Вся русская земля была разделена на уезды, которые, как правило, соответствовали старым княжествам. Уезды делились на волости, ими управляли наместники и волостели. Наместники и волостели получали управляемые территории в кормление (имели право часть налогов и пошлин оставлять себе). Боярство, съезжавшееся в Москву из всех княжеств, образовывало высший управленческий слой в государстве. Появляется местничество - иерархичная система занятия должностей в зависимости от значимости рода и заслуг перед государем. Такая система не подразумевала продвижения по служебной лестнице (стаж, род - не учитывались).
В 1497г. был принят свод законов нового объединённого государства Судебник. Он должен был объединить судебные системы разных русских княжеств. Фактически Судебник был основан на "Русской правде". Основное отличие состояло в том, что Судебник понимает под преступлением не только моральное оскорбление, или материальный урон имуществу, личности - это, главным образом, нарушение установленных властью норм. Появляются новые преступления - крамола (заговор) против государя и государства, должностные преступления, в том числе посул (взятка должностному лицу). Смертная казнь применялась часто, могла быть заменена помилованием государя. Очень широко применялось членовредительство в качестве наказания: урезание ушей, носа, клеймение и пр. Штрафы были самым лёгким наказанием и полагались за лёгкие преступления (оскорбление).
Судебная система включала в себя: суд наместников Великого князя, приказной суд, суд Боярской Думы и самого великого князя. Судебное следствие имело несколько стадий, закреплённых в Судебнике: опрос свидетелей, вызов ответчиков в суд, присяга, ордалии (доказательство своей правоты путём поединка), применение очных ставок, пыток.
Немаловажным аспектом, затронутым в общерусском своде законов, является начало юридического оформления крепостного права: сроки ухода крестьянина от владельца ограничивались двумя неделями в году (до и после Юрьева дня 26 ноября). Началось освоение новых земель. Наиболее реальным направлением было восточное (это в наибольшей степень проявилось при Иване IV). Труд черносошных крестьян был добровольным, принципиально отличался от работы на землевладельца. У Поморских крестьян был совершенно иной менталитет: они любили труд, работая только на себя. Вольномыслие не нужно было самодержавной власти с зачатками деспотизма. Поэтому эта власть законом стала "прикреплять" крестьян к земле помещиков, за которыми впоследствии стал закрепляться статус опоры государя и государства.