Отъезд царя ошеломил столицу. Духовенство, бояре, сановники, приказные люди просили митрополита умилостивить государя. Чтобы «ударить челом царю и плакаться», в Александрову слободу отправилась представительная делегация от духовенства, бояр, дворян, приказных людей, купцов и посадских. Выслушав этих посланцев «всего народа», Иван Грозный согласился вернуться в Москву, но на определенных условиях. В самом общем виде они заключались в следующем: отныне царь будет по своему усмотрению «невозбранно казнить изменников опалою, смертию, лишением достояния», без всяких претензий со стороны духовенства.
2 февраля 1565г. Иван Васильевич торжественно въехал в столицу, а на другой день объявил духовенству, боярам и знатнейшим чиновникам об учреждении опричнины.
Что же такое опричнина Ивана Грозного? Термин «опричнина» происходит от старославянского «опричь» кроме, поэтому опричников называли еще кромешниками. В Древней Руси опричниной называли ту часть княжества, которую после смерти князя выделяли его вдове «опричь» всех уделов. Суть опричнины состояла в том, что Грозный применил к территории старых удельных княжеств, где находились вотчины служилых князей-бояр, тот порядок, какой обыкновенно применялся Москвой в завоеванных землях.
И отец, и дед Грозного, следуя московской правительственной традиции, при покорение Новгорода, Пскова и иных мест выводили оттуда наиболее видных и для Москвы опасных людей в свои внутренние области, а в завоеванный край посылали поселенцев из коренных московских мест. Это был испытанный прием ассимиляции, которой московский государственный организм усваивал себе новые общественные элементы.
В особенности ясен и действителен был этот прием в Великом Новгороде при Иване III и в Казане при самом Иване IV. Лишаемый местной руководящей среды завоеванный край немедля получал такую же среду из Москвы и начинал вместе с ней тяготеть к общему центру-Москве. То, что удавалось с врагом внешним, Грозный задумал испытать с врагом внутренним. Он решил вывести из удельных наследственных вотчин их владельцев-княжат и поселить их в отдалённых от их прежней оседлости в местах, там, где не было удельных воспоминаний и удобных для их оппозиции условий. На место же выселенной знати он селил служебную мелкоту на мелко поместных участках, образованных из старых больших вотчин.
Новый двор Грозного состоял из бояр и дворян, новой "тысячи голов", которую отобрали так же, как в 1550 году отобрал тысячу лучших дворян для службы в Москве. Первой тысячи дали тогда подмосковные поместья; второй-Грозный даёт поместья в тех городах, "которые городы поймал в опришнину"; это и были опричники, предназначенные сменить опальных княжат на их удельных землях. Число опричников росло, потому что росло количество земель, забираемых в опричнину. Грозный на всем пространстве старой удельной Руси, по его собственному выражению, «перебирал людишек», иных «отсылал», а других «принимал». В течение 20 последних лет царствования Грозного опричнина охватила полгосударства и разорила все удельные гнезда, разорвав связь "княженецких родов" с их удельными территориями и сокрушив княжеское землевладение.
Царская реформа включала три группы мероприятий:
1. В системе централизованного государства Иван Васильевич выделил «опричь» всей земли значительные территории на западе, севере и юге страны, которые и составили его особое личное владение - государев узел или опричнину. Верховное управление и суд в государевом уделе осуществляла опричная Боярская дума. В опричнину вошли города Можайск, Вязьма, Козельск, Перемышль, Суздаль, Шуя, Галич, Юрьевец, Вологда, Устюг, Старая Русса и ряд высокодоходных волостей. К опричнине отошли важные торговые пути на север и восток, основные центры соледобычи и стратегически важные форпосты на западных и юго-западных границах. Из всех городов, уездов, волостей и с улиц, перешедших в государственный удел, надлежало насильственно выселить всех князей, бояр, дворян и приказных людей, если они добровольно не записывались опричниками.
2. Для своей охраны государь создал из князей, бояр, дворян и детей, боярских гвардию телохранителей. Первоначально опричный корпус не превышал 1000 человек, но вскоре особое войско было доведено до 5000 человек. Отбор опричников производил сам Иван Васильевич в торжественной обстановке в Большой палате Кремлевского дворца. Каждый опричник отрекался от своих родных и обязывался служить только царю. За все это государь жаловал всех отобранных имениями и землей в тех городах и волостях, откуда выселялись князья, бояре, дворяне и приказные люди, не пожелавшие вступить в опричнину. Опричники носили черную одежду. К седлу они прикрепляли собачью голову и метлу. Это были знаки их должности, состоявшей в том, чтобы выслеживать, вынюхивать и выметать измену и грызть государевых злодеев - крамольников. Князь Курбский в своей Истории царя Ивана пишет, что царь со всей Русской земли собрал себе «человеков скверных и всякими злостью исполненных» и обязал их страшными клятвами не знаться не только с друзьями и братьями, но и с родителями, а служить единственно ему и на этом заставлял их целовать крест.
3. Та часть государства, которая осталась за пределами государева удела- опричнины, стала именоваться земщиной. Текущими государственными делами здесь по-прежнему занималась земская Боярская дума и приказы, но часть дьяков царь взял в опричнину. Высшей инстанцией и в судебных делах, и в области международных отношений, как и прежде, был царь.
4 февраля 1565г., т. е. на второй день после учреждения опричнины, началась новая полоса жестоких расправ за «великие изменные дела» с теми, кто до сих пор исправно служил государю. Одних бояр и князей казнили, других постригли в монахи и сослали в отдаленные монастыри и т. д. Имущество всех опальных было конфисковано. Опричники громили боярские дома, растаскивали имущество, угоняли крестьян. Опричники расправлялись с неугодными царю лицами.
Очевидно, царь видел в своем двоюродном брате Владимире Старицком главного противника. В 1556 г. он отобрал у него в опричнину значительную часть его удела. Таким образом, Иван Грозный лишил старицкого князя последней опоры - поддержки старицких феодалов. Итак, главная цель ведения опричнины - борьба с пережитками политической децентрализации.
Опричный террор наносил безжалостные удары не только по боярской и княжеской знати, но и по всему населению тех владений, куда врывались опричники, где они бесчинствовали и грабили «всех и вся» без какого-либо разбора. Опричнина была в руках царя мощной военно-карательной организацией.
Естественно, что опричнина очень скоро вызвала недовольство и озлобление против царя не только среди феодальных верхов, но и в массе простого народа.
Александрова слобода стала второй столицей Российского государства. В ней Иван IV прожил семнадцать лет, замаливая с опричниками грехи перед Богом и, продолжая чинить суд и расправу над своими противниками. Государь уничтожил много честных, нужных России людей (дело боярина Федорова; убийство митрополита Филиппа; убийство старицкого князя Владимира Андреевича и др.)
Княжата были выброшены на окраины государства, оставшиеся в старом порядке управления и носившие названия "земщины", или "земского". Так как управление опричнинскими землями требовало сложной организации, то в новом "дворе" Грозного мы видим особых бояр (думу), особых "дворовых", дьяков, приказы, словом, весь правительственный механизм, параллельный государственному: видим особую казну, в которую поступают податные платежи с опричнинских земель.
Для усиления средств опричнины Грозный "поймал" в опричнину весь московский север. Мало-помалу опричнина разрослась до громадных размеров и разделила государство на две враждебных одна другой половины.
На Земском соборе в 1566 г. группа князей и бояр обратилась к царю с челобитной, в которой просила отмены опричнины. Грозный ответил на это усилением кровавого террора. Около двухсот челобитчиков было казнено. Против опричнины выступило высшее духовенство. Его недовольство было вызвано стремлением царя полностью подчинить церковь государству и отнять у монастырей часть их земельных владений. Митрополит Филипп открыто осуждал действия опричников. Однажды в Успенском соборе он гневно спросил царя: «До каких пор будешь ты без вины проливать кровь верных людей?» По распоряжению Грозного Филиппа сослали в монастырь. Через некоторое время он был задушен в келье главарем опричников Малютой Скуратовым.
Братоубийство вызвало смутные толки в народе, и тогда очень кстати появился безымянный донос о том, что новгородцы замышляют измену и намереваются «отдаться под власть Литовского княжества».
Тогда еще никто не понимал, что этот террор большего всего подрывал силы самого правительства и готовил ему жестокие неудачи вне и кризис внутри государства. До каких причуд и странностей могли доходить эксцессы Грозного, свидетельствует, с одной стороны, новгородский погром, а с другой, вокняжения Симеона Бекбулатовича.
В конце 1568 г. Иван Грозный с сыном Иваном возглавил карательную экспедицию в Новгород. Втайне подготовленный поход 15-тысячного опричного войска по родной земле был отмечен проявлением крайней жестокости царя и бессмысленным кровавым и разбойным разгулом его слуг-опричников. Были разграблены Клин, Тверь и Торжок. В самом Новгороде из 6000 дворов (круглым счетом) опустошил около 5000 и навсегда ослабил Новгород.