Более сильное влияние России на Украину сказалось в подчинении Москве Украинской православной церкви. В 1685 - 1686 годах Киевская православная митрополия была подчинена Московской патриархии. Украинская православная церковь потеряла самостоятельность и на протяжении веков подвергалась русификации.
Теперь, фактически Гетманщина состояла из 10 полков. В конце 17 века большое влияние стала играть казацкая старшина, которая по сути являлась управляющим сословием. Рядовые же казаки от постоянных войн разорялись, казацкое войско сокрашалось. В 1700 году насчитывалось только 20.000 казаков. Кроме того вооружение их устарело и они уже не играли той роли, которую они играли в 15 - 17 веках.
Приемником Самойловича стал Иван Мазепа (1687 - 1708/09) - один из выдных политических деятелей казацкой Украины. Это был человек с отличным образованием, который долгое время прожил в разных странах Западной Европы, знал несколько языков. Он был знатоком литературы, искусства, военного дела. Он также старался сделать старшину своей опорой, однако пытался ослабить крепостной гнет. Большую часть своих богатств он отдавал на постройку храмов, школ. Он взял под опеку Киевскую Академию.
Он старался поддерживать хорошие отношения с Москвой, активно поддерживал московского царя Петра 1 в Азовской войне против турок и татар в 1695 - 1696 годах, был советником царя. Благодаря этому Москва поддержала занятие Правобережной Украины в 1704 году. Теперь вся территория Украины была объединена под властью гетмана.
Но в ходе Северной войны 1700 - 1721 годов, где главными противниками были Петр 1 и шведский король Карл 12, недовольство московской властью усилилось. Казацкие полки несли тяжелые потери в Прибалтике, Польше, Саксонии и казаки не могли понять зачем они там сражаются. Гражданское население должно было содержать российские войска, работать на сооружении крепостей и укреплений. Реформы Петра 1 угрожали украинской автономии и независимости казацкого войска от царской армии.
Опасаясь предательства, Мазепа начинает тайные переговоры с противниками Петра 1 - шведским королем Карлом 12 и польским королем Станиславом Лещинским. В октябре 1708 года, после того как Мазепа получил от царя сообщение о том, что царь не может защитить Украину от наступающих шведов и поляков, Мазепа присоединился к шведской армии Карла 12. В переговорах с Карлом 12 Мазепа поставил вопрос о создании независимого украинского государства. Летом 1709 года шведская и российская армия встретились у Полтавы. Мазепа призван на помощь украинцев, но его политика поддержки старшины и такой резкий поворот от союза с Петром к войне с ним отолкнули от него большинство населения. К нему присоединились запорожские казаки во главе с кошевым атаманом Константином Гордиенко. 6 июля 1709 года шведская армия потерпела под Полтавой поражение от российской армии. Карл 12 и Мазепа, а с ним 50 старшин, 500 казаков Гетманщины и 4.000 запорожских казаков бежали в Турцию, город Бандеры. Царь жестоко наказал тех, кто все же поддержал гетмана. Гетманская столица Батурин был уничтожена вместе со всеми жителями, которые не захотели сдаться царским войскам. От таких тяжелых испытаний гетман на чужбине заболел и 3 октября 1709 года умер.
Весной 1710 года, после смерти Мазепы, оставшаяся в изгнании часть казацкого войска избрали своим гетманом генерального писаря Пилипа Орлика. При нем была создана конституция Украинского государства - так называемая Бендерская конституция. Пилип Орлик, поддержанный Карлом 12, вступил в антимосковских альянс с татарами и Турцией и в январе 1711 года, вместе с татарами и запорожцами вторгся в Украину. Однако вскоре он потерпел поражение и уехал в эмиграцию. Жил в Швеции, Германии, а после в Турции. Умер в 1742 году в Яссах.
После поражения Мазепы с новой силой начал действовать план дальнейшего подчинения Гетманщины московскому царю. Это был длительный процесс, который то ускорялся, то, в случае войне с Турцией, когда было опасно злить украинцев, замедлялся. Чтобы ослабить сопротивление украинцев, имперское правительство разжигало вражду между гетманом и старшиной, между старшиной и крестьянством, используя старое правило - Divide et impera - разделяй и властвуй. Жалобы крестьян на старшину российское имперское правительство использовало как повод для вмешательства во внутренние дела Гетманщины.
В 1708 году при согласии царя был избран гетманом Иван Скоропадский. При нем (1708 - 1722) контроль Москвы над Украиной усилился. Петр 1 назначил своего представителя при гетмане с правом контроля за действиями гетмана. Для помощи представителю царя были направлены на Украину два полка. Гетманская столица была перенесена из Батурина в Глухов (поближе к России). Петр 1 начал самолично назначать полковников, а его представитель при гетмане назначал младших офицеров, обычно из числа россиян и иностранцев. В 1721 году указом Петра 1 Киево - Печерской и Черниговской типографии было запрешено издавать все другие книги кроме церковных, и те нужно было приспособить к российским нормам. В 1719 году украинцам было запрешено прямо экспортировать пшеницу на Запад, а все должно отправлятся через Ригу или Архангельск. Цены на нее устанавливало российское правительство, а российские купцы получили значительные льготы в торговле с Гетманщиной. Последним ударом по автономии Гетманщины было основание Петром 1 29 апреля 1722 года Малороссийской Коллегии , которая полностью подрывала власть гетмана. Скоропадский протестовал, но тшетно. В июле 1722 года он умер.
В 1722 году гетманом стал черниговский полковник Павел Полуботок (1722 - 1724). Между ним и генералом Степаном Вельяминовым, главой Малороссийской Коллегии, началась борьба. Полуботок отказывался подчиняться Коллегии и создавал новые формы гетманской администрации. Он также старался сдерживать притеснение крестьян старшиной. Он требовал, и старшина его поддержала в этом, упразднения Коллегии и возвращения всех давних прав Гетманщины. Но это только разозлило Петра 1 и он увеличил права Коллегии. Вскоре Полуботок и авторы петиции были вызваны в Петербург и посажены в тюрьму. Полуботок умер в тюрьме. Другие были помилованы после смерти Петра 1 в 1725 году.
Опасность новой войны с Турцией принудили российское правительство пойти навтречу украинским требованиям. В 1727 году российский император под влиянием Меньшикова упразнил Малороссийскую Коллегию. Были проведены выборы гетмана. Им стал миргородский полковник Данило Апостол (1727 - 1734). Он направил все силы на возрождение гетманской власти. Он возобновил право назначать генеральную старшину и полковников, уменьшил число россиян и других иностранцев в администрации, подчинил своей власти Киев, ограничил число российских полков на украине до шести.
После смерти Данило Апостола императрица Анна Иоанновна запретила избирать нового гетмана и создала так называемое Правление Гетманского Правительства (1734 - 1750). Первый глава правления князь Алексей Шаховской получил тайные инструкции о постепенном сворачивание гетманской власти.
Во время царствования российской императрицы Елизаветы 1 (1741 - 1762) ее фаворит Алексей Разумовский, обычный украинский казак, который стал графом, убедил ее разпустить Правление и возобновить гетманскую власть, а во главе ее поставить его младшего брата Кирилла Разумовского. Новый гетман (1750 - 1764), проводил большую часть времени в Петербурге, где стал президентом Академии Наук, а упраляла Гетманщиной в основном старшина. Разумовский смог добиться некоторого разширения автономии: делами Гетманщины стал заниматься не Сенат, а Коллегия Иностранных Дел. Однако, в 1754 году была упразнена пошлина на ввоз и вывоз товаров - главный источник доходов гетмана. Разумовский помог Екатерине 2 (1762 - 1796) взойти на престол, а затем в октябре 1763 года он собрал старшину на съезд в Глухов. На этом съезде была принята петиция к императрице с просьбой вернуть утерянные права Гетманщины, разрешить созыв украинского дворянского сейма - собрания, по примеру польского сейма. Разумовский просил закрепить за его родом гетманское управление. Екатерина отблагодарила Разумовского, заставив в 1764 году отречься от гетманской власти.
С 1764 года была возобновлена работа Малороссийской Коллегии. Украинская автономия уничтожалась постепенно, но неуклонно. После окончания российско - турецкой войны 1768 - 1774 годов, царские войска предательски напали на Запорожскую Сечь и разрушили ее. Часть казаков ушла за Дунай, где они организовали новую Сечь. Екатерина щедро даровала украинские земли немецким, сербским, болгарским и прочим колонистам. В 1781 году было уничтожено полковое административное устройство (десять полков) и Гетманщина была реорганизована в три наместничества (губернии). В 1783 году казацкие войска были реорганизованы в десять кавалерийских полков российской армии. У украинской церкви были забраны в пользу российского государства имущество церкви и церковные крестьяне. Гетманщина и казацкое политическое и социальное устройство перестало существовать.
На Правобережье после Северной войны эта территория обезлюдила. Чтобы привлечь крестьян польские магнаты предлагали украинским крестьянам селиться, обещая освобождения от панщины на 15 - 20 лет. Верховной власти здесь не имел никто. Правили польские магнаты и шляхтичи, каждый в своем поместье. В 1734 и 1750 годах вспыхивали крестьянские восстания против польского владычества. Но самым большим и кровавым была так называемая колиевщина в 1768 году. Ее руководителями были запорожец Максим Железняк и сотник Иван Гонта. Были уничтожены многие шляхтичи, католические священники и евреи. Боясь, что колиевщина перейдет на территорию Российской империи, та помогла Польше подавить это высступление.