У меншій мірі ліквідація або скорочення реєстру позначалися на верхівці реєстрового козацтва. До неї входили козацька старшина та заможне козацтво. Головним чином, то були вихідці з української шляхти, які мали села та хутори, млини, корчми. Врешті-решт і ця частина козацтва, як і все реєстрове козацтво, дуже болісно сприймала національно-релігійний гніт, який різко посилюється в кінці XVI ст. Цими обставинами і пояснюється той факт, що в народних повстаннях кінця XVI — першої пол. XVII ст. брало участь все українське козацтво, в тому числі і реєстрове.
Особливості військово-політичного та адміністративного устрою Запорізької Січі.
Запоріжжя стало зародком нової української державності. Козаки створили органи влади, які поступово зосереджувалися в руках козацької адміністративної та судової влади. Остання поширювалась як на козаків, так і на тих людей, що мешкали за межами Запоріжжя в укріпленнях — "паланках". Кіш очолював виборний кошовий отаман. Йому допомагали виборний суддя, писар, обозний, осавул, хорунжий. Найважливіші питання військового та політичного характеру розглядалися на засіданнях Військової ради. Згідно із звичаєвим правом на них міг бути при сутнім будь-який козак. Збиралася Військова рада тоді коли для вирішення того чи іншого питання потрібна була воля всього товариства, але два рази на рік — 1 січня і 1 жовтня — вона збиралася обов'язково.
Існували також ради на рівні куренів, які звали "сходками", і вони збиралися для вирішення питань місцевого значення. Для таких же цілей скликали і сходки в паланках.
Підкреслимо такий факт: на Запорізькій Січі державна система народилася з військової організації, тому державні органи, адміністративно-територіальна система, посади були як військовими одиницями, так і державними. Кошовий отаман (гетьман), військовий суддя і військовий писар складали так звану військову старшину. Вони обиралися Військовою радою щорічно 1 січня. В мирний час військова старшина виконувала адміністративні та судові функції, а під час військових походів очолювала Запорізьке Військо, передаючи свої повноваження наказній старшині.
Кошовий отаман (гетьман) зосереджував у своїх руках вищу військову, адміністративну і судову владу. Його влада не була абсолютною: він звітував перед Військовою радою, його повноваження обмежувалися річним терміном перебування на посаді. Військовий суддя був другою службовою особою на Запоріжжі. Він здійснював суд над козаками і призначав начальника артилерії. Військовий писар завідував канцелярією і вів всі письмові справи Запоріжжя. Військовий осавул слідкував за дотриманням козаками порядку в Січі, відав охороною кордонів, заготівлею продовольства для війська тощо.
Під кінець XVI ст. на Запоріжжі вже існувало військо . зі стрункою організацією. Очолював його кошовий отаман (пізніше — гетьман). Основною військовою одиницею був полк з 500 мушкетів. Полк поділявся на сотні, а ті в свою чергу — на десятки. Посади кошового отамана (гетьмана), полковника, сотника, отамана, який командував десятком (пізніше — курінного отамана), були виборними. У своїх грамотах і листах вони титулували себе "Військом Запорізьким". Основну його частину складала піхота. Військо мало гармати. Рядовий козак був озброєний мушкетом, пістолетом, шаблею, ножем, списом, іноді використовувався лук і стріли.
Чисельність Запорізького війська не була сталою. На кінець XVI ст. воно нараховувало близько 15 тис. козаків. Січ мала також свій флот, який складався з великих човнів — чайок або байдаків. Військо Запорізьке мало свою печать — герб із зображенням козака з рушницею на плечі, з шаблею та списом, застромленим у землю поруч з постаттю козака. Січова корогва (прапор) була червоного (малинового) кольору: на лицьовому боці був зображений в білий колір св. Архангел Михайло, а на зворотньому — білий хрест, оточений небесними світилами.
На початку Визвольної війни вищим органом влади була Військова рада Війська Запорізького. До компетенції Військової ради входило вирішення найважливіших державних питань як воєнних, так і політичних: вона вибирала гетьмана і генеральний уряд і мала право їхнього усунення, вирішувала всі питання зовнішньої політики, відсилала посольства, приймала послів, здійснювала правосуддя. Право на участь в ній мали всі козаки.
Починаючи з 1649 р.. Військова рада скликається рідко. Є відомості про одну раду в 1650 р., дві — в 1651 р., декілька — в 1653 р. і ще одну (останню) в січні 1654 р. — в Переяславі.
Одночасно з падінням ролі Військової ради зростає значення старшинських рад. І хоча це був дорадчий орган при гетьмані, його рішення були обов'язковими для нього.
Система управління складалася з трьох ступенів: Генерального, полкового та сотенного урядів.
Генеральний уряд був центральним органом управління. Він очолював всю систему управління і був постійно діючим органом.
Генеральний уряд обирався Військовою радою. Очолював Генеральний уряд гетьман: як глава держави, вищий суддя та верховний головнокомандуючий, законодавець, оскільки він видавав універсали — нормативні акти, обов'язкові для виконання на всій території України.
Генеральний уряд був вищим розпорядчим, виконавчим та судовим органом держави.
Окрім гетьмана, до Генерального уряду входили генеральні старшини, які керували окремими галузями управління.
Найближчою до гетьмана державною особою був генеральний писар. Він керував зовнішніми відносинами та канцелярією, через яку проходили всі документи як до гетьмана, так і від нього. Генеральний обозний, генеральний осавул та генеральний хорунжий займались військовими справами, відповідали за боєздатність війська та його матеріальне забезпечення. Генеральний бунчужний охороняв знаки гідності гетьмана та Війська Запорізького, а також виконував окремі доручення гетьмана. Генеральний суддя був вищою апеляційною інстанцією за відношенням до полкових та сотенних судів. Генеральний підскарбій очолював фінансову систему держави.
Перераховані державні особи складали раду генеральної старшини, яка з часом витісняє Військову раду.
Право і судочинство у Запорізькому низовому війську.
З формуванням козацького республіканського ладу складається своєрідна правова система на Запоріжжі. Козаки не визнавали дії Статутів та магдебурзького права на своїй території. Правосуддя на Запоріжжі відбувалося у відповідності з старовинними звичаями, "словесним правом і здоровим глуздом". Норми звичаєвого права, які склалися у Запорізькій Січі, закріплювали військово-адміністративну організацію козацтва, роботу судових органів, порядок землекористування, порядок укладання окремих договорів, види злочинів і покарань. Можна з впевненістю стверджувати, що козацьке звичаєве право являло собою народну конституцію.
Серед кримінальних злочинів найбільш тяжким визнавалися вбивство, нанесення побоїв, крадіжка, дезертирство, пияцтво тощо. Як покарання практикувалися прив'язування злочинців до гармати, биття канчуками під шибеницею, членоушкодження тощо.
За найбільш тяжкі злочини присуджували до смертної кари, яка поділялася на просту та кваліфіковану. До кваліфікованої відносилося закопування живим у землю, посадження на палю, повішення на гак, забивання киями біля ганебного стовпа.
Продовжувало діяти і канонічне право. Правовим збірником православних норм був грецький Номоканон, католицьких — Звід канонічного права 1532 року.
В роки Визвольної війни на Запоріжжі і в Україні вдосконалюється вже існуюча правова система. Серед джерел права, які використовувалися, на першому місці було звичаєве козацьке право. Воно регулювало широке коло стосунків, і перш за все, організацію державної влади та управління, систему судочинства, називало злочини та покарання за них. З часом великої ваги набувають нові джерела права. Мова йде, перш за все, про гетьманські універсали. Це були розпорядчі акти вищої влади, які носили загальнообов'язковий характер для всього населення України. Універсали регулювали державні, адміністративні, цивільні, кримінальні та процесуальні стосунки.
Джерелами права були також міжнародні угоди, які укладалися гетьманом, головним чином з сусідніми державами. В них стверджувався стан України як суб'єкта міжнародно-правових відносин. В угодах ми знаходимо норми цивільного та адміністративного права.
Під злочином розумілося всяке порушення норм "давнього козацького права". В системі злочинів на першому місці стояли військові злочини (зрада, ненадання допомоги під час бою тощо). Особливо жорстоко карали зрадників — їх страчували. Серед видів покарання найбільш поширеними були смертна кара та штрафи.
На Запоріжжі формувалася і своєрідна судова система. Судові функції тут виконували усі представники козацької старшини. Кошовий отаман (гетьман) був найвищим судовим органом. В середині XVII ст. він перетворюється на вищу апеляційну інстанцію.
Основні судові функції покладалися на військового суддю, який розглядав кримінальні й цивільні справи козаків. Найбільш складні справи він передавав кошовому отаману (гетьману) або Військовій раді. Військовий суддя відправляв правосуддя за звичаєвим правом, яке склалося на українських землях протягом останніх століть.
Судові повноваження інших представників військової старшини були менш значимими. Так, військовий осавул виконував функції слідчого та стежив за виконанням судових рішень. У межах своїх повноважень виконували судові функції курінні та паланкові отамани. Цікаво, що на Запоріжжі діяв принцип: "де три козаки — два третього судять".