Після наставлення митрополитом Петро Могила з новою силою розгорнув сподвижництво як у галузі церковній, так і освітній, будівничій, книгодрукування та ін.
Насамперед після повернення до Києва він звернув увагу на вилучення в уніатів й упорядкування давньої руської святині – Софійського собору. Після “хозяйнування” уніатів ця велична будова перетворилася на пустку й поступово руйнувалася. Першим ділом митрополита було надати церкві св. Софії величавого виду і посвятити її для богослужіння; він називав її “одинокою окрасою православного народу, головою і матір'ю всіх церков”. Петро Могила намагався відновити давню святиню Києва і разом з тим оживити в народі споминку старовини. Таким чином, він відновив церкву св.Василя; з руїн Десятинної церкви поставив нову камінну церкву, а підчас тих робіт найшов у землі домовину св.Володимира і переніс її до печерського монастиря, щоб люди могли її поклонитися, відновив також стару церкву Спаса на Берестові.
Петро Могила звернув увагу на те, що в церковні богослужебні книги, якими тоді користувалися в південній та західній Руси, вкралися неправильності й суперечності. Це було тоді тим гірше, що противники православ'я вказували на цю обставину, як на слубу сторону й стверджували, що в православнім богослуженні нема одностайності: в одній книзі про орден і сам предмет можуть бути одні вислови, а в другій – зовсім інші, і кожен священник може вживати того або іншого способу. Цим противники намагалтся доказати, що церква, не маючи одного голови, не зможе дотриматися правильності в своїх богослужебних книгах, а тим самим звертали на конечність підчинитися папі, як єдиному голові. Могила постановив, щоб у майботньому богослужебні книги не давалися в печать без перегляду й порівняння з грецькими першотворами і без його благословення. Він займався їх переглядом сам особисто.
Петро Могила дуже дбав, щоб завести одностайність у православнім богослуженні, щоб священники як слід виконували свої обов'язки, та щоб поправити їх моральність. Для цього у 1640 р. Могила назначив собор у Києві і на цей собор закликав не тільки духовних, а й світських людей, записаних в братствах; після його погляду на склад Церкви, світські люди мали право голоса у церковних справах. “Наша церква, - писав Могила в своїм окружнім посланні, - лишилася недоторканою в догмах віри, але дуже попсована що до обичаїв, молитв і благочестивого життя. Багато православних, ходячи на богослужіння іноверців і слухаючи їх науки, заразилися єресю, так що важко розпізнати: чи вони справжні православні, чи тільки так називаються? Інші ж, не тільки світські, але й духовні, просто покинули православ'я і перейшли до різних безбожних сект. Духовний і чернечий стан попав у нелад; недбалі настоятелі не стараються що до ладу і зовсім ухилились від прикладу давніх отців Церкви. В братствах покинули ревність і звичаї предківські; кожен робить, що хоче.” Могила заявляв, що він бажає повернути українську церкву до давнього благочестя, і думав, що цього можна досягти собором духовних і світських людей. Дії того собору не дійшли до нас, та мабуть результатом його нарад явилося нове видання “Требника” в 1646 р. Цей “Требник” – подрібний збірник богослужень, довго служив провідною книгою цілій Росії і відомий під назвою “Требника Петра Могили”. В “Требнику” Могила не обмежився тільки викладом молитв і обрядів, а ще додав до нього пояснення й повчання, як поступати в різних ситуаціях, так що цей “Требник” служив не тільки провидною книжкою для відправи служб, але щей мав значення научної книги для духовенства. Ціль книги виражена у вступі, де сказано: “Книга ця печатається не тільки для того, щоб священники в своїх приходах кожного дня, іменно ж у неділю й дні свят, читали й пояснювали його своїм прихожанам, але також, щоб світські люди грамотні вчилися таким способом християнської науки, щоб родителі вчили своїх дітей, а володарі підвласних собі людей, а токож щоб у школах усі вчителі веліли своїм ученикам вчити цю книжку напам'ять”. Цей катихізис способом свого викладу послужив взірцем для усіх катихізисів пізніших часів. Він виложений в питаннях і відповідях і складається з трьох частин: в першій розбирається символ віри після членів, в другій – молитва Господня, в третій – заповіді.
В 1644 р. Могила написав твір “Лiθоς”, який складався з трьох розділів: в першому обговорюються тайни й обряди, в другому – церковний устав, в третьому – дві головні догматичні різниці між східною й західною церквами: походження святого Духа і верховне начальство папи. Взагалі, з оглядом на значення обрядів, Могила відрізняє єственні головні признаки від додаткових. Єственними він називає ті, що при всяких змінах форм мають лишитися непохибні, вони містяться:
- в матерії;
- в формі або слові;
- в інтенції (намірі) того, що відправляє службу Божу (богослуження).
Таким чином в тайні хрещеня вода становить матерію, виголошення слів: “хреститься на ім'я Отца, Сина і святого Духа” – форму, внутрішній намір або бажання того, що сповнює тайну, щоби звести ласку св. Духа – інтенцію. Зовсім так само в літургії єственну частину її становлять, крім внутрішнього н а м і р у священника: матерія, тобто хліб і вино, і форма, тобто освячуючі її слова Спасителя: “прийміть, їжте й пийте від неї усі”. Весь лад богослуження, в котрий прибрані або влучені єственні признаки, може змінятися в різних церквах. Відповідно до місцевостей, давніх звичаїві переказів, можуть існувати всякі обряди. Обряди можуть в одній і тій самій церкві після потреб часу змінюватися, доповнятися й скорочуватися, та не інакше, як на основі соборів. Кожен священник, зокрема, повинен точно виконувати все, що постановляють богослужебні книги, прийняті в той час. Такий був погляд знатного митрополита на весь лад зверхньго богослуження. Він завзято виступав проти римської церкви, але зовсім не з причин різниці богослужебного ладу, а за її догматичні похиби, між котрими перше місце займає признання абсолютного голови в особі римського папи.
Як тільки Петро Могила зайняв посаду митрополита, він реформував Київську братську школу в колегію, заснував другу школу у Винниці і завів при київськім братстві друкарню та підчинив їх київьському митрополитові. Цим було нарушено стародавній розпорядок патріярха Теофана, після которого київське братство підлягало тільки патріярсі. Але це було виправдано зробленими змінами: заснуванням монастиря і зміною школи на колегію, і тим, що колегію і монастир підтримував на свої власні кошти Петро Могила. Монастир мав тісний зв'язок із колегією. В ній містилися тільки монахи-наставники, їх всіх було взято з Печерської Лаври. Як вже говорилося, Могила підтримувал колегію й монастир за власний кошт: переписав на них дві лаврських волості, подарував колегії своє власне село Позняківку, крім цього час від часу давав грошові підмоги на будівлі й гроші для вчителів й учнів. За його прикладом і проханням, записана в братство шляхта допомогала колегії всякими дарами і щорічно вибирала старостів з-поміж себе для надзору й допомоги в підтримці. Колегію було утворено за зразком тодішніх висших европейських шкіл, за допомогою свідомих духовних осіб, а також світських людей, котрі б могли пильнувати правоти східної церкви і своєю освітою стати на рівні з тими, від кого вони повинні були охороняти права своєї церкви дорогою закона й втолоковування. Ідеалом Могили був такий український чоловік, котрий би, зберігаючи свою віру й свою мову, водночас рівнем своєї освіти і своїми духовними здібностямистояв на рівні з поляками, з якими доля зв'язала його в державних відносинах. До того ідеалу прямували й способи виховання й навчання, прийняті Могилою.
З наукового погляду колегія ділилася на дві конгрегації: висша і низшу. Низша конгрегація в свою чергу ділилася на шість класів: ф а р а або а н а л ь о г і я, де вчили одночасно читати й писати тьома мовами: слов'янською й грецькою; і н ф і м а - клас початкових відомостей; за ним клас г р а м а т и к и і клас с и н т а к с и м и: в обох класах навчали граматичних правил трьох мов - слов'янської, латинської і грецької, пояснювали й перекладали всякі твори, робили мовні практичні вправи, вивчали катихізис, арифметику, музику й нотний спів. Далі – слідував клас п о е з і ї, де викладали поетику і писали всякі можливі вправи у віршованні, як українською, так і латинською. За поетикою слідував клас р и т о р и к и, де учні вчилися складати промови. Висша конгрегація складалася з двох класів: ф і л о с о ф і ї, яку викладали після Аристотеля, приладженого до викладання у західних латинських провідних книжках, і поділялася на три частини: логику, фізику (теоретичне толковання явищ природи) і метафізику. У цьому класі навчали також геометрії та астрономії. Другим найвищим класом було
б о г о с л о в і є. Його вивчали після системи Томи Аквіната. В цьому ж класі викладали гомілетику й учні тренувалися в написанні проповідей.
Усі науки, за виключенням слов'янської граматики й катихізису, викладалися латинською мовою. Учнів примушували не тільки писати, але й раз-у-раз говорити цією мовою, навіть поза колегією: на вулиці, вдома. В цих цілях для учнів низшої конгрегауії були видумані довгі листи, вложені в покровець. Хто сказав що-небудь не по латинськи, тому давали цей лист, вписували туди ім'я учня, що провінився. Учень носив сей лист, доки не міг віддати його кому-небудь іншому, хто говорив не по латинськи. Першість, що надавали латинській мові, після заснування колегії, навело на неї небезбечну бурю. Між православними розійшлася чутка, що колегія неправославна, що наставники її, виховані за кордоном, заражені єресю, що в ній викладають науки по провідним книжкам іновірців. Навчають найбільше латинською мовою, мовою іновірців, а чинять це тому, щоб відвести молодь з дороги віриїхніх батьків! Громада легко присвоювала собі подібні погляди. Люди звикли до тої гадки, що латинською мовою відправляють богослуження і говорять вороги їхньої віри, ксьондзи, і тому вважали вивчання тієї мови неправославним ділом. Могила мав чимало противників, але це були невчені й негідні свого сану попи, велику кількість яких він усунув з їхніх місць. Крім того не сприяли йому всі сторонники Ісаї Копинського, котрий, як видно, сам говорив про неправослав'я свого суперника, що усунув його з метрополії. Лиха слава про Петра Мтогилу і його науковий заклад поширилася між козаками, які були готові жорстоко розправитися з тими, кого вважали ворогами віри. І справді – діло дійшло до того, що одного разу ватага народу, під проводом козаків, майже накинулася на колегію, бажаючи спалити її і повбивати наставників. “Ми, - писав опісля Сильвестер Коссів, тодішній префект київської колегії, - висповідалися й чекали що нами стануть кормити дніпрових осетрів, та на щастя Бог, бачучи нашу невинність і піклуючись про просвіту українського народу, розігнав хмару пересудів й просвітив серця наших земляків. Вони побачили в нас справжніх синів православної церкви. І з того часу поселенці Києва та інших міст не тільки перестали нас ненавидіти, але стали щоразу віддавати більше своїх дітей і величати нас Геліконом і Парнасом”. Ця подія, що загрожувала колегії, трапилася у 1635 році. В тім самім році, коли минула небезбека, Сильвестер Коссів видав твір “Екзегезисї или Апольогію Кіевскихї школї”, в ньому він захищав спосіб навчання, прийнятий в колегії. Першість, що надавали латинській мові, виправдовували в очах Петра Могили і наставників, яких він обрав за тогочасних обсавин. Українці, що навчалися в колегії, жили під польським володарством і готувалися до життя в суспільстві, пронизаним польським ладом і польськимим поглядами. В цьбму суспільстві панувала і глибоко укорінилася думка, що латинська мова є найголовнішою ознакою освіти, і хто краще володіє латинською, той гідніший зватися освіченою людиною. Українське шляхетство у той час дуже квапилося позбутися своєї народності, тому що русини-українці не були у великій пошані в поляків. Ті, що переходили в католицтво, з гордістю вважали себе поляками. Щоб усунути це, українцям, які зберігали свою віру й народність потрібно було присвоїти ті звичаї і признаки, які давали право на пошану, яка лічила освіченій людині. Латинська мова в тодішніх суспільських гуртках була, звісно, не тільки для релігійних суперечок з католиками, тому що у ті часи про “високі” предмети не говорили інакше, як латинською мовою, латинська мова вживалась у судах, сеймах, сеймиках і на всяких громадських сходинах. В колегії учні навчалися й тренувалися латинською мовою, нею проводились класові й публичні диспути. Тому одна сторона наволдила різні противні православ'ю докази, що були тоді в ззвичаю у католиків, друга заперечувала їх і обороняла православ'я. Таки диспути не обмежувалися тільки предметом віри, але простиралися й на всякі філософічні предмети. З організації диспутів ми бачимо, що Могила намагався виставити проти католицтва учених і зручних борців за українську церкву, що вміли б поражати ворогів їхньою власною зброєю. Відповідно тим практичним поглядам, Петро Могила надав також цей схоластичний характер усій науковій освіті, що набиралася молодб в колегії. Головною особливістю схоластичного способу науки, що існувала в західній Европі в середніх віках і ще панувала в ХVІІ ст., було те, що під наукою розуміли не стільки кількість і обсяг предметів, підлягаючих вивчанню, скільки форму або способи, що служили для правильного розкладу, відносин і значення предмету. Мало знати та гарно вміти користуватись малим запасом знань – це була мета освіти. Звідти нескінчений ряд формул, зворотів і класифікацій. Цей спосіб, як показав віковий досвід, мало допомагав розповсюдженню наукових предметів і давав змогу так званому вченому пишатися своєю мудрістю, коли він, насправді, був зовсім нгеуком або марнував час, труд і здібності на вивчення того, що було мало пригідне для життя і краще було б зовсім забути. Тай цей спосіб, при всіх своїх великих недоліках, мав однак і добру сторону в свій час. Він привчав голову до розумового процесу, служив, так сказати б, розумовою гімнастикою, що готувала людину займатися предметами знання з науковою правильністю. Не можна сказатит, щоби в західній Европі в часи Могили не було вже іншого способу науки, інших понять щодо знання, але ці засновки нової освіти, що так швидко і блискучо повели розум людський до великих винайдень в обсязі природних наук і до яснішого погляду на потреби розумового і матеріального життя, були далекі і майже не торкалися тодішньюї Польші, дарма що ще сто років тому вона була родинним краєм Коперніка. Для Петра Могили це було зовсім природньо зупинитися на тім способі навчання, що панував в краю, де він жив і для якого готував своїх українських питомців. Тим більше, що спосіб цей після його перегляду відповідав його найближчій задачі: виховати покоління оборонців української віри й української народності в польській громаді.