В 1857 г. Лесной институт окончил Валерий Врублевский, ставший видным деятелем международного революционного движения, героическим участником национально-освободительного движения в Польше 1863 г., генералом Парижской коммуны 1871 г.
Огромное влияние на лучшую часть студенчества оказывали идеи Н. Г. Чернышевского и Н. А. Добролюбова. Пробуждению общественного сознания студентов Лесного института способствовала педагогическая деятельность Н. В. Шелгунова, вернувшегося в институт и служившего вначале в Лисинском лесничестве, а затем в самом институте (1856—1861). Если написанное им нелегальное воззвание «К молодому поколению» оказало огромное революционизирующее воздействие на широкий круг студенческой молодежи, то непосредственное общение со студентами Лесного института, безусловно, влияло на формирование их взглядов и убеждений. В своих лекциях Н. В. Шелгунов, излагая специальный предмет, стремился связать его с современной жизнью, донести до слушателей передовые идеи своего времени.
В первую половину 60-х годов институт пережил ряд преобразований; в 1860 г. было упразднено межевое отделение, в 1861 г. рассмотрен вопрос о создании Лесной академии — учебного заведения особого типа с целью подготовки кадров для лесного управления из лиц с высшим образованием. В 1863 г. академия была открыта, но в этом же году последовало повеление царя о переводе в Петербург Земледельческого института из Горы-Горок, вызванное чрезвычайными обстоятельствами. Институт в Горы-Горках Могилевской губернии существовал с 1840 г. Уже в первые годы после его образования в институте началось революционное брожение. В конце 40-х годов за преподавателями и студентами был установлен постоянный полицейский надзор. В донесениях, поступавших в губернское жандармское управление, не раз упоминалось о постоянных сборищах студентов, на которых пелись революционные песни и польские гимны, велись предосудительные разговоры.
В западных губерниях, откуда в основном набирались учащиеся Горы-Горецкого земледельческого института, проживало много поляков, сочувствовавших нараставшему в Польше в начале 60-х годов национально-освободительному и антифеодальному движению. В январе 1863 г., когда вспыхнуло польское восстание, охватившее также Белоруссию и Литву, часть студентов и преподавателей института оказалась связанной с повстанцами. В последних числах апреля Горки были захвачены одним из повстанческих отрядов под руководством Людвига Топора. К «мятежникам» примкнуло более 50 воспитанников института и 6 преподавателей. Через несколько дней отряд был разбит правительственными войсками. Дознания специально созданной следственной комиссии привели к многочисленным арестам. Преподаватели института, «вошедшие в сношение со студентами, поднявшими оружие против правительства», были преданы военному суду.
Царское правительство, опасаясь повторения свершившихся событий, решило перевести институт в Петербург. Оставлены были опытные поля и питомники института, животноводческие фермы и конный завод, пасеки и мастерские земледельческих орудий. Так Земледельческий институт начал свою новую жизнь вблизи III отделения. Характерно, что из 219 студентов института в Петербург было переведено только 33. Несмотря на тщательный отбор, эти молодые люди принесли с собой свободолюбивые настроения, вызывавшие у студентов-лесников чувство солидарности с польскими революционерами.
С.-Петербургский земледельческий институт, занятия в котором начались в октябре 1864 г., сочетал в себе лесное и агрономическое образование. Экономическое положение большей части студентов института было трудным. Стипендии получали немногие. Число казенных стипендий было невелико, правда, существовали еще стипендии от частных лиц и от земств, но общее их количество было незначительным и не могло удовлетворить всех нуждающихся. Необходимость платы за обучение приводила к тому, что часть студентов оказывалась совсем без средств к существованию. Удаленность института от центра лишала возможности побочного заработка в виде переписки, уроков и т. п. Трудности материальной жизни заставляли студентов создавать на общественных началах различные объединения: бюро по труду, кассу взаимопомощи, библиотеку студенческих руководств, столовую, хотя организация подобных учреждений запрещалась правилами высших учебных заведений.
С осени 1868 г. появились признаки подъема студенческого движения в высших учебных заведениях Петербурга. С историей студенческих волнений 1868—1869 гг. связано имя С. Г. Нечаева, вольнослушателя университета, пытавшегося использовать студенческое движение и подчинить его своим планам создания заговорщической организации. Активный участник «беспорядков» - студент-лесник В. И. Ковалевский скрывал Нечаева осенью 1868 г. несколько дней в своем номере в Земледельческом институте, где Нечаев нашел себе единомышленников. Наиболее деятельными из них были студенты В. И. Святский и П. А. Топорков, которые за пропаганду идей Нечаева среди студенческой молодежи были впоследствии арестованы.
Под влиянием Нечаева была выпущена прокламация «К обществу», написанная студентом университета П. Ткачевым, которая
была напечатана в типографии Дементьевой, известной современникам своей яркой речью, произнесенной на суде по делу нечаевцев. В этой прокламации, к печатанию которой был причастен студент-лесник С. Чубаров, говорилось о жестокости и преследованиях, которым подвергается молодежь, и звучал призыв поддержать протест студентов. В марте 1869 г. начались волнения в университете и Технологическом институте. Из-за беспорядков закрыли Медико-хирургическую академию. В официальном сообщении в газете «Голос» было сказано, что «заперты двери и в Земледельческом институте». Хотя это известие было опровергнуто департаментом земледелия и сельского хозяйства, брожение в институте было и едва не перешло в «явные беспорядки».
В этом же году был арестован П. А. Костычев, недавно окончивший институт и оставленный в нем в должности лаборанта. Арест последовал вслед за тем, как полицией было установлено, что он совместно со своими товарищами по лаборатории и учебе составил и распространил листовку, характеризующую положение студенчества того времени.
Общественное движение 70-х годов в Петербурге и во всей России тесно связано с деятельностью революционных народников, являвшихся решительными врагами существующего политического строя, но веривших в то, что Россия минует стадию капиталистического развития и перейдет к социалистическим или приближающимся к ним формам общественного устройства через крестьянскую общину. Революционное подполье этих лет выдвинуло много смелых и энергичных деятелей, сыгравших видную роль в освободительном движении. К ним принадлежат М. А. Натансон, С. М. Кравчинский, С. Л. Перовская, Д. М. Рогачев, Д. А. Клеменц и другие.
Большое влияние на идейные настроения студенческой молодежи оказал петербургский кружок революционных народников, названный по фамилии одного из его членов кружком «чайковцев» (хотя организовал его не Чайковский). Это объединение было создано в результате слияния кружка студентов Медико-хирургической академии, где главным его организатором был М. А. Натансон, и кружка С. Л. Перовской и сестер А. и В. Корниловых.
Многих студентов-медиков и студентов-лесников издавна объединяла дружба, вызванная отчасти территориальной близостью учебных заведений. Кружок М. Натансона был связан с отдельными революционно настроенными студентами Земледельческого института. Позднее, в октябре 1871 г., АЛ. Натансон перешел в Земледельческий институт и числился студентом института до ноября 1872 г. С. Л. Перовская во время ее жительства на Кушелевке, неподалеку от Земледельческого института, была препаратором в химической лаборатории института, работая там по предложению профессора А. Н. Энгельгардта, предоставившего временный заработок четырем слушательницам Аларчинских женских курсов, на которых он читал лекции по химии.
Первоначальная деятельность кружка была направлена на революционную пропаганду и политическое самообразование учащейся молодежи, на распространение среди передовой части студенчества тенденциозно подобранной легальной литературы, к которой присоединялись по возможности и запрещенные издания. Кружок стремился к тому, чтобы самообразование молодежи шло по единой в общих чертах программе с тем, чтобы готовить таким путем молодое поколение для будущей революции.
1 декабря 1870 г. был арестован и заключен в Петропавловскую крепость профессор Земледельческого института А. Н. Энгельгардт. Вместе с ним были арестованы профессор П. А. Лачинов, студенты Николай и Петр Чирвинские, В. Карпека, Г. Софийский, К. Щербак и еще несколько человек. Началось особое следствие III отделения по поводу беспорядков в Земледельческом институте.
В материалах специально назначенной царем следственной комиссии, расследовавшей дело, говорится «о вредном и опасном политическом настроении воспитанников Земледельческого института, о бывших в нем противозаконных сходках и собраниях, имевших характер агитационных сборищ». По отзывам агентов III отделения, в Земледельческом институте господствует такой дух и такое напряженное состояние, что можно ожидать серьезных беспорядков от самой маловажной причины. Политические взгляды студентов в высшей степени неудовлетворительные. Число студентов, выражающих самые крайние убеждения, велико.
Следствие обнаружило, что воспитанники института имеют кассу взаимопомощи, студенческую библиотеку, кухмистерскую, мелочную лавочку; существуют комиссии: экзаменационная, по распределению пособий и др. Это сплотило студентов в самостоятельную корпорацию со своего рода самоуправлением и вызвало необходимость сходок для обсуждения и решения возникающих вопросов. Все это происходит, говорится далее в следственных документах, на глазах у директора института Е. А. Петерсона и его помощника декана А. Н. Энгельгардта вопреки существующим университетским правилам, распространяющимся на все высшие учебные заведения, а также вопреки временным правилам, изданным в самом институте. Обыском в студенческой библиотеке (заведовавший ею студент К. Щербак был арестован) ничего запрещенного не было обнаружено, однако установлено, что для библиотеки в последнее время приобретались не учебники, необходимые для занятий, а преимущественно книги социально-политического содержания. Почти у всех обысканных студентов были найдены сочинения политико-социального и экономического характера.