб вести військову і дипломатичну підготовку до наступної війни.
Навесні 1649 р. в наступ пішли поляки. З Волині йшли їхні основні сили— 25 тис. на чолі з самим королем Яном Казимиром, а через Галичину під командуванням сумнозвісного Яреми Вишневецького рухалося 15-тисячне військо. Вдавшись до своєї звичайної тактики швидкого обманного маневру, Хмельницький і його союзник хан Іслам Гірей 80-тисячним військом обложили Вишневецького у фортеці Збараж. Коли на допомогу Вишневецькому поспішив польський король, Хмельницький раптовим маневром напав на армію Яна Казимира під Зборовом і оточив її. Але якраз коли поляки от-от мали зазнати поразки й під Збаражем і під Зборовом, татарський хан зрадив гетьмана. Підкуплений поляками й побоюючись зміцнення українців. Іслам Гірей відвів своє військо й поставив перед Хмельницьким вимогу укласти угоду з польським королем. За таких обставин гетьманові не лишалося нічого іншого, як погодитися.
18 серпня 1649 р. було підписано Зборівський мир. За ним реєстр установлювався в 40 тис. козаків, польському війську та євреям заборонялося перебувати на Київщині, Чернігівщині та Брацлавщині, де урядові посади дозволялося займати лише козацькій старшині та православній шляхті, а православному митрополитові обіцялося місце в польському сенаті. Хоча всім учасникам повстання дарувалася амністія, більшість селян мали повернутися у кріпацтво. Польській шляхті в свою чергу, навпаки, дозволялося повертатися до своїх володінь. Лише тиск татар змусив Хмельницького піти на цю невигідну угоду, котра викликала широке невдоволення по всій Україні. Але оскільки поляки вважали, що поступилися надто великим, а козаки були переконані, що отримали замало, ця угода так і не була повністю виконана.
Будучи стратегом та дипломатом, Хмельницький перед цим уклав угоду з кримським ханом, що обіцяв йому допомогу. У ході війни кримські татари нерідко придавали козаків, але останні не стали союзниками інших держав.
Отже, на початку війни, навесні 1648 р., повстанське військо розгромило поляків під Жовтими Водами та під Корсунем. Перші перемоги свідчили не лише про полководський талант Б.Хмельницького та енергію, з якою він вів підготовку до повстання, а й про те, що для Визвольної війни вже був підготовлений грунт: уся селянсько-козацька Україна сприймала його заклики як довгоочікувані та бажані.
Вже в цих перших битвах поруч із ним були його бойові побратиме: М.Кривонос, Д.Нечай, І.Богун, М.Кричевський та інші. З Ними були виграні битви під Пилявцями (1648), під Зборовом (1649), під Батогом (1652), під Жванцем (1653). Та, незважаючи на програну внаслідок зрадництва кримського хана битву під Берестечком (1651), Хмельницький виявив себе справжнім полководцем і знавцем військового діла.
Хмельницький розумів, що для успіху повстання необхідна підтримка із зовні. Відтак він дедалі більше уваги звертав на зовнішню політику. Першу свою дипломатичну перемогу гетьман здобув, залучивши до союзу з козаками кримських татар. Але цей союз виявився ненадійним. До того ж він не розв’язав ключової для Богдана Хмельницького проблеми взаємин між Україною та Річчю Посполитою. Спочатку гетьман ще не був готовий до цілковитого розриву. Метою його стосунків із Річчю Посполитою, гнучким представником якої був великий православний магнат Фадам Кисіль, полягала в тому, щоб здобути автономію для українського козацтва, шляхом перетворення його на окремий і рівноправний стан Речі Посполитої. Але вперта нехіть шляхти визнати колишніх підданих рівними собі в політичному відношенні виключала можливість досягнути цієї мети.
Головною рисою його таланту стратега була рішучість наступальних дій з метою розгрому ворога частинами у відкритому бою. Хмельницький зарекомендував себе як новатор й носій передових ідей у військовому мистецтві. Його знамениті засідки, демонстративні атаки, навмисні відступи та інші тактичні прийоми ставили у безвихідь не одного польського воєначальника.
У сучасної людини, для якої національний суверенітет є чимось цілком природнім, виникає питання, чому Хмельницький не проголосив Україну незалежною. Під час повстання й справді пішов поголос, що він хоче відновити "давньоруське князівство " чи навіть планує утворити окреме" козацьке князівство ". Можливо, ці ідеї й розглядались, але здійснити їх за таких обставин було б неможливо. Як показали безперервні війни, козаки хоч і завдавали полякам тяжких поразок, однак не могли постійно протистояти неодноразовим намаганням шляхти відвоювати Україну. Для забезпечення тривалої перемоги над помилками Хмельницький потребував надійної підтримки великої чужоземної держави. Звичайною платою за таку допомогу була згода на те, щоб визнати зверхність правителя, який її надавав. Головним поштовхом до повстання виступало прагнення народних мас позбутися соціально-економічних лих і для багатьох українців те, як ці проблеми вирішувати - при своїй владі, чи чужій - було справою другорядною. Нарешті у Східній Європі суверенітет тоді ототожнювався не з народом, а з особою законного монарха. З огляду на те, що за всієї популярності та влади, Хмельницький не мав такого визнання, він вимушений був знайти для України зверхнина, який його мав. Тут не стояло питання про самоврядування України, бо українці вже здобули його. Їхньою метою було знайти монарха, що міг би забезпечити новосформовану й автономну суспільству законність і захист.