Понеся крупные потери, противник принялся укреплять противолодочную защиту. Он усиливал основные заграждения, ставил новые минные поля и банки, защищал их всеми средствами, комбинировал способы постановки и разные типы мин, вдоль побережья раскинул сеть шумопеленгаторных и радиолокационных станций, постов наблюдения. Над заливом постоянно барражировали самолеты, высматривая в воде советские подводные лодки. Минные поля охраняли флотилии дозорных и противолодочных кораблей.
Кронштадтские тральщики вновь и вновь «прочесывали» фарватеры, обнаруживали и подрывали мины. Им приходилось отражать вражеские атаки. 23 июля «КТЩ-808» получил около 200 пробоин, все члены экипажа были ранены. В «КТЩ-702» попала бомба. Мужественные моряки потушили пожары, заделали пробоины, починили механизмы и сумели вернуться на базу. Быстроходные базовые тральщики, проводившие подводные лодки до Лавенсари, сопровождавшие их «морские охотники» постоянно подвергались воздушным налетам. «Юнкерсы», «хейнкели» и «мессершмитты» не давали покоя ни днем, ни белыми ночами. Но и для них атаки не проходили безнаказанно. 29 июня катера «МО-302» И. П. Чернышева и «МО-308» М. Д. Амусина сбили 2 самолета, а через день, атакованные 12 истребителями одновременно, меткими выстрелами подожгли еще 3 машины. 4 матроса были убиты, 11 ранены, но балтийцы с честью вышли из тяжелого боя.
Особенно много хлопот стало у катерников во время походов подводных лодок второго эшелона. Для облегчения их переходов «морские охотники» выходили в море 158 раз. Самолеты противника сбросили на каждый катер до 80 бомб. Но маленькие корабли безукоризненно выполняли свою задачу.
Первая лодка второго эшелона, «Л-3», пробралась в самое логово врага — на меридиан Берлина, в Померанскую (ныне Поморская) бухту. Противник чувствовал себя здесь в полной безопасности; на берегу горе ли огни, пароходы ходили без затемнения, между германскими и шведскими портами курсировали паромы... Советские моряки во главе с П. Д. Грищенко быстро нарушили безмятежную жизнь фашистов. Экипаж добился побед над 7 транспортами, эскадренным миноносцем и подводной лодкой. Командование удостоило подводный минный заградитель «Л-3» гвардейского звания.
За кампанию 1942 года подводные лодки КБФ уничтожили торпедами, артиллерийским и пулеметным огнем, минными постановками 56 боевых кораблей и транспортов противника. Транспорт водоизмещением 10000 тонн мог перевезти 200 танков или 2 тысячи солдат с оружием и боеприпасами либо полугодовой запас продовольствия для пехотной дивизии. А балтийские подводники за одну навигацию отправили на дно суда общим водоизмещением почти 160 тысяч тонн.
Эти блестящие победы достались дорогой ценой. Из боевых походов не вернулись «М-97», «С-7» и 9 «щук». Воды Балтики стали могилой для сотен подводников. Но блокированный флот, перешедший после голодной зимы в наступление, нанес врагу такие потери, которые приобрели важное стратегическое и политическое значение, сказались на ходе войны. Недаром на совещании в гитлеровской ставке 22 декабря 1942 года отмечалось: «Каждая подводная лодка, которая прорывается через блокаду, является угрозой судоходству на всем Балтийском море и подвергает опасности немецкий транспортный флот, которого и так едва хватает».
Горькие уроки заставили фашистов весной 1943 года построить на меридиане острова Найссар сплошной противолодочный рубеж. Его основу составили два ряда стальной сети. Бон перегородил залив на всю его глубину и ширину. Высота заграждения, сплетенного из троса толщиной 40 миллиметров, достигала 70 метров, общая длина сети - 90 километров. Бон удерживался тысячами буев и якорей, был обильно начинен всевозможными минами, оснащен особым сигнальным устройством: над местом, где лодка касалась сети, вспыхивал огонь и поднимался столб дыма. Эту стальную стену непрерывно охраняли 140 кораблей различных классов и множество самолетов.
Операция «Балрус» потребовала напрячь силы и средства всего рейха. Зная о ней, балтийские подводники все же попытались преодолеть смертельные для них рубежи. В мае 1943 года из Кронштадта вышли на разведку три лодки. Что случилось с Краснознаменной «Щ-406» Е. Я. Осипова, неизвестно. Она бесследно исчезла. «Щ-408» П. С. Кузьмина была повреждена вражеским самолетом. Ее обнаружили фашистские корабли по масляному следу на воде и стали бомбить. 22 мая Кузьмин запросил по радио помощи авиацией. С Котлина к острову Вайндло устремились три группы самолетов 71-го полка. Летчики потопили два вражеских сторожевика, остальных рассеяли, но совсем отогнать не смогли. А на «щуке» кончался запас электроэнергии, люди задыхались. Тогда «Щ-408» всплыла и два часа сражалась с 8 фашистскими катерами. Два из них загорелись, еще два получили повреждения. Но слишком не равны были силы. Под градом снарядов и крупнокалиберных пуль, изрешеченная пробоинами, лодка медленно уходила на дно. Над ней трепетал не спущенный флаг. Этот сигнал, понятный всем морякам мира, способны поднять лишь самые сильные духом: «Погибаю, но не сдаюсь!»
Только гвардейская «Щ-303» вернулась на базу. Они несколько раз пересекала минные поля, запуталась в сетях, но все же освободилась из стальной паутины уклонилась от преследования кораблей и самолетов противника, сбросивших на нее сотни бомб. Экипаж лодки во главе с И. В. Травкиным выполнил поставленную задачу. Данные разведки убедили командование флота и фронта в необходимости временно воз держаться от применения подводных лодок.
В Германии торжествовали: операция «Балрус» удалась! Немецкие транспорты стали ходить с зажженными ходовыми и отличительными огнями, без конвоев и даже без зенитного вооружения. На море работали все маяки и световые буи, словно в мирное время. Но с 28 мая вражеские суда снова стали гореть, взрываться и тонуть. Это вышли на морские коммуникации летчики 1-го гвардейского минно-торпедного авиаполка. В 1943 году они потопили 55, повредили 6 транспортов и кораблей противника.
Советское командование готовило крупные наступательные операции. Для их осуществления перед силами, базирующимися в Кронштадте, была поставлена задача расширить операционную зону флота на запад. Новые задачи вызвали очередную организационную перестройку: был создан КМОР — Кронштадтский морской оборонительный район (командующий—контр-адмирал Г. И. Левченко), а в его составе - Островная военно-морская база (командир - контр-адмирал Г. В. Жуков). База объединила все части и подразделения на острове Лавенсари.
Вытесняя легкие силы противника из Финского залива, КМОР успешно использовал штурмовую авиацию, бригаду торпедных катеров капитана 1-го ранга Е. В. Гуськова, истребительный отряд охраны водного района Кронштадта во главе с капитаном 2-го ранга М. В. Капраловым. Катерники охраняли фарватеры, сопровождали суда и корабли, перевозили десанты, ставили мины. И, конечно, атаковали врага при первой возможности.
В течение 1943 года торпедные катера выставили около 100 мин, совершили 43 групповых выхода на поиск противника и произвели 40 торпедных атак. При этом отличились дивизионы и отряды Героев Советского Союза В. П. Гуманенко и С. А. Осипова, капитан-лейтенантов И. С. Иванова и А. Г. Свердлова.
С честью сражались и команды сторожевых катеров. 23 мая 1943 года «МО-207» и «МО-303» под командованием И. П. Чернышева отправились в дозор. Они должны были обеспечить безопасность перехода больших конвоев между Лавенсари и Котлином. В сумерках сигнальщики заметили вдали силуэты десяти вражеских быстроходных артиллерийских, противолодочных и торпедных катеров. Позже к ним добавились еще три. Казалось бы, вступать в бой при таком соотношении сил бессмысленно, но советские моряки отважно атаковали врага.
В этом неравном бою пули буквально изрешетили командира катера Н. И. Каплунова. Лежа па палубе, истекая кровью, он продолжал руководить экипажем, Командир второго «охотника» В. Г. Титяков, находившийся на его катере командир звена И. П. Чернышев и многие моряки получили ранения и контузии. Но их наступательный порыв был настолько велик, что гитлеровцам не помогло многократное превосходство в силах. Они позорно бежали под защиту своих береговых батарей. «МО-207» вернулся в Кронштадт с приспущенным флагом: на его борту находились павшие смертью храбрых Николай Каплунов, Алексей Ивченко и Николай Дворянкин. Но моряки выполнили свой долг. Они потопили два и сильно повредили один катер противника, а главное - защитили фарватер, уберегли корабли.
Каждый день вела огонь по врагу артиллерия кораблей, фортов и батарей Кронштадта. Когда фашистам пришлось перейти к обороне, главной целью балтийцев стали тяжелые орудия врага, обстреливавшие Ленинград. Звериной жестокости фашистов советские воины противопоставили контрбатарейную борьбу. Ее вела артиллерия фронта и флота, но главную роль играла морская—более мощная, дальнобойная, и, благодаря особым приборам управления, более точная.
Командующий артиллерией КБФ контр-адмирал И. И. Грен требовал научного учета вражеских батарей. На каждую из них заводилась особая карточка, ей давался номер, указывались калибр, обычное время «работы» и другие данные. Сначала наносили ответные удары. Достигли такого совершенства, что открывали огонь через минуту после первого выстрела гитлеровцев, а некоторые корабли - через 40-50 секунд. Однако командование потребовало большего: перейти к наступательной тактике, упреждать огонь противника, а стреляющие батареи уничтожать или надежно подавлять. Термин «надежное подавление» означал, что после удара по вражеским орудиям они должны были молчать 30 суток,
Все эти меры дали большой эффект. В первое время фашисты непрерывно обстреливали Ленинград часами, иногда полсуток и более не выпускали жителей города из бомбоубежищ. Но вскоре гневный голос балтийских пушек заставил замолкать орудия оккупантов через 15—20 минут. Еще позднее противник стал вести обстрел города лишь в мглистую погоду короткими огневыми налетами. Только так фашистская артиллерия сохраняла шансы уцелеть.