Позиция Троцкого была четкая и определенная: он против коалиционного социалистического правительства, за сохранение власти в руках Совнаркома, составленного из одних большевиков.
Троцкий поддерживает резолюцию Ленина с осуждением оппозиции внутри ЦК, он первым после Ленина подписывает ультиматум больштнства ЦК меньшинству от 3 ноября 1917 года.
В тот же день состоялось второе заседание Совнаркома, почти целиком посвященное обсуждению вопроса о соглашении с другими партиями и положению в Москве. Ленин и Троцкий на этом заседании выступали за прекращение переговоров о соглашениях с партиями меньшевиков и эсеров. Первое время Ленин и Троцкий работали в одном и том же кабинете, комната №67 Смольного. Затем Троцкий переехал в другое помещение. «Кабинет Ленина и мой, - вспоминал Троцкий, - были в Смольном расположены на противоположных концах здания. Мы были вязаны телефоном». 15 ноября в «Правде» за подписями Троцкого и Ленина было напечатано обращение к «Народам воюющих стран» о том, что германский главнокомандующий согласен на заключение немедленного перемирия, чтобы открыть переговоры о демократическом мире, на основе признания самоопределения народов, мира без аннексий и контрибуции. Советское правительство предложило отложить начало переговоров еще на пять дней, до 19 ноября 1917 года, чтобы дать последний шанс своим союзникам присоединиться к переговорам.
18 ноября Троцкий принял начальника американской военной миссии генерала Джадсона. Беседа носила даже дружественный характер.
После длительного периода Троцкий вновь получил возможность читать немецкие газеты и поначалу с жадностью набросился на них. Но вскоре и они не заполняли весь вынужденный досуг. Тогда Троцкому пришла такая идея: не написать ли между делом «Историю Октябрьской революции»? Вскоре получилась книжка листов на восемь, предназначенная автором, прежде всего для иностранного читателя. Книжка была вскоре переведена на дюжину европейских и азиатских языков.
Во время одного из перерывов в переговорах в начале 1918 года Троцкий прибыл в Петроград и изложил Ленину и руководству партии суть немецких предложений. Последовала серия заседаний, на которых вопрос о заключении мира стал обсуждаться с предельной горячностью.
11 января 1918 года ЦК заседал один. После тщательного обсуждения мнения практически разделились. Добившись полукомпромиса на заседании ЦК 11 января, Ленина провел после этого III Всероссийский съезд Советов.
В последней декаде января Троцкий вновь в Брест-Литовске. Он телеграфировал оттуда, что немцы затягивают переговоры. Прямой провод был выведен из строя. Множились слухи о революции в Германии и Австрии. А отсутствии Троцкого немцы наконец предъявили ультиматум – это произошло 15 (28) января 1918 года. Ленина ответил : «Наша точка зрения вам известна». Что это означало? Документ о том, что ЦК дал прямое указание на заключение мира, пока не опубликован. Поэтому, в сущности, у Троцкого была только одна «точка зрения»: постановление ЦК РСДРП (б) от 11 января, а именно «мы войну прекращаем, мира не заключаем» с дополнением «всячески затягиваем подписание мира». Затягивать было больше нельзя, значит, нужно было делать вывод. Троцкий его и сделал. Он прервал переговоры с заявлением о том, что Россия мира не подписывает, но состояние войны объявляет прекращенным и армию демобилизует. Поздно вечером 28 января (11 февраля) Троцкий отправляет телеграмму в Ставку Н.В. Крыленко с предписанием отдать приказ в ночь на 29 января о прекращении состояния войны с Германией и демобилизации русской армии.
Утром 21 января 1918 года в Смольном Ленин беседует с Троцким, только что прибывшим из Брест-Литовска. Троцкий самоуверенно убеждал Ленина, что немецкое командование не посмеет наступать, а если такой приказ и будет отдан, солдаты не пойдут в бой.
23 февраля были получены новые германские условия мираЮ гораздо более тяжелые, чем те, которые были предъявлены ультимативно 15 января от отвергнуты Троцким 28 января. На заседании ЦК РСДРП (б) 23 февраля большинством в семь голосов против четверых голосов «левых коммунистов» и при четверых воздержавшихся (Троцкий, Иоффе, Крестинский, Дзержинский) ленинское предложение было принято, а затем ВЦИК также утвердил принятие немецких условий. Советская власть была спасена, однако очень большой ценой, которая могла бы быть неизмеримо меньше, если бы Троцкий не был так уверен в своих прогнозах относительно близости германской революции и невозможности кайзеровских войск возобновить свое наступление.
Признав теперь свою ошибку, Троцкий стал помогать Ленину в его борьбе против «левых коммунистов». Но дальнейшее пребывание его на посту народного комиссара по иностранным делам в этой ситуации было невозможным. После переезда Советского правительства в Москву 13 марта 1918 года Троцкого назначают единоличным комиссаром по военным и морским делам взамен существовавшей там коллегии.
Эти дни были для Троцкого временем самокритичных раздумий, осознание своего просчета. Вместе с тем именно в ходе брестской эпопеи Троцкий смог убедиться в превосходстве аналитического ума Ленина, признал его первенство над собой. Об этом он открыто заявил 3 октября 1918 года в одном из выступлений.
Перемещение Троцкого на новый пост было не «ссылкой», а выдвиженим. Декрет от 15 (28) января 1918 года провозглашал добровольческий принцип создания Красной Армии.
Назначение Троцкого на высший военный пост исходило от Ленина и было поддержано Я.М. Свердловым по партийной и советской линиям.
«Был ли я подготовлен для военной работы? - задаваясь вопросом Троцкий в автобиографии. – Разумеется, нет. Мне не довелось даже служить в свое время в царской армии. Призывные годы прошли для меня в тюрьме, ссылке и эмиграции. В 1906 году суд лишил меня гражданских и военных прав. Я не считал себя ни в малейшей степени стратегом и без всякого снисхождения относился к вызванному революцией в партии разливу стратегического дипломатизма. Правда, в трех случаях в войне с Деникиным , в защите Петрограда, и войне с Пилсудским – я занимал самостоятельную стратегическую позицию и боролся за нее то против командования, то против большинства ЦК. Но в этих случаях стратегическая позиция моя определялась политическим и хозяйственным, а не чисто стратегическим углом зрения. Нужно, впрочем, сказать, что вопросы большой стратегии и не могут иначе решаться». Но до вопросов «большой стратегии» было еще далеко. Троцкому приходилось в это время туго. Он учился на ходу, усваивал десятки новых понятий и сведений в день, вникал во все новые и новые тонкости организации армии и ее снабжении. 4 марта 1918 года, по его предложению, Совнарком создает Высший Совет Народной Обороны и Высший Военный Совет. Троцкий становится его председателем, подбирает кадры. Своим заместителем по наркомату Троцкий делает двадцатилетнего военного врача Э.М. Склянского. На долгие годы он будет его главным помощником по всем военным делам. Когда Троцкого назначают 6 сентября 1918 года председателем Революционного Военного Совета республики (РВСР), Склянский становится его заместителем вплоть до 1924 года.
Троцкий принимает участие в разработке проведении в жизнь всех важнейших декретов по военному ведомству в период март-июль 1918 года. Так, 8 апреля 1918 года Совнарком принимает декрет об учреждении волостных, уездных, губернских и окружных комиссариатов по военным делам. Система эта существует до настоящего времени. Тогда же создается Всероссийское бюро военных комиссаров, 8 мая вместо Всероссийской коллегии по формированию Красной Армии был создан Всероссийский главный штаб. Усилиями всех этих органов к 20 апреля число красноармейцев и командиров было доведено до 196 тысяч. 22 апреля 1918 года вводится всеобщее воинское обучение граждан. Идея привлечения военных специалистов, как и старых буржуазных специалистов в народной хозяйство, одновременно выдвигалось и обосновывалось В.И. Лениным и Л.Д.Троцким. V Всероссийский съезд принял 10 июля постановление «Об организации Красной Армии». Это постановление вводило вновь всеобщую воинскую повинность трудящихся с 18 до 40 лет.
Л.Д. Троцкий быстро понял значение внешних стимулов, наград и отличий для такой специфической среды , как военнослужащие. В декабре 1917 года на волне общедемократического движения в армии были упразднены все воинские звания, знаки различия, ордена и медали. В апреле 1918 года Троцкий издает приказ о введении нового отличия Красной Армии – красной звезды на головном уборе вместо «романовской» кокарды. В августе 1918 года Троцкий впервые предлагает ввести и орден «Красному воину» или «Воину-интернационалисту». В дальнейшей разработке эта идея привела к учреждению первого советского ордена Красного Знамени. Троцкий как политический командир все Красной Армии, как революционный военный министр еще не проявил себя в марте-июле 1918 года. Громкая слава, успехи и поражения, восторг сподвижников и интриги врагов ждали его в недалеком будущем, начавшемся с августа 1918 года.
«Современная литература о разногласиях Ленина и Троцкого перегружена апокрифами. Бывали , конечно, и разногласия. Но неизмеримо чаще бывало так, что мы приходили к одному и тому же выводу, обменявшись двумя словами по телефону или независимо друг от друга».
Слова Троцкого о Ленине не случайны в его воспоминаниях. Уважение к Ленину, признание его исключительности и гениальности пронизывают все мемуары Троцкого. Они отражают действительный факт: Троцкий стал близким к Ленину членом правительства и ЦК. Их сотрудничество крепло, и отдельные разногласия лишь оттеняли сотрудничество по большинству вопросов. Но свое место второго человека в партии и государстве Троцкий еще должен был завоевать... Троцкий и Сталин родились в один год (1879), с разнице в два месяца.