Четвертая война началась в 1572 году после того, как католики устроили 24 августа 1572 года, в день Святого Варфоломея, резню гугенотов, съехавшихся в Париж на свадьбу Генриха Наваррского, и принцессы Маргариты Валуа. Было убито более 9 тысяч человек, в том числе Колиньи и многие другие вожди гугенотов. В 1573 году было достигнуто перемирие, но в 1574 году боевые действия возобновились, но не принесли решительной победы ни одной из сторон.
В 1576 году был выпущен королевский эдикт, провозглашавший свободу вероисповедания на всей территории Франции, за исключением Парижа. В ходе новой войны 1577 года, инспирированной созданной Гизами Католической лигой, эдикт был подтвержден, но король Генрих III оказался не в состоянии провести его в жизнь. В 1580 году вспыхнула еще одна война, не имевшая решительных последствий. Но в 1585 году, когда Генрих Наваррский заявил претензии на французский трон, началась кровопролитная Война трех Генрихов - Генриха III, Генриха Наваррского и Генриха де Гиза.
Генрих Наваррский одержал победу, несмотря на то, что его противники пользовались военной поддержкой Испании. Он разбил Генриха III при Котрэ в 1587 году. Генрих III вынужден был подтвердить свободу вероисповедания. Тогда Гизы в 1588 году подняли восстание в Париже и изгнали оттуда короля. Генрих пошел на уступки лидерам Католической лиги, объявил о поддержке исключительных прав католиков, но по возвращении в Париж организовал убийство Генриха де Гиза и его брата кардинала Луи де Гиза. Затем, заручившись поддержкой Генриха Наваррского, объявленного наследником престола, Генрих III подавил выступления Лиги, но в 1589 году был убит фанатиком - монахом Жаком Клеманом.
Ему наследовал Генрих Наваррский, ставший Генрихом IV Бурбоном. Но Католическая лига, пользовавшаяся особо сильной поддержкой среди населения Парижа, отказалась признать его королем. Генрих разбил войска Лиги при Акрэ в 1589 году и при Иври в 1590 году, но не мог овладеть Парижем до 1594 года. Чтобы вступить в столицу Франции, ему пришлось принять католичество.
Черту под религиозными войнами в 1598 году подвел мирный договор Генриха IV в Вервине, согласно которому Испания отказывалась от поддержки Католической лиги. В том же году Генрих издал Нантский эдикт, гарантировавший свободу вероисповедания и признававший господство протестантизма в 200 городах, где гугеноты получали право возводить укрепления. Формально можно считать, что гугеноты одержали победу в религиозных войнах, но фактически она оказалась мнимой. Подавляющее большинство населения Франции осталось верно католицизму и симпатизировало идеям Лиги.