Большую опасность для власти Бориса Годунова представляли бояре Нагие, родственники малолетнего царевича Дмитрия, младшего сына Ивана грозного. Дмитрий был выслан из Москвы в Углич, который был объявлен его уделом. Углич вскоре превратился в оппозиционный центр. Бояре ожидали смерти царя Федора, чтобы оттеснить Годунова от власти и править от имени малолетнего царевича. Однако в 1591 году царевич Дмитрий погибает при загадочных обстоятельствах. Следственная комиссия под предводительством боярина Василия Шуйского дала заключение, что это был несчастный случай. Но оппозиционеры начали усиленно распускать слухи о преднамеренном убийстве по приказу правителя. Позднее появилась версия о том, что был убит другой мальчик, а царевич спасся и ждет совершеннолетия для того, чтобы вернуться и наказать «злодея». «Углицкое дело» долгое время оставалось загадкой для русских историков, однако последние исследования дают основания думать, что действительно произошел несчастный случай.
В 1598 году умер, не оставив наследника, царь Федор Иванович. Москва присягнула на верность его жене, царице Ирине, но Ирина отказалась от престола и постриглась в монашество.
Пока на Московском престоле были государи старой привычной династии, прямые потомки Рюрика и Владимира Святого, население в огромном большинстве своем беспрекословно подчинялось своим «природным государям». Но когда династии прекратились, государство оказалось «ничьим». Высший слой московского населения, боярство, начало борьбу за власть в стране, ставшей «безгосударственной».
Однако попытки аристократии выдвинуть царя из своей среды не удались. Позиции Бориса Годунова были достаточно сильны. Его поддерживали Православная церковь, московские стрельцы, приказная бюрократия, часть бояр, выдвинутых им на важные должности. К тому же соперники Годунова были ослаблены внутренней борьбой.
В 1598 году на Земском соборе Борис Годунов, после двукратного публичного отказа, был избран царем. Первые его шаги были весьма осторожны и направлялись, в основном, на смягчение внутренней обстановки в стране. По признанию современников новый царь был крупным государственным деятелем, волевым и дальновидным, умелым дипломатом. Однако в стране шли подспудные процессы, приведшие к политическому кризису.
Тяжелая ситуация в это период сложилась в центральных уездах государства и до такой степени, что население бежало на окраины, бросив свои земли. Например, в 1584 году в Московском уезде распахивалось всего 16% земли, в соседнем Псковском уезде - около 8%.
Чем больше уходило людей, тем тяжелее давило правительство Бориса Годунова на оставшихся. К 1592 году завершается составление писцовых книг, куда вносились имена крестьян и горожан, владельцев дворов. Власть, проведя перепись, могла организовать розыск и возвращение беглых. В 1592 – 1593 годах был издан царский указ об отмене крестьянского выхода даже в Юрьев день. Эта мера распространялась не только на владельческих крестьян, но и на государственных, а так же на посадское население. В 1597 году появились еще два указа, согласно первому любой вольный человек, проработавший полгода на помещика, превращался в кабального холопа и не имел права выкупиться на свободу. Согласно же второму устанавливался пятилетний срок розыска и возвращения беглого крестьянина владельцу. А в 1607 году был утвержден и пятнадцатилетний сыск беглых.
Дворянам выдавались «послушные грамоты», согласно которым крестьяне должны были платить оброки не как раньше, по сложившимся правилам и размерам, а так, как захочет хозяин.
Новое «посадское строение» предусматривало возвращение в города беглых «тяглецов», приписку к посадам владельческих крестьян, которые занимались в городах ремеслом и торговлей, но не платили налога, ликвидацию внутри городов дворов и слобод, которые так же не платили налоги.
Таким образом, можно утверждать, что в конце XVI века в России фактически сложилась государственная система крепостного права – наиболее полной зависимости при феодализме.
Такая политика вызывала огромное недовольство крестьянства, которое создавало в то время подавляющее большинство в России. Периодически в деревнях возникали волнения. Нужен был толчок для того, чтобы недовольства вылились в «смуту». Таким толчком стали неурожайные 1601-1603 года и последовавшие за ними голод и эпидемии. Принимаемых мер было недостаточно. Многие феодалы отпускают на волю своих людей, чтобы не кормить их, и это увеличивает толпы бездомных и голодных. Из отпущенных или беглых образовывались шайки разбойников. Главным очагом брожения и беспорядков стала западная окраина государства – Северская украйна, куда правительство ссылало из центра преступные или неблагонадежные элементы, которые были полны недовольства и озлобления и ждали только случая подняться против московского правительства. Волнения охватили всю страну. В 1603 году отряды восставших крестьян и холопов подступали к самой Москве. С большим трудом восставшие были отбиты.
Именно в Польше «объявился» первый самозванец, выдававший себя за царевича Дмитрия. Он говорил, что ему удалось спастись от убийц, подосланных Борисом Годуновым. На самом деле это был беглый монах из Чудова монастыря Григорий Отрепьев. Он в 1602 году бежал в Литву, где получил поддержку некоторых литовских магнатов, а затем и короля Сигизмунда III.
Осенью 1604 года самозванец, с 40-тысячным отрядом польско-литовской шляхты, русских дворян-эмигрантов, запорожских и донских казаков неожиданно появился на юго-западной окраине России, в Северской земле. «Украинные люди», среди которых было много беглых крестьян и холопов, толпами присоединялись к самозванцу: они видели в «царевиче Дмитрии» своего «заступника», тем более что самозванец не скупился на обещания. Присущая средневековому крестьянству вера в «хорошего царя» помогла самозванцу увеличить свое войско. Однако в первом же большом сражении с царским войском во главе с князем Ф.И. Мстиславским под Добрыничами самозванец был разбит и с немногими оставшимися сторонниками укрылся в Путивле. Большинство польско-литовских шляхтичей покинуло его.
Однако на южной окраине уже разворачивалось широкое народное движение против Бориса Годунова. Один за другим южные города переходили на сторону «царевича Дмитрия». С Дона подошли отряды казаков, А действия царского войска были крайне медлительными и нерешительными – бояре-воеводы готовили измену Борису Годунову, надеялись использовать самозванца, чтобы свалить «дворянского царя». Все это позволило «царевичу Дмитрию» оправиться от поражения.
В апреле 1605 года, царь Борис Годунов неожиданно умер. Ходили слухи, что он был отравлен. Шестнадцатилетний сын Годунова – царь Федор Борисович – недолго удержался на престоле. Он не имел ни опыта, ни авторитета. 7 мая на сторону самозванца перешло царское войско. Бояре-заговорщики 1 июня 1605 года организовали государственный переворот и спровоцировали в столице народное возмущение. Царь Федор был свергнут с престола и задушен вместе с матерью. Самозванец без боя вошел в Москву и был провозглашен царем под именем Дмитрия Ивановича.
Но «царь Дмитрий» недолго продержался на престоле. Первые же его мероприятия разрушили надежды на «доброго и справедливого царя». Феодальная аристократия, инициировавшая появление самозванца, больше не нуждалась в нем. Широкие слои русских феодалов были недовольны привилегированным положением польских и литовских шляхтичей, которые окружали трон, получали огромные награды, деньги на которые изымались самозванцем даже из монастырской казны. Православная Церковь с беспокойством следила за попытками распространить в России католичество. Дмитрий Самозванец хотел выступить с войной против татар и турок. Служилые люди с неодобрением встретили начавшуюся подготовку к войне с Турцией, которая была не нужна России.
Недовольны были «царем Дмитрием» и в Речи Посполитой. Он не решился, как обещал ранее, передать Польше и Литве западнорусские города. Настойчивые просьбы Сигизмунда III ускорить вступление в войну с Турцией не имели результата.
Новому заговору предшествовала свадьба Дмитрия Самозванца с Мариной Миншек, дочерью литовского магната. Католичка была увенчана царской короной православного государства. После пышной свадьбы начались бесконечные оргии. Приехавшие на свадьбу шляхтичи пьянствовали и бесчинствовали по всей Москве.
Рано утром 17 мая 1606 года зазвонили колокола. Москвичи кинулись в дома, где жили поляки, и начали избивать непрошеных гостей. Человек двести бояр во главе с Василием Шуйским ворвались в кремлевский дворец. Дмитрий Самозванец, пытаясь спастись, выпрыгнул в окно и сломал ногу. Авантюриста настигли и убили. На престол взошел организатор боярского заговора Василий Иванович Шуйский.
Воцарение Василия Шуйского не прекратило «смуту». Новый царь опирался на узкий круг близких ему людей. Внутри Боярской думы у него были недоброжелатели, сами претендовавшие на престол. Не был популярен Шуйский и у дворянства, которое сразу признало его «боярским царем». Народные массы не получили никакого облегчения. Василий Шуйский отменил даже налоговые льготы, данные самозванцем населению южных уездов. Началось преследование бывших сторонников «царя Дмитрия», что еще больше накалило обстановку.
В народе продолжал упорно держаться слух о чудесном спасении Дмитрия, о том, что, вновь воцарившись в Москве, он облегчит его положение.
В движение против «боярского царя» Василия Шуйского оказались вовлеченными самые разные слои населения: народные низы, дворянство, часть боярства. Именно они приняли участие в восстании Ивана Болотникова в 1606‑1607 годах.