Что касается башкирского и казахского народов, почти сплошь крестьянских, то их интересы существенно отличались от интересов татарской буржуазии и крестьянства. Более того, в условиях Башкирии исторически сложившиеся земельные отношения противопоставили интересы башкира-вотчинника, достаточно хорошо обеспеченного землей несмотря на многолетние грабежи, татарину-припущеннику и русскому крестьянину, которые были менее обеспечены землей, чем башкиры, и хотели бы ее уравнительного перераспределения. Еще более отчужденными были отношения между быстро богатеющей татарской буржуазией и стремительно беднеющим башкирским крестьянством. В этих условиях З. Валиди, защищавший идею федерализма, имея в виду судьбу всей Средней Азии, Казахстана, Восточного Башкортостана с преимущественно тюркским населением, в начале сам того не ожидая, стал кумиром башкирской интеллигенции, а вскоре и народа. Как историк он оказался весьма чутким к глубинным чаяниям народа и встал во главе движения с идеями, глубоко отражавшими наиболее важные исторические тенденции в империалистической России, остался до конца верен этим идеям и в Башкортостане, и в Средней Азии. Время продолжает доказывать его правоту. Обвинения его в раздроблении тюркских народов столь же несостоятельно, как объяснение возникновения революции в России личной ограниченностью Николая II.
Политическая идеология татарской интеллигенции, возглавлявшейся Садри Максуди и Гаязом Исхаки, также не из разряда исторических случайностей. Их историческое значение глубже, их идеи о демократической России при подлинном равенстве народов, языков, религий актуальны сегодня как никогда. Но в тех исторических условиях – революций и гражданской войны – Валиди оказался намного ближе к народу, к крестьянству и в практических политических событиях тех лет сыграл более заметную роль. А попытка Садри Максуди и других татарских деятелей в эмиграции, особенно в Турции, выдать татарский гегемонизм по отношению к башкирам и другим тюркским народам России в начале XX века за идею о единстве тюркских народов представляет собой условку которую можно обнаружить и в современных исторических трудах как в Турции, так и в Татарстане.
Идейные противники не оставили без своего внимания Валиди и после его отъезда в Вену. То и дело появлялись газетные и журнальные публикации, где он изображался главным виновником, расколовшим единое тюркское движение в России на мелкие части и тем самым обрекшим его на поражение. Все это характеризовалось как нечто очевидное, доказанное, бесспорное. Распространялись вымыслы о том, что якобы З. Валиди на Историческом конгрессе был уличен в фальсификации первоисточников, подверглась сомнению не только его научная компетенция , но и нравственность.
Валиди не мог не ответить на эти обвинения и написал брошюру «Семнадцать занесенных песком городов и Садри Максуди Бей», которая была издана в Стамбуле в 1934 г.
Полемика З.Валиди Тагана с Садри Максуди и Гаязом Исхаки по татаро-башкирскому вопросу продолжалось до конца их жизни и осталось в наследство нашему поколению. И наша задача заключается в том, чтобы эта полемика, опиралась на идеи мыслителей такого масштаба, как З.Валиди Таган и Садри Максуди и не наносило вреда ни одному народу России.
В Венском университете З.Валиди проучился 3 года прослушал курс лекций по истории экономики у А.Допша, истории народов – у В.Копперса, арабской филологии – у Зейфа, иранской филологии - у Гейгера, досконально изучил немецкий язык и латынь, написал диссертацию на немецком языке «Путевые заметки Ибн Фадлана», которую успешно защитил 7 июня 1935 г., получив степень доктора философии.
После получения диплома З.Валиди воспользовался приглашением профессора П.Кале преподавать в Боннском университете, где читал лекции по истории Средней Азии и ислама. В это же время он выбрал себе фамилию Тоган по имени своего далекого предка Иштугана, погибшего в ходе одного из башкирских восстаний против царизма. В Боннском университете он работает до осени 1938 года 19 сентября 1938 года министерство просвещения Германии присваивают ему звание почетного доктора за его педагогическую деятельность. В Германии он переживает счастливейший этап своей научной судьбы в Дрездене в 1939 г. выходит в свет главный труд его жизни «Путевые заметки Ибн Фадлана». Комментарии к книге Ибн Фадлана, содержащиеся в этом произведении, принесли З. Валидову широкую известность во всем научном мире. Высоко оценивая эти комментарии, известный немецкий востоковед Б.Шпулер назвал их «малой тюркской исторической энциклопедией».
В 1939 г. согласно заявлению З. Валиди Тоган был назначен профессором тюркской истории литературного факультета Стамбульского университета, и в день начала второй мировой войны он выехал из Германии в Турцию. З. Валиди погружается в науку, работает над несколькими произведениями, в частности над статьями для «Энциклопедии ислама», первые тома которой уже начали выходить. Три с половиной десятка статей ученого, помещенных в «энциклопедии ислама», могут составить один большой том. О них Г.Янски пишет особо: «История тюрков от древнейших времен до современности, а так же этнографические и общие сведения о тюркских народах, наконец, труды об исторической географии стран, принадлежащих тюркскому жизненному пространству, в том числе и Азербайджану – вот области, где Заки Валиди Тоган имеет перед наукой величайшие заслуги. Никто, кроме него, не был способен написать эти работы на том уровне, на каком они выполнены, так как для этого нужно было родиться и вырасти на той земле».
С 1943 г. государственная политика Турции начинает менять свою ориентацию. Прогерманская, ярая антисоветская пресса умерила пыл. Правительство опасалось недовольства со стороны побеждающего Советского Союза. В результате этих событий губернатор Анкары, министр просвещения Турции и некоторые другие деятели потребовали ареста «националистов», в числе которых оказался и Заки Валиди Тоган.
Он был арестован в мае 1944 г. и осужден на 10 лет «за попытку государственного переворота». Но так как З. Валиди в Турции ни в какие партии и движения не вступал, ни в каких политических делах участия не принимал, военный трибунал отменил этот приговор, хотя ученому пришлось 15 месяцев оставаться в заключении. Это были времена самых суровых испытаний для ученого и его молодой семьи, оставшейся без средств к существованию.
Благоприятный период в творческой жизни ученого начинается лишь в 1948 г. с получения позволения преподавать в Стамбульском университете. Ему было уже 58 лет, но здоровьем и энергией З. Валиди Тоган был наделен в избытке. В этот период он завершает очередной фундаментальный труд – книгу по методологии истории, начатую еще в 1929 году.
Ученый справедливо считал, что история каждого народа должна быть написана на его собственном языке, ибо только родное слово может отобразить все тонкости, все своеобразие, самые сокровенные стороны его судьбы. Действительно, язык народа сам по себе – главный сосуд его культуры, нравственности, памяти.
Зенита своей славы Ахметзаки Валиди Тоган достиг в качестве председателя XXII всемирного конгресса востоковедов, который был организован в 1951 г. в Стамбуле под его руководством.
Путь становления Заки Валиди Тогана от медресе отца и дяди до ученого исламоведа, от молодого учителя мусульманских школ до всемирно известного ученого дает возможность ясно выделить этапы его развития. В первые годы учительства в Казани главную задачу он видит в том, чтобы своими сочинениями по истории, этнографии и литературе познакомить тюркских сородичей с их собственной историей, довести до их сознания, а также до сознания западных тюркологов, мысли и труды их собственных ученых. В 1914 г., открыв в Туркестане ценнейшие рукописи, он привлекает к себе внимание русской, а затем и мировой науки. Ода на персидском языке, мастерски сочиненная афганским государственным деятелем Сердаром Габдерасул Ханом в честь Заки Валиди как руководителя большой освободительной борьбы мусульманской Средней Азии против экспансии России, и письменные отзывы друзей Тогана из числа государственных мужей и ученых Ирана, Индии и западных стран – доказательства того, что Заки Валиди Тоган в глазах ученых самых разных стран, с которыми свела его судьба, представляет как личность, значение которой не ограничивается рамками религиозного или национального сообщества.
Несмотря на широкую известность, достигнутую открытиями редких рукописных книг в Средней Азии и Иране еще в 20-е годы, З. Валиди до конца своей жизни не был вхож в главные исторические научные учреждения Турции. Тунжер Байкара пишет об этом: «В период создания Турецкого исторического общества Заки Валиди небыл допущен к нему вследствие преобладания в нем казанских историков. А исторический конгресс 1932 г. еще больше увеличил пропасть между этим Обществом и Заки Валиди; влиятельные деятели Турецкого исторического общества как раз и противостояли Заки Валиди. В 1962 г. в Анкаре с одобрения и при поддержке правительства был организован Институт исследования турецкой культуры. В его руководство вошли старые политические противники Заки Валиди – казанские татары, поэтому он не мог в то время стать его сотрудником. Но принять его стоило хотя бы для того, чтобы будущая деятельность института была более плодотворной и впечатляющей».