В конце августа флоту пришлось оставить Таллинн. Около 140 кораблей и судов прорвались в Кронштадт через блокированный минными заграждениями, авиацией и кораблями Финский залив.
Кронштадт снова стал главной базой флота. Ею руководил непосредственно командующий КБФ, а комендантом был назначен генерал-майор Г. С. Зашихин.
Гитлеровское командование считало взятие города Ленина делом нескольких дней. Фашисты полагали, что Балтийский флот будет прорываться в нейтральную Швецию. Однако эта гипотеза была ошибочной.
После начала войны командование Балтийским флотом осуществило неотложные меры по укреплению крепости, особенно ее береговой обороны. С этой целью были развернуты три укрепленных сектора: Кронштадтский, Ижорский и Лужский. К тому времени на вооружении крепости находилась стационарная и железнодорожная артиллерия калибром от 45 до 356 мм. Стационарные системы размещались на морских и береговых фортах, а железнодорожные – на специальных железнодорожных позициях. Шесть железнодорожных батарей с орудиями калибра 180, 305, 356 мм поступили на вооружение перед самой войной.
Чтобы обеспечить безопасность укреплений в зимний период и для отражения возможных лыжных десантов, на фортах были построены доты, установлены 45-миллиметровые пушки.[2]
Восточный участок Кронштадской крепости, в силу сложившихся обстоятельств, превратился в передовые линии обороны на Финском заливе, противостоявшие немецко-финским войскам.
Первая линия обороны состояла из фортов “ Первомайский ” (“ Тотлебен”), “ Красноармейский ” (“ Обручев ”) и “ Комсомольский ” (“ Риф ”). Правый фланг этой линии замыкал мыс у г. Сестрорецка , а левый – Толбухин маяк; эти опорные пункты были вооружены 45-миллиметровыми орудиями для борьбы с танками и десантными катерами. По восемь таких орудий находилось на всех фортах первой линии. Кроме того, на фортах “ Комсомольский ”, “Красноармейский ”, “ Первомайский ” имелось девять 254-миллиметровых, восемь 203-миллиметровых в башнях, семнадцать 152- и три 120-миллиметровых орудий.
Артиллерия первой линии могла не только отражать наступление противника по льду залива или морской десант, но и обстреливать захваченную немецко-финскими войсками территорию Корельского перешейка на глубину до 20 км; это обеспечивало стабильность линий фронта за Сестрорецком и Белоостровом. Часть дальнобойных орудий первой линии вела систематический обстрел тыловых вражеских позиций за Ораниенбаумским плацдармом.
Так же самоотверженно защищали Приморский плацдарм артиллеристы фортов, железнодорожных батарей, бронепоездов «Балтиец» и «За Родину». Зенитчики били прямой наводкой по танкам. С предельной скорострельностью вели огонь корабли, находившиеся в районе Кронштадта. Советские патриоты несли большие потери, но сорвали план захватчиков полностью овладеть южным берегом Финского залива.
Лучшие силы отдал защите города Ленина Балтийский флот. Моряки сражались в составе каждой стрелковой дивизии. Кроме того, КБФ сформировал 7 бригад, полк, 7 батальонов, несколько отрядов и маршевых подразделений морской пехоты. Не успели высадиться на котлинскую землю остатки героически сражавшейся под Таллинном 1-й бригады морской пехоты, как ее начали усиленно пополнять. Не закончив комплектование, она выступила на северную окраину Красного Села, чтобы задержать крупные силы оккупантов. Моряки получали оружие и боеприпасы, знакомились с командирами уже в пути. Им пришлось выйти на указанный рубеж без пушек и пулеметов и с ходу вступить в бой. Балтийцев своим присутствием воодушевлял командующий войсками Ленинградского фронта маршал К. Е. Ворошилов. Трое суток дралась бригада, отстаивая каждую пядь земли. Она потеряла 70 процентов рядовых, 80 процентов командного состава, но не отступила ни на шаг, усеяв поле боя трупами гитлеровцев.
В тех же боях получила боевое крещение 6-я бригада, сформированная в Кронштадте из личного состава подводных лодок и учеников матросов. 8 тысяч морских пехотинцев самоотверженно выполняли приказ «Ни шагу назад!». Позже они спасали положению под Волховом, затем отбросили врага на 25 километров в районе Войбокала. Доблестно сражалась на южной окраине Ленинграда 7-я бригада, созданная за счет экипажей линкоров, эскадренных миноносцев и подводных лодок.
Фашистские войска намеревались с ходу форсировать Неву и выйти на ее правый берег в районе Невской Дубровки. Но там еще в августе моряки с помощью кронштадтских рабочих установили мощные артиллерийские батареи. Захватчики получили решительный отпор. Гитлеровцы всеми силами старались уничтожить орудия, смять оборону Невской оперативной группы, за время блокады Ленинграда выпустили по ней свыше 18 тысяч мин и снарядов. Но позиция осталась непреодолимой для врага.
В те же дни начала сентября вся артиллерия Кронштадтского укрепленного сектора, особенно фортов «O» и «П», а также линкоров, крейсеров и канлодок, интенсивно обстреливала узлы дорог, переправы, скопления живой силы противника в центре Карельского перешейка. Там финские войска прорвали наш основной оборонительный рубеж. Создалась реальная угроза их соединения с немцами. Поэтому тяжелая артиллерия день и ночь вела огонь по районам Оллила - Александровка и Белоостров - Куоккала. Благодаря этой мощной поддержке 23-я армия выбила противника из Нового Белоострова. Деморализованные огнем сокрушительной силы, финские дивизии отошли и заняли оборону, которая продолжалась почти три года - до наступления советских войск.
Кровопролитные сентябрьские бои доказали геройским стратегам огромное значение морской артиллерии в обороне Ленинграда. Поэтому гитлеровцы решили ее уничтожить, в первую очередь самые уязвимые цели – корабли. С 14 сентября начались обстрелы каждого крупного корабля из тяжелых орудий с 16-го - атаки авиации. В тот день в «Марат» попали две бомбы и 6 снарядов, линкор ушел в Кронштадт исправлять повреждения. На следующий день пострадал крейсер «Максим Горький». Эти удачи обрадовали фашистов. Они решили нанести по Кронштадту массированные удары, пустить на дно самые грозные корабли Балтийского флота.
Первый налет враг совершил 19 сентября. 15 «юнкерсов» сбросили бомбы в Средней гавани, в районе Морского завода и госпиталя. Повреждения были незначительными, зенитчики и истребители быстро отогнали фашистские бомбардировщики, Небольшая их группа нанесла удар по гавани Ораниенбаума, где стоял Краснознаменный крейсер «Аврора». Основная часть экипажа ушла на сухопутный фронт. Орудия главного калибра били по врагу прямой наводкой с позиций между Дудергофом (поселок Можайский) и Пулковскими высотами. Часть артиллерии корабля, в том числе знаменитое баковое орудие, холостой выстрел которого послужил сигналом к началу штурма Зимнего дворца, установили на бронепоезде «Балтиец». На крейсере оставались только зенитные пушки. Авроровцы достойно встретили немецких стервятников, плотным огнем заставили их беспорядочно сбросить бомбы в воду. Но этот налет, по замыслу врага, был только репетицией…
21 сентября к Кронштадту прорвалось 180 меченных свастикой самолетов. Воздушная тревога, объявленная в 11 часов, не прекращалась до 18. В небе было черно от бомбардировщиков «Ю-87» и «Ю-88». Группами по 30-40 машин они устраивали «карусели» над целями, поочередно с воем ложились в пике и бросали бомбы. Вода в гаванях закипала, земля сотрясалась от взрывов. У берегов Котлина в те дни стояло много кораблей: у стенки Лесной гавани - крейсер «Киров». В Средней Гавани, у стенки Усть-Рогатки, - линкор «Марат», эсминцы, минзаги. Были заняты все причалы Морского завода. Сюда главным образом и целил враг.
На Восточном рейде, накрытый серией бомб затонул эсминец «Стерегущий». Лег на дно сторожевой корабль «Вихрь». Немецкие пикировщики сбросили более 300 бомб на линкор «Октябрьская революция», стоявший на якоре у Петергофа.
Враг метил не только в корабли. Он хотел уничтожить весь Кронштадт, в особенности его артиллерию и Морской завод. На территории предприятия упало 16 бомб. Сильно пострадали механический и деревообделочный цехи, шлюпочная мастерская. Погибло более 50 человек, в том числе начальник одного из цехов С. А. Захаров. Превратились в развалины несколько жилых домов. Перестали действовать водопроводная и электрическая станция.
Три большие бомбы разрушили приемный покой и терапевтическое отделение Морского госпиталя. Из строя вышли пищеблок, теплоцентраль, водо- и паропровод, электрические линии, канализация. Погибли 53 человека, в том числе 13 врачей, медсестер и других сотрудников госпиталя. 58 человек получили ранения,
В тот ясный осенний день на Кронштадт было сброшено более 500 бомб.
22 сентября фашистские стервятники снова с рассвета до темноты вились над городом. Получили повреждения миноносцы «Сильный» и «Грозящий». В Морской завод попало 20 бомб. В гаванях и на улицах города разорвались первые снаряды, выпущенные гитлеровцами с южного берега Невской губы.
Особенно тяжелым для Кронштадта и флота выпал день 23 сентября. Базу бомбили 272 пикирующих бомбардировщика. Они шли с разных направлений, волна за волной, сыпали бомбы на крепость, на гавани и рейды, на пирсы подводных лодок, на позиции артиллерийских батарей, на Морской завод, в доках которого стояли поврежденные корабли...
На крейсер «Киров» «юнкерсы» сбросили 90 бомб. Две из них пробили палубу с правого борта, на корабле возник пожар. Однако экипаж флагмана КБФ мужественно выдержал шесть «звездных» налетов противника, продолжая в то же время обстрел дальних целей. Орудия главного калибра обрушили на них свыше 200 снарядов. Более 4 часов подряд успешно отражали воздушные атаки зенитчики линкора «Октябрьская революция». Все же одна бомба разорвалась на палубе. Но матросы хладнокровно погасили пожар и уже в сумерках отразили последний налет. Трагичнее сложилась судьба других кораблей. Сел на грунт лидер «Минск», затонули подводная лодке «М-74», буксир и транспорт. Весь флот, весь Кронштадт болезненно переживали тяжкие раны «Марата». Линкору оторвало носовую часть до 2-й башни. Взрыв колоссальной силы потряс гавань и осветил заревом весь город. Столб пламени и черного дыма поднялся высоко в небо. Погибли более 300 человек, в том числе командир корабля капитан 2-го ранга П. К. Иванов и комиссар С. И. Чернышенко, многие рабочие Морского завода, находившиеся в тот день на линкоре.