С самого начала своего возникновения и вплоть до 1687 г. Верхотурский уезд входил в состав Тобольского разряда, а его вое воды были подведомственны тобольским воеводам. Однако так это выглядело в теории, а на практике дело обстояло гораздо сложнее.
На воеводстве в Верхотурье оказывались представители известных аристократических фамилий, некоторые из которых даже находились в родстве с царствующей династией. В свою очередь, и на должности тобольских воевод назначались лица очень знатного происхождения, зачастую из высших придворных чинов, в том числе родственники царской семьи. Из-за этого многие из них вели себя с большой спесью, чему в немалой степени способствовала лесть их окружения из числа местных подьячих и детей боярских. Поэтому можно себе представить остроту постоянно вспыхивавших конфликтов между тобольскими и верхотурскими "игемонами" по поводу пределов их власти!
Так, например, в 1644 г. верхотурским воеводой стал Максим Федорович Стрешнев, находившийся в родстве с супругой царя Михаила Федоровича царицей Евдокией Лукьяновной. Стремясь использовать свое положение в целях личного обогащения, он первым делом взял под свой контроль деятельность верхотурской таможни, а также доверил управление уездными пашенными крестьянами двум своим сыновьям, разъезды которых по слободам на казенных подводах с "цимбалами" сопровождались пьяным разгулом, избиением приказчиков и крестьян и различными вымогательствами. Самоуправство и взяточничество Стрешневых вызвали протест со стороны одного из ближайших помощников воеводы - подьячего с приписью Максима Лихачева. После отстранения его от дел началась еще более ожесточенная борьба Максима Стрешнева с новым подьячим Федором Постниковым, который сразу же после прибытия из Москвы обвинил воеводу и его подручных в злоупотреблениях. В ответ слуги Стрешнева жестоко избили подьячего, и лишь заступничество горожан спасло его от смерти.
Тем временем ехавший в 1646 г. на тобольское воеводство боярин Иван Иванович Салтыков, приходившийся, между прочим, племянником "великой старице" Марфе, матери покойного царя Михаила Федоровича, получил от начальника Сибирского приказа князя Одоевского задание произвести повальный сыск о деятельности Стрешнева и его сыновей. Их самих, чтобы они не мешали следствию, велено было выслать в Туринск. При этом Одоевский дал понять Салтыкову, что вопрос о снятии верхотурского воеводы с поста уже предрешен.
Начатое Салтыковым расследование подтвердило многочисленные жалобы о злоупотреблениях Стрешнева на таможне. Тот, в свою очередь, стал всячески препятствовать проведению сыска, что само по себе было "порухой" чести тобольского воеводы, а затем при встрече в съезжей избе публично оскорбил его, заявив, что все привезенные им грамоты подложные. При этом верхотурский воевода называл Салтыкова "бояришком" и даже "вором".
В итоге разъяренный Салтыков покинул Верхотурье, намереваясь уже из Тобольска возбудить новое дело против Стрешнева по поводу оскорбления собственной персоны. Но едва караван его судов отплыл от пристани, в Верхотурье грянул набат сполошного колокола, около городовой стены и в Покровском девичьем монастыре вспыхнули костры, а люди Стрешнева стали кричать, что поджег совершен по приказу тобольского воеводы...
Узнав обо всех этих событиях, новый начальник Сибирского приказа князь Трубецкой велел провести новый сыск "накрепко". Присланные из Тобольска сыщики прибыли в Верхотурье и приступили к расследованию. В конце концов, несмотря на то, что Стрешнев и его сыновья государеву указу "учинились сильны и супротивны", с Верхотурья "в опалу не поехали", грозили сыщикам избиением и убийством и даже отбили по дороге своих людей, которых пристава повезли в Пелым, их все же выпроводили в Москву, где Максиму Федоровичу удалось, опираясь на свой клан, добиться назначения на воеводство в Верхотурье своего шурина Бориса Семеновича Дворянинова, не без основания надеясь замять с его помощью дело на месте.
В 1648 г. по городам Русского государства, в том числе на Урале и в Сибири, прокатилась волна восстаний. Не осталось в стороне и Верхотурье, чему в немалой степени способствовало суровое правление Дворянинова. Воевода решением верхотурского "мира" был отстранен от власти и посажен под домашний арест. Управление в городе и в уезде, в соответствии с мирским приговором, передавалось подьячему с Игнатию Недовескову. Поскольку городовая печать осталась у Дворянинова, всю административную переписку скреплял своей печатью таможенный голова Федор Дрягин.
В 1649 г. верхотурский мятеж был подавлен, новому тобольскому воеводе Василию Борисовичу Шереметову предписывалось Недовескова и Дрягина бить кнутом, а из мирских сообществ служилых и посадских людей, ямщиков и крестьян велено было выбрать по три человека "сущих воров" и также наказать их кнутом нещадно на торговой площади (всего экзекуции было подвергнуто 26 человек). Что касается Дворянинова, то он был снят с воеводства, однако вернуться в Москву ему не пришлось: в том же 1649 г. он заболел и "на Верхотурье умер".
После Дворянинова должность верхотурского воеводы занял Раф (Федор) Родионович Всеволожский. Его появлению здесь предшествовали следующие события. В начале 1647 г. молодой царь Алексей Михайлович задумал жениться. Из двух сотен девиц отобрали шесть, но лишь одна из них, Евфимия, дочь помещика Рафа Всеволожского, стала избранницей царя. Однако когда ее впервые наряжали в царскую одежду, то так крепко затянули на затылке волосы, что при встрече с будущим супругом она упала в обморок. Это приписали действию эпилепсии, которой будто бы была больна девушка. Разразился скандал. И хотя при дворе ходили слухи, что Евфимию "счаровали" завистники, в связи с чем даже проводилось специальное расследование, оказавшегося в опале Всеволожского "с сыном ево Андреем, и с дочерью Евфимиею Федоровною, и с женою Настасьею" отправили в ссылку в Тюмень. Уже отсюда, "из опалы", отец незадачливой царской невесты был пожалован на воеводство в Верхотурье, после чего его вновь вернули в Тюмень.
Евфимия Всеволожская была, кстати, не единственной царской невестой, побывавшей в Верхотурье. В 1619-1620 гг. здесь находилась с семьей переведенная из Тобольска Мария (Анастасия) Ивановна Хлопова. За два года до этого из-за происков всесильных тогда Салтыковых, не желавших, чтобы она стала супругой царя Михаила Федоровича, Хлопову объявили неизлечимо больной и сослали в Сибирь.
Проблема взаимоотношений "первого воеводы большого", возглавлявшего Тобольский разряд, и подчиненных ему местных воевод оставалась неразрешимой еще многие годы.
В начале XVII в. в состав верхотурского гарнизона входило лишь 49 служилых людей. Однако, по мере возрастания роли города как главного перевалочного пункта на пути в Сибирь и из Сибири, а также в результате возникновения новых пашенных и оброчных слобод и в связи с непрекращающимися набегами кочевников на селения Верхотурского уезда, численность военно-служилого населения здесь существенно увеличивается. В 20-х гг. XVII века верхотурский гарнизон состоял уже из 7 служилых "по отечеству" и "начальных" людей, 64 стрельцов и 3 пушкарей. К концу века их, соответственно, было 33, 105 и 5.
C середины 50-х г.ов XVII столетия ряды приборных людей пополнились за счет беломестных казаков, обычно служивших "с пашни". (Термин "белый" в те времена означал освобождение земли от налогообложения). В 1666 г. в 5 слободах Верхотурского уезда их насчитывалось 88 человек. В 1680 г. в 11 верхотурских слободах проживало 97 казаков, 6 пушкарей и 1 воротник.
Особое место среди сибирских служилых людей занимали дети боярские. Из их числа формировался высший командный состав сибирских гарнизонов, они участвовали в военных походах и в обороне городов и острогов от нападений "немирных иноземцев", строили городовые и острожные укрепления, назначались на приказные должности. Им предписывалось организовывать новые слободы, заниматься сбором ясака, доставкой хлеба и соли и многим другим. При сравнительной немногочисленности детей боярских в Сибири они играли важную роль в сфере управления, поскольку, в отличие от Европейской России, где эта категория служилых людей "по отечеству" составляла низшую прослойку феодального класса и зачастую мало чем отличалась от приборного населения, здесь они представляли собой своеобразную служилую "аристократию". Некоторые из них даже занимали воеводские должности.
Наряду с обычной практикой верстания "подрослей" детей боярских в службу в "выбылые" оклады их отцов и ближайших родственников и переводом из других городов, эту категорию нередко пополняли ссыльные, в том числе "иноземцы", служилые из приборных "начальных" людей (казачьи атаманы и головы, стрелецкие сотники, пятидесятники и десятники), служители сибирских церковных иерархов, представители местной родоплеменной знати, приказной администрации, а иногда даже гулящие люди ( каким являлся, например, будущий св.Симеон Верхотурский) и представители податных сословий. Не было в этом отношении исключением и Верхотурье.
Так, например, в 1657 г. был сослан из Москвы "за непристойные слова" на вечное поселение Юрий Арсенев, которого велено было по государевой грамоте поверстать в дети боярские с годовым денежным окладом 15 рублей и соответствующим хлебным жалованьем. Через г. он получил прибавку - 3 рубля и хлеба "против денег", которой, впрочем, скоро лишился. В первой половине 60-х гг. XVII века Юрий Арсенев, очевидно, погиб в одном из сражений с "изменниками татарами". В соответствии с царским указом и "по приказу стольника и воеводы Ивана Яковлевича Колтовского да подьячьего Василия Богданова" по его "душе" в церковь Казанской Богородицы в Арамашевской слободе был сделан книжный клад - Апостол, изданный И.А.Невежиным в Москве в 1606 г. ( хранится в настоящее время в собрании Уральского университета ).