С введением принципа коллегиальности в управление руководители официально теряют единоначалие, в какой-то степени заслоняются возглавляемыми ими учреждениями, которые действуют уже как будто самостоятельно, от имени учреждений пишутся различные документы. Такое преобразование происходило и с полицмейстерской канцелярией. В 20-е гг. генерал-полицмейстер, как и президент в коллегиях, рассматривался лишь как первоприсутствующий. Фактически же члены присутствия полицмейстерской канцелярии, ведая отдельными сферами управления и исполняя различные поручения генерал-полицмейстера, были скорее чиновниками при генерал-полицмейстере, а не судьями, способными по большинству голосов поставить свое, отличное от мнения генерал-полицмейстера, решение. К тому же в присутствии часто, кроме генерал-полицмейстера, как правило, заседал только один судья (ведавший столичной полицией полицмейстер в чине майора), поэтому даже формально при расхождении мнений вопрос решался по мнению первоприсутствующего. Другой судья мог выступать в лучшем случае в качестве советника. Заседало присутствие и без генерал-полицмейстера, но при этом решались, как правило, текущие, неотложные, отнесенные к ведению полицмейстерской канцелярии, дела (выдача разрешений на строительство и капитальное переоборудование строений, вопросы благоустройства, расследования правонарушений и передачи дел по подсудности или принятия окончательного решения в пределах компетенции полиции и т. д.). Генеральный регламент 1720 г., определявший типовую структуру коллегий, был распространен на все учреждения, в том числе и на полицейские.
Место полицмейстерской канцелярии (во главе с генерал-полицмейстером) в системе органов государства также не было четко и комплексно определено в законодательном порядке. Оно частично определялось в ходе становления этого органа отдельными узаконениями и его практической деятельностью. Как и многое в проведении реформ государственного механизма, это делалось противоречиво. Противоречие было уже в учредительных указах. Приставка «генерал» давалась руководителям центральных ведомств, штатским должностным лицам общегосударственного масштаба (генерал-прокурор, генерал-фискал, генерал-ревизор и т. д.) или главам значительных губерний. Последние, как и сенаторы, в силу их особо высокого положения не были обозначены в Табели о рангах. Должность генерал-полицмейстера была включена в Табель о рангах в 5-й класс, т. е. - ниже президентов коллегий, но выше чинов местного значения. Через генерал-полицмейстера публиковались царские указы общегосударственного значения. Следовательно, генерал-полицмейстер и учреждался и рассматривался на высшем уровне как должностное лицо центрального управления. Однако первоначально его компетенция в основном ограничивалась Петербургом. Только делами Петербурга ведала и полицмейстерская канцелярия при нем, которая часто и называлась Петербургской. Однако она была независима от Петербургского губернского правления, и генерал-полицмейстер формально не был подчинен губернатору.
В 1722 г. в Москве учреждается должность обер-полицмейстера, который подчинялся непосредственно генерал-полицмейстеру. Последнему поручалось создать регулярную полицию в Москве. Образуется Московская полицмейстерская канцелярия, подчиненная полицмейстерской канцелярии в Петербурге, которая после этого называется Главной или Государственной, уже бесспорно становясь центральным учреждением по управлению полицией. Главная полицмейстерская канцелярия продолжала непосредственно выполнять полицейские функции в Петербурге.
Намерение создать повсеместно в городах регулярную полицию, как единый централизованный орган государства, подтверждается императорскими указами от 17 сентября 1722 г. и 8 мая 1723 г. об учреждении полицмейстерской конторы в Кронштадте, от 10 февраля 1723 г. - в Астрахани, которые учреждались в подчинении «Главной полиции», независимо от местных органов управления, в том числе от губернских. Однако эти указы при Петре I не были исполнены.
Идея создания единого централизованного полицейского управления в городах корректировалась Петром. При учреждении и 1720—1721 гг. магистратов (под верховенством Главного магистрата), как сословных органов городского самоуправления по примеру Остзейских городов, им поручается «добрую полицию учредить», которую «содержать в своем смотрении», обеспечивать уставами, согласованными с коллегиями и утвержденными Сенатом или непосредственно царем. Причина такого отклонения от взятого в 1718 г. направления в создании регулярной полиции объясняется, в частности, финансовыми затруднениями. Магистраты должны были эффективно и без ущерба для казны управлять жизнью городов. Однако малочисленность и слабость российского купечества, с одной стороны, и вполне сохранявшееся экономическое и политическое господство дворянства с другой, объективно не позволили магистратам тогда стать всевластными и сильными органами управления, какими они виделись законодателю. Не став ни повсеместными, ни сильными, они сами попали под влияние, а то и под прямое руководство полиции, которая в городах была бюрократическим органом управления чиновничье- дворянского государства.
Управление Московской полицмейстерской канцелярией, как и Главной (Петербургской формально строилось на коллегиальных началах. Руководящее присутствие состояло из обер-полицмейстера и еще одного «судьи», офицера в чине майора или подполковника, не имевшего определенного названия, но являвшегося фактически заместителем обер-полицмейстера, который, как и генерал-полицмейстер, был фактически начальником московской полиции, а не только первоприсутствующим.
К полицмейстерским канцеляриям не перешли в подчинение уже существовавшие исполнительные структуры. Вместе с тем из гарнизонных канцелярий и других военных управлений они получали воинские команды на определенное время и отдельных военнослужащих на постоянную службу.
Канцеляристы, подканцеляристы и копиисты (или дьяки, подьячие различных статей, писцы), распределенные по столам и повытьям, составляли канцелярию в собственном смысле этого слова, возглавляемую секретарями. Они и вели всю текущую работу, готовили материалы для судей, исполняли их решения. Отдельные подразделения канцелярий ведали размещением воинского постоя, учетом денежных сумм, заведованием тюрьмами, каторжным двором в Петербурге. Состояли при полицмейстерских канцеляриях заплечных дел мастера, барабанщики для объявления указов. Были созданы службы архитекторов, по починке мостов, чистке труб, ремонту мостовых, очистке улиц, пожарные команды и т. д.
Между офицерами полицмейстерской канцелярии, в том числе и между судьями - членами присутствия, были распределены обязанности по заведованию отдельными частями полицейского управления. Так, один из членов присутствия ведал отводом квартир для солдатского постоя, другой - учетом денежных сумм, третий (полицмейстер) заведовал каторжным двором.
На петербургских островах и в московских слободах (полицейских «командах», которых вначале было при Петре I в Петербурге - 5, в Москве – 8 - 12) создавались полицейские съезжие дворы под руководством одного-двух обер-офицеров с командами солдат и унтер-офицеров, подъячими.
Полицейские чипы жалованье и провиант получали в основном наравне с военнослужащими. В 1718 г. майору полиции в год полагалось жалованья 168 руб., капитану - 96 руб., прапорщику - 50 руб., вахмистру - 14 р. 40 к., сержанту - 10 р. 08 к. и 7 р. 20 к., каптенармусам - 13 р. 68 к. и 9 р. 71 к., капралам - по 6 руб. и 6 руб. 96 к., писарям - по 8 р. 04 к. и 6 р. 96 к., рядовым - по 7 р. 20 к. и 6 руб. Штаб и обер-офицеры полицмейстерской канцелярии и их денщики жалованье, провиант и амуницию получали из Главного комиссариата, с 1721 г. - из остаточных сумм Военной коллегии, «покеже армия в полном комплекте состоять не может».
В 1719 г. для чинов в полиции была введена особая форма (кафтаны василькового цвета с красными обшлагами, зеленые камзолы, короткие штаны василькового же цвета и т. п.). На вооружении полиции были алебарды, шпаги и фузеи со штыками. Все полицейские служащие при поступлении на должность приносили присягу, в которой клялись «верным, добрым я послушным рабом» быть царю, царице и их наследникам, их права и прерогативы «по крайнему разумению, силе и возможности предостерегать и оборонять и в том живота своего в потребном случае не щадить», способствовать полезным для царя делам, предотвращать от него беду и убыток, строго соблюдать тайну, исполнять законы и предписания начальства. После произнесения текста присяги чиновник целовал Евангелие и крест.
К 1721 г. весь персонал полиции Петербурга не превышал 100 человек. При широкой компетенции и громоздкости делопроизводства его нельзя было считать многочисленным. Поэтому, создавая регулярную полицию, Петр I не отказывался и от использования на полицейской службе местного населения. Были восстановлены и подчинены полицейским съезжим дворам сотские, пятидесятские, десятские, сменяемые через полгода, и караульщики, поочередно выставляемые от дворов, хозяева которых не получали иммунитета от этой повинности. Последние ставились на ночь урогаток, решеток, надолбов и шлагбаумов, перегораживавших городские улицы. Эта полицейская повинность не была эффективной, поэтому генерал-полицмейстер добивался замены караульщиков военнослужащими на постоянной основе с возложением на жителей обязанности компенсировать содержание таких команд. Однако принято было только предложение о дополнительном налоге на жителей, а все мужчины податных сословий, достигшие 20-летнего возраста, продолжали привлекаться для исполнения полицейских функций. В «доношении» полицмейстерской канцелярии от 2 сентября 1723 г. говорилось, что в Петербурге, кроме Васильевского острова установлен 141 шлагбаум, у которых еженочно дежурит 342 человека, не считая сотских, десятских и пятидесятских.