Опираясь на поддержку Петра I и сибирского губернатора М.П.Гагарина, Филофей начал активную миссионерскую деятельность, составной частью которой было обучение инородцев.
В 1716 г. архимандрит Верхотурского монастыря Сильвестр получил распоряжение "из новокрещенных набирать ребят и их учить грамоте..., в Верхотурском уезде, где найдутся ребята, годные к учению, брати и учити их прилежно, а буде возможно и в Тобольск отсылать в дом архиерейский с вернымиездоками ко учению".
В конце 50-х гг. XVIII в. тобольский митрополит Павел Конюскевич распорядился открыть при монастырях, в том числе и Верхотурском, "латинские" школы, чтобы разгрузить первые классы Тобольской семинарии. В этих школах обучались только дети священников "славянороссийской грамоте и латинскому диалекту". В 1779 г. "латинские" школы были переименованы в "русские". В этом же году было проведено освидетельствование учеников, обучавшихся в "русской" школе при Верхотурском монастыре. В распоряжении предписывалось детей, "ненужных для занятий в ней, определять в канцелярские служители".
В 1825 г. в Верхотурском монастыре было создано приходское духовное училище. Вскоре под училище были отданы две большие комнаты в нижнем этаже нового каменного братского корпуса. оно имело четыре класса, поступавшие должны были уметь читать, писать, знать четыре действия арифметики, молитвы и заповеди. В 1888 г. училище было преобразовано в церковно-приходскую школу с ремесленными классами. В 1903-1905 гг. для нее было построено специальное училищное здание. В монастырской школе обучались мальчики в сновном из бедных семей. Они получали от монастыря стол, квартиру, одежду и обувь. В 1912 г. школу посещало 117 учеников.
В 1621 г., проезжая через Верхотурье в Тобольск, первый архиепископ Сибирский и Тобольский Киприан распорядился построить "за острогом церковь во имя Покрова Пресвятыя Богородицы, а десяти старицам для прибежища велел поставить одну келью". Так было положено начало Верхотурскому Покровскому женскому монастырю.
Согласно царским указам монахини Покровской обители получали хлебное и денежное жалованье. Но оно было в два раза меньше, чем у старцев Николаевского монастыря. Итак, на протяжении XVII-XVIII вв. покровские старицы жили в основном за счет государевой руги, подаяний, весьма скромных вкладов и собственного труда на огороде и рукоделия.
В 1782 г. Покровский женский монастырь был упразднен. Но есть сведения, что инокини не покинули Верхотурье, а продолжали жить общиной. В 1853 г. обитель была восстановлена в виде богадельни, а в 1895 г. преобразована в женскую общину. Определением Святейшего Синода от 17(30) октября 1907 года она была возведена на степень монастыря. В 1915 г. в монастыре жили 8 монахинь и 187 послушниц. Ведению Покровского монастыря подчинялось Бобровское женское общежитие, основанное в 1890 г. В монастырском храме во имя Покрова Пресвятой Богородицы находились две местночтимые иконы Божией матери: Скоропослушница и Иверская.
В XIX - начале ХХ вв. монастырь не имел содержания от казны, а получал средства к существованию от процентов с капитала, завещенного обители настоятелем Верхотурского Николаевского монастыря Григорием (25 тысяч рублей), от рукоделий и хлебопашества на монастырских землях (150 десятин). После установления советской власти монастырь был закрыт на долгие годы и вновь возобновлен лишь в 1991 г. В 1995 году в обители было 17 насельниц.
После бурных событий 1917-1920 гг. - революций и гражданской войны новая власть начала борьбу с церковью. Монастыри были объявлены оплотами реакции и чуждой идеологии, началось их закрытие, разграбление святынь, аресты духовенства. В храмах устраивались склады, клубы, музеи, заводские цеха и даже колонии для преступников.Такая же участь постигла и Верхотурский Николаевский монастырь.
В 1920 г. последний архимандрит Верхотурского монастыря Ксенофонт (в миру Константин Петрович Медведев) был арестован и отправлен на исправительные работы в Свердловск за сотрудничество с белой армией Колчака. Однако, в верхотурском монастыре религиозная община продолжала действовать. Спустя некоторое время Ксенофонту удалось вернуться в обитель, но не надолго. В 1925 г. он вновь был арестован и обвинен по статье 72 УК СССР за распространение антисоветской литературы. Ксенофонта приговорили к двум годам лишения свободы и к трем годам лишения права проживания в Уральской области как социально опасного элемента. Эти годы он провел в Казани. Как и многие тысячи священнослужителей, Ксенофонт попал в "жернова" советской системы и его дальнейшая судьба была предопределена. В 1932 г. вновь последовал арест, обвинение в антисоветской деятельности и приговор- 5 лет лагерей. Видимо, вернуться из этого заключения последнему верхотурскому архимандриту уже не удалось. Он был реабилитирован посмертно в 1989 г.
После ареста Ксенофонта в 1925 г. Верхотурский монастырь как культовый центр был закрыт. Но монахам удалось организовать скит на заимке Октай. Однако, в 1928 г. власти добрались и до него - последнее прибежище иноков было разгромлено.
В 1920 г. были опечатаны властями мощи святого Симеона Верхотурского. Однако в конце 20-х гг. началась новая волна борьбы с религией. Как сообщалось в докладной записке Уралкома ВПК(б) 1929 г., в Верхотурье стало возобновляться паломничество и "духовенство повело агитационную работу за снятие печати с мощей, чтобы верующие могли лицезреть останки праведника".
В мае 1929 г. было проведено изьятие мощей, и они были переданы в Тагильский музей "для использования в антирелигиозной работе". Спустя некоторое время мощи святого праведного Симеона оказались в запасниках областного краеведческого музея и были возвращены церкви только во время празднования 1000-летия крещения Руси. В 1992г. мощи вернулись в Николаевский монастырь.
В годы советской власти в монастыре размещалась колония для несовершеннолетних преступников. В 1990 г. Верхотурский Николаевский монастырь был возрожден к духовной жизни. Священоархимандритом и настоятелем монастыря является правящий архиерей Екатеринбургской и Верхотурской епархии Русской православной церкви. Наместник- игумен Тихон проявляет большое радение о восстановлении всего комплекса монастыря. Под его руководством за короткий срок восстановлены надвратная и Преображенская церковь, капитально перестроенные в советское время, отремонтированы братский корпус, гостиница для паломников, настоятельский дом, начаты работы по восстановлению Крестовоздвиженского собора.
Важнейшим событием 1994 г. стало прославление по благословлению Патриарха Московского и всея Руси Алексия II местночтимых подвижников веры и благочестия: преподобного Арефы Верхотурского и блаженных Иоана и Косьмы Верхотурских, честные мощи которых покоятся в Свято-Николаевском мужском монастыре.
К началу XX столетия св. праведный Симеон Верхотурский чудотворец стал одним из самых почитаемых на Руси святых.
Среди многих десятков тысяч паломников к его мощам, помимо урало-западносибирского региона, были широко представлены жители европейского Севера, Поволжья и даже западных губерний Российской империи.
Гроб с нетленными останками Симеона вышел из земли у Михайло-Архангельской церкви в селе Меркушино Верхотурского уезда в 1692 году. Сразу же начались чудеса исцеления от мощей. В следующем году над могилой установлена деревянная надгробница в виде сруба ("голбчика"). В декабре 1695 года мощи дважды освидетельствовались митрополитом Сибирским и Тобольским Игнатием (Римским-Корсаковым). Его "Повесть известная и свидетельствованная о проявлении честных мощей и отчасти сказание о чудесах святаго и праведнаго Симеона новаго сибирскаго чудотворца" является наиболее ранним и, по сути, единственным источником сведений о жизни Симеона.
Митрополит писал, что его информатором был 70-летний старик по имени Афанасий, который вышел из толпы народа, собравшегося у надгробницы во время первого посещения владыкою села Меркушина, и сообщил ему сведения о Симеоне. Это оброчный меркушинский крестьянин Афанасий Тимофеев сын Чашегоров. В 1695 году ему действительно было около семидесяти. (Заметим специально: во всем, что касается поддающихся проверке описаний местности, упоминаний конкретных людей, дат и тому подобного. "Повесть" Игнатия отличается высокой точностью и конкретностью.) Имени покойного, сообщил Чашегоров, "невозможно памятовать"(не помнит), но помнит, что покойный "христолюбец", прилежный к Богу и часто ходивший в церковь, был болен "чревом" и первым похоронен рядом с новопостроенным храмом у ранее существовавших с южной стороны трапезной дверей в трапезную.
Одно из преданий о св. Симеоне Верхотурском гласит, что он был инициатором и активным участником постройки храма в Меркушино. Это хорошо объясняет почетное для мирянина место погребения Симеона. А Михайло-Архангельская церковь, несомненно, принадлежала к числу обычных для Сибири середины XVII века, созданных по инициативе "мира" храмов, которые предписывалось строить "собою и попа призвать, а попу дать государевы земли, ... и дьячку, и пономарю, ... а о антиминсе бить челом в Тобольск архиепископу".
О жизни покойного праведника Афанасий сообщил следующее: "Человек той в сибирскую страну с Руси пришелец, дворянскаго рода рождением. Жительствоваша у нас в странничестве". Известный историк Сибири С.В.Бахрушин в свое время о св. Симеоне Верхотурском мельком заметил, что тот воплотил в себе "тип гулящего человека, каких много забредало в Сибирь через Верхотурские ворота". Само название этой категории населения указывает на возможность перемещений ("гулянья"). Гулящие беспрепятственно могли передвигаться и выбирать занятия по своему собственному усмотрению.