Осередком опозиції до політики гетьмана залишалось Запоріжжя, куди стікалися з Гетьманщини всі невдоволенні і знедолені. Посилення експлуатації низів призводило до щораз більшого розриву між старшиною і народом і зумовило кінцеву невдачу Мазепиного зриву 1708 р.
Становище Мазепи, що стояв між місцевою опозицією і вимогами Москви, погіршувало те, що серед старшини було багато свояків і приятелів Самойловича. Мазепа їх по змозі усував, призначаючи полковниками своїх родичів, людей, відданих йому.
1692 року почалося заворушення у південних полках, яке очолив Петро Іванович, або Петрик Іваненко. Петрик був канцеляристом генеральної канцелярії, досить освіченою людиною, добрим оратором і дипломатом, палким українським патріотом, який намагався визволити батьківшину від московського ярма й приєднати до Гетьманщини Правобережну Україну, Слобожанщину (про це йшлося в його договорі з Кримом 1692 року.) Попри досить значну допомогу татар, в Україні плани Петрика не зустріли широкого схвалення, до того ж проти нього виступив гетьман, який у закликах Петрика бити "чортів-панів" "дуків, що їм царі маєтності понадавали" побачив загрозу існуючому ладові. Щоправда, деякі історики висловлювали припущення, що вся справа Петрика була інспірована самим Мазепою, який за допомогою договору з татарами хотів вирватися з-під зверхності Москви, поширити впливи України на південь і утворити самостійну державу. Так чи інакше, справа Петрика свідчила про жвучість самостійницької концепції серед козацької старшини.
Акція Петрика не мала успіху, бо її не підтримало Запоріжжя, з якого вийшло лише кількасот "голоти". Проти Петрика, якого обрано на гетьмана, виступило кілька полків, сам гетьман і московські війська. Петрикові союзникі, татари, почали грабувати населення, виводити ясир, викликаючи обурення людності. Петрик відступив до Перекопу. Старшинська опозиція була розгромленна. Де-кого заслано, інших - позбавленно урядів.
Ще складнішою була справа з Правобережною Україною. Польський уряд вживав заходи, щоб залюднити Правобережну Україну, що залишалась пусткою після кровопролитних воєн та втечі населення.
Завдяки близьким стосункам з Петром 1 Мазепа зміг скористатися великим козацьким повстанням, що вибухнуло на Правобережній Україні у 1702 році. Після того, як цей район знову було заселено, польська шляхта спробувала вигнати звідси козаків. Правобережне козацтво на чолі з популярним в народі полковником Семеном Палієм підняло повстання; перелякані польські урядники повідомляли, що Палій "хоче піти слідами Хмельницького". Сили повстанців вже налічували 12 тисяч, коли до них приєдналися інші козацькі ватажки - Самійло Самусь, Захар Іскра, Андрій Абазин. Назабаром перед повстанцями впали такі польські твердині, як Немирів, Бердичів та Біла Церква. Однак у 1703 році полякам вдалось відвоювати значну частину втрачених земель і взяти Палія в облогу в його "столиці" Фастові. Саме в цей час у Польшу вторгається найбільший ворог Петра 1 - король Швеції Карл XII. Скориставшись замішанням, Мазепа переконує царя дозволити йому окупувати Правобережжя. Знову обидві частини Наддніпрянської України були об"єднанні, і заслугу здійснення цього міг приписати собі Мазепа. Щоб гарантувати себе від загрози з боку популярного в народі Палія, Мазепа за згодою Петра 1 наказує заарештувати того й заслати до Сибіру.
Він учивя в Києво-Могілянській Академії і в Падуанському університеті, відвідав кілька Європейських країн, міг порозумітися з бгатьма співрозмовниками, оскільки володів вісьмома мовами. Історична ерудиція Івана Мазепи викликала захоплення тих державних і військових діячів, з якими він спілкувався. Він був знавцем літератури, власником найкращої в Україні великої і цінної бібліотеки з інкунабулами, старовинними рукописами, раритетними виданнями на багатьох мовах.
Він цінував і розумів високе мистецтво, схилявся перед красою жінок. Майстер епістолярного жанру, він був незрівняним красномовцем. І над усім панували його могутній дух і відданість, готовність до самопожертви заради великої патріотичної ідеї.
Такий европеєць із відблиском ренесансності, палкий патріот стояв з 1687 до 1709 року біля керма Української Гетьманської Держави, автономію і самостійність якої московський царизм постійно обмежував, а російська імперія душила й териризувала, остаточно знищивши в 1764 році.
З самого початку свого гетьманування Іван Мазепа виявив себе як великий покровитель і меценат національної культури, мистецтва, науки, православної церкви. Всякими способами Мазепа допомогав, сприяв розвитку освіти в України. У Києві, Чернігові, Переяславі та інших містах і навіть селах фундував школи, бурси, шпиталі, наділяв маєтностями українські монастирі, которі на той час були вогнищами просвіти завдяки власним школам і друкарням. Мазепа взяв під свою опіку Києво-Могілянську Академію, дбав про її розвиток, щедро обдаровував її маєтностями. У 1693 році наново побудував братську церкву Богоявлення, поставив новий будинок для Академії, щоб поліпшити умови "всякому з малоросійських дітей, хотящему вчитись".
Гетьман щедро фінансував розвиток мистецтва, зокрема архітектури й малярства, прикрасив українські міста спорудженими й реставрованими чудовими храмами, розбудував в Україні на свій кошт, а також використовуючи військовий скарб близько 20 церков. Різні за виконанням, величні, розкішні споруди водночас мають і спільні риси, названі мистецтвознавцями "Мазепиним барокко". Не тільки талант будівничого, а й витончений художній смак гетьмана втілився в цих церквах. Він відновив Києво-Печерську Лавру, обніс її кам"яною стіною, поставив дві гарні брами з церквами над ними.
Після Петра Могили гетьман Іван Мазепа своїм коштом обновив Софіївський Собор і побудував Софійську дзвіницю.
В Пустинно-Миколаївському монастирі в Києві вибодував у 1690 році нову величаву церкву св.Миколая. Поставив Мазепа також велику церкву Вознесіння в Переяславі.
Ім"я Мазепи набуло розголосу навіть на Сході, де він став відомим саме через те, що робив дари. Церкві Гробу Господнего в Єрусалимі переслав срібну плиту. На його ж кошти був надрукований арабський переклад Євангелія.
Іван Мазепа не був демократом. Аристократ, він целеспрямовано створював в Україні аристократію з середовища козацької старшини й української шляхти. Підтримуючи старшину економічно, надавав їй земельні маєтності, бажав зробити її незалежною політично, дбав про її освіту й навіть зовнішню культуру.
Не дивлячись на багату літературу, присвячену Мазепі, його особистість залишилася на сьогодні найзагодковішою постатю у вітчизняній історії.
Великий гетьман Іван Мазепа цікавив дослідників насамперед як визначниій державний і політичний діяч, як освічений меценат, що сприяв розквіту в Україні літератури, мистецтва, архітектури.
Гетьман Іван Мазепа був видатним воєнначальником непоганим військовим інженером і зробив дуже багато для розвитку вітчизняної військової справи, намагаючись посилити дисциплину в козацькому війську, а також ознайомити українських козаків з новими видами зброї.
Необхідно визначити, що Іван Мазепа був професійним військовим, оскільки військову освіту, як свідчать джерела, він здобув у Франції та Голандії. Саме там він вивчив інженерну і гарматну справу. Він з великою увагою ставився до нових досягнень у військовій справі, всіляко намагаючись придбати останні зразки гармат, рушниць та іншої зброї
В своїй столиці Батурині Іван Мазепа мав оригінальну, як на той час, колекцію зброї, цю колекцію можна вважати одним з перших вітчизняних військово- історичних музеїв.
Гетьман всіляко сприяв розвиткові артилерійської справи у козацькому реєстровому війську. У Батурині існували майстерні по виготовленню гармат. Саме за мазепинської доби стає регулярним виготовлення артилерійських знарядь на Україні.
Маючи великий досвід інженера-фортифікатора, Мазепа у 1688 році побулував Богородицьку фортецю на річці Самарі, яка спочатку належала царським військам. В її будівництві брало участь 20000 козаків з шести полків.
Пізніше, у 1700 році гетьману вдалося цю фортецю взяти безпосередньо під свою владу. Низові козаки були дуже незадоволені цим фортифікаційним будівництвом. Справа в тому, що Іван Мазепа намагався підкорити низове військо свої й владі.
Думки гетьмана сягали далеко. Він мріяв у майбутньому об"єднати у одне ціле з Гетьманщиною низове і слобідське Військо, а також й Правобережжя. Іван Мазепа бажав бачити Україну об"єднанною могутньою державою, яка завжди мала б змогу протистояти будь-якому ворогові.
З ім"ям Мазепи пов"язана велика кількість кам"яних споруд, які були побудовані на межі 17-18 ст. Серед них особливу увагу привертає фортечний мур навкруги верхньої території Києво-Печерської Лаври.
2. Участь у Північній війні. Союз Мазепи з Швецією.
1700 рік став переломним для України. Північна віна, до якої Петро І втягнув і Україну, була чужою для українського народу, а участь у ній українських військ суперечила умовам договорів України з Росією (в кожному разі, договорові Хмельницького). До того ж Росія та її союзники - Саксонія, Данія, Польша, виступили в ній агресорами щодо Швеції, Яку збиралися розподілити між собою. Росія прагнула вібідрати у шведів узбережжя Балтики. Уже на початковому, нарвському етапі війни, Петро І викликав у Прибалтику 12-тисячний український корпус Обидовського. Щоправда, поразка московитів під Нарвою (листопад 1700 року) застала козаків щойно під Псковом, та все одно похід у далкі й холодні краї коштував їм тисяч жертв. Новий український корпус під проводом Апостола діяв у Ліфляндії проти Шліппенбаха, а сам гетьман отримав наказ іти в Білорусь на допомогу полякам. Загалом, участь у півнчних походах справедливо викликала велике невдоволення на Гетьманщині: московські офіцери відбирали в козаків трофеї, завдавали їм усіляких кривд і образ, козаки тисячами гинули не тільки в боях, а й від незвично суворого клімату й через брак харчів і платні. Війна руйнувала українську торгівлю й економіку взагалі.