Удачно проведенная экспедиция против Туниса была успехом флота, который был обеспечен умелым взаимодействием с сухопутной армией. Завоевание мусульманского города удалось в высшей степени хорошо использовать в пропагандистских целях по всей Европе, ведь можно было, например, указать на освобождение множества христиан. Таким образом, Карл значительно поднял свой авторитет в глазах европейской общественности. Лично для него было крайне важно отличиться в качестве полководца императорских войск. «Исторически тунисская операция отмечает блестящую и в военном смысле уникальную вершину турецкой политики Карла V, одновременно также последнее наступление императора Священной Римской империи во главе европейских армий против неверных: ибо вновь на мгновение ожила идея позднего средневековья об императоре».
Совсем иными оказались властно-политические последствия, так как император все же не достиг важнейшей цели: захватить Барбароссу в плен и тем самым действительно лишить его могущества. Тому удалось сбежать, и он продолжал свою политику из Алжира. Когда Карл захотел повторить тунисский триумф в Алжире, он потерпел провал из-за непогоды: часть его флота затонула при высадке десанта 25 октября 1541 года.
После смерти супруги Карла, Изабеллы, 20 апреля 1539 года при родах седьмого ребенка, на ее место в качестве возможного регента выдвинулся Филипп. На несколько дней император уединился в иеронимитском монастыре Ла-Сисла, близ Толедо. В своих мемуарах Карл вспоминает о смерти своей жены, вызвавшей большую тревогу во всем мире, следующим образом: «Он [т. е. Карл] оказался один и ощутил сильное желание сделать все возможное, чтобы сохранить добрый мир, и хотя он должен был себе признаться, что принц, его сын, еще юн для того, чтобы в его отсутствие править и заменить императрицу, и хотя ему приписывали еще и другие сомнения, все же он прислушался к собственному доброму и чистому внутреннему голосу, призывавшему сделать то, что надлежало сделать для своих подданных, чтобы предотвратить еще большие беды для них. Так что он решился покинуть Испанию и впервые передать правление здесь в руки своего сына, принца, каким бы юным он ни был». Наделение властью двенадцатилетнего инфанта было связано с составлением того первого значительного политического завещания императора, которое, как и более поздний документ, появившийся в связи со вторым регентством Филиппа в 1543 году, дает ясное представление о надеждах, возлагаемых Карлом на сына и на будущее династии.
Воодушевленный примирением с Франциском I в ходе семейных переговоров в Ницце, император уже представлял себе династический порядок в Европе под руководством обоих великих домов: Бургундского и Валуа. Императорство понималось Карлом как естественная предпосылка преимущества дома Габсбургов. Мир в Италии должно было обеспечить постоянное господство в герцогстве Миланском одной из этих двух династий. Открытым оставался еще вопрос присоединения Нидерландов. «Он (вопрос) приобретал значение тоже только в случае «германского решения» бургундской проблемы, когда инфанта Мария как наследница Нидерландов вышла бы замуж за старшего сына Фердинанда, тогда как ее брак с герцогом Орлеанским возобновил бы древнее право французской короны на Бургундию, как лен, передаваемый второму по рождению. Кроме того, за обоими решениями постоянно стояло еще и третье, испанское, в том числе и для Нидерландов». Вопрос этот, вместе с Испанским королевством и заморскими территориями, должен был унаследовать Филипп. Конечно, император колебался еще и в завещаниях от 1543 и 1544 годов относительно постоянного объединения Нидерландов с Испанией.
Инструкции в связи со вторым регентством Филиппа от 4 и 6 мая 1543 года хорошо вписываются в общий династический контекст. Одновременно в них содержались личные указания сыну в отношении доверия к Советам. Их следует оценивать как отражение политического опыта императора и можно рассматривать как «монаршее зерцало», вышедшее из-под пера монарха. Сюда же можно отнести и политическое завещание от 18 января 1548 года. Когда Филипп отправился в Нидерланды, чтобы отец смог представить его в Священной Римской империи как своего наследника, регентами в Испании были назначены 29 сентября 1548 года: Максимилиан, старший сын брата Карла, Фердинанда, и его супруга, старшая дочь Карла. В силу императорской инструкции от 23 июня 1551 года Филипп вновь принял регентство. Когда, добиваясь руки Марии Английской, Филипп отплыл в Англию для вступления в брак, то назначил (12 июня 1554 года) вместо себя младшую сестру Хуану, вдовствующую инфанту Португальскую, мать наследника Дона Себастьяна. Так что представлять отца в Испании довелось всем троим детям Карла V.
Первые годы правления Карла V совпали с решающей фазой заморской Конкисты, связанной с именем Эрнана Кортеса. Король Испании стал свидетелем невероятного увеличения государства. Столь же огромны, разумеется, были сопутствующие этому процессу властно-правовые и организационные проблемы, главным образом гуманитарные. С многоплановыми проблемами Конкисты Карл столкнулся еще на первых заседаниях Советов, и, хотя эти феномены во многом были продолжением Реконкисты, речь все же шла о порабощении и христианизации коренного населения Америки. В 1529 году Эрнан Кортес находился при дворе Карла и с ним также Франсиско Писарро, планировавший в то время завоевание империи инков в Перу. Все конквистадоры, ссылаясь на то, что действуют от имени «всемогущего императора Дона Карлоса», порабощали коренное население Америки, силой насаждали христианство и вводили кастильское право и законы, при этом сохраняя лишь часть правовой системы индейцев.
«Просто поразительно, насколько быстро, несмотря на своеволие конквистадоров, в Америке была создана функционирующая испанско-кастильская администрация. С 1500 года корона добивалась введение административной системы, подобной действующей на ранее завоеванных Канарских островах». Это предусматривало создание провинций, во главе которых стояли губернаторы, наделенные судебно-административными функциями. В военном отношении американские территории делились на военные округа. Еще до образования вице-королевств Новая Испания (1535) и Перу (1543) по образцу королевских Верховных судов Вальядолида и Гранады в Америке были созданы апелляционные суды, так называемые Audiencias: в 1511 году в Санто-Доминго; за этим последовало учреждение Audiencia в Мехико (1527), направленного против вопиющего самоуправства Эрнана Кортеса, и затем в Панаме (1535), Гватемале и Лиме (1542), Гвадалахаре и Боготе (1548). Именем Карла, естественно, основывались также новые города и перестраивались по испанскому образцу индейские.
Значение Испанской Америки для экономики Испании, и тем самым для мировой экономики состояло главным образом в поставляемых оттуда благородных металлах. Общее количество (в период с 1503 по 1660 годы) оценивается в 300 тонн золота и 25 000 тонн серебра. В основе правовых и социальных проблем лежало введение в 1503 году на американских территориях системы repartimientos (трудовой повинности индейцев), позднее известной как энкоменда. Практически эпкоменда означала «безудержную эксплуатацию индейцев с насильственным привлечением рабочей силы, труда женщин и детей, разрывом семей, зверским террором в случае неповиновения или побега, причем часто им даже не обеспечивался прожиточный минимум питания».
В 1512 году с принятием «Бургосских законов» была сделана попытка смягчить эту рабскую систему с помощью бюрократического контроля. Но осуществление королевских законов против произвола столкнулось с трудностями, связанными с большой удаленностью. Проблема приняла гигантские размеры, когда Кортес ввел эту систему в Мексике, чтобы покрыть расходы на Конкисту. Карл не выступил принципиально против, но попытался ограничить энкоменду в отношении размера дани с индейцев; с 1536 года обладатели энкомеиды больше не имели права ее взимать.
Параллельно шла острая полемика относительно оправданности испанского владычества и жестокого обращения с индейцами главным образом между доминиканцем, епископом Чапаса Бартоломе де лас Касасом, знакомым с местными условиями, и богословами и правоведами Испании, такими как Паласио Рубиос, доминиканец Франсиско де Виториа, гуманист и придворный историограф Хуан Хинес де Сепульведа. Если Паласио Рубиос и Сепульведа отстаивали законность вторжения и неполноценность индейцев в аристотелевском смысле, Виториа ставил под сомнение наличие правооснований испанского господства в Америке. Лас Касас, решительнейший враг энкоменды и ярый критик конкисты, в 1540 году приехал в Испанию, где ему удалось оказать решающее влияние на издание Карлом V «Новых законов». Эти законы еще более ограничивали энкоменду и тем самым облегчали положение индейцев. И лас Касас, назначенный в 1543 году епископом Чапаса, стал проводить их в жизнь, несмотря на протесты обладателей энкоменды. Однако восстание Франсиско Писарро в Перу (1544) вынудило императора уступить. Хотя в 1549 году он запретил замену дани на трудовую повинность, практика эта продолжала существовать в отдельных латиноамериканских странах.
Таково было непреодолимое противоречие, которым отмечено развитие Америки, сколь бы необычными ни казались публичная самокритичность и добрая воля испанской короны в XVI веке. Связанная с этим дискуссия об обращении с индейцами снова развернулась в 1550-1551 годы при дворе Карла в Вальядолиде, на этот раз между Сепульведой и лас Касасом. Поводом к ней послужил запрет на публикацию узаконивающих Конкисту тезисов Сепульведы, которого добился лас Касас от Филиппа II в 1547 году. Назначенная Карлом комиссия в своем заключении (1554) признала верной точку зрения Лас Касаса, подкрепив тем самым сомнения в законности Конкисты и крещения Америки.