Феодальные междоусобные войны X - XII вв., являвшиеся следствием политической раздробленности страны и возникшие в результате борьбы крупных даймё за власть и территориальное преобладание, а также из-за переделов земель, создали предпосылки для окончательного оформления самурайства как сословия, которое можно назвать сословием мелкопоместного служилого дворянства. Площадь государственной (императорской) земли сократилась в несколько раз, в то время как земли крупных князей постоянно увеличивались в размерах.
Своего апогея междоусобицы достигли в середине XII в., во время наиболее напряжённой войны между двумя самыми могущественными домами того времени - Тайра (Хэй) и Минамото (Гэн), получившей в японской истории название Гэмпэй. Минамото и его сторонники стремились к захвату богатых земель Тайра, узурпировавшего власть, отнятую у императора. Феодалы Минамото, властвовавшие в северо-восточных областях равнины Канто, располагали более дееспособной и многочисленной армией самураев, закалённой в непрерывных схватках с айнами. Кроме того, Минамото обладал несомненным преимуществом перед своим противником - он мог постоянно снабжать переходящих к нему дружинников мелкими земельными наделами, отвоёванными у аборигенов северо-востока, в то время как сторонники Тайра имели меньше таких возможностей. Всё это обусловило в итоге поражение Тайра в ряде сражений, самым значительным из которых была морская битва при Данноура (Симоносэки) в 1185 г., и переход господствующего положения в стране к Минамото.
Последующие семь лет приверженцы Минамото вели борьбу за окончательный захват власти против хэйанской (киотской) придворной аристократии; в результате император и его вельможи полностью потеряли политическую и экономическую силу. В 1192 г. Минамото Ёритомо (1192 -1199) принял титул сэйи тайсёгун, или просто сёгун, и перенёс свою столицу на восток Хонсю в г. Камакура, установив новую систему правления - сёгунат, режим военной диктатуры, характеризовавшийся безраздельным господством самурайства в социальной и политической областях.
Ёритомо, талантливый политик и блестящий полководец, отличавшийся незаурядной личной храбростью, впервые сумел объединить под своим знаменем разрозненные дружины самурайских кланов. Усмирив одних, подкупив других и снискав бескорыстную преданность третьих, он самовластно назначал и снимал государственных чиновников, раздавал личные владения, выплачивал содержание самураям (в коку - рисовых пайках) и даже контролировал заключение брачных союзов. От своих вассалов сёгун требовал прежде всего верности и соблюдения закона чести. Трусость и предательство, а также заносчивость карались смертью, стойкость в бою, усердие и скромность в личной жизни щедро вознаграждались. Так, жертвой своей гордыни пал Тайра Хироцунэ, один из самых могущественных ленников Еритомо. Как-то раз он отказался сойти с лошади в присутствии сёгуна, затем посмел противоречить властителю Камакуры - и поплатился головой. Железной рукой укрепляя своё правление, Ёритомо не пощадил даже сводного брата, Ёсицунэ, отважного полководца и первого рыцаря дома Минамото. Заподозренный в измене Ёсицунэ в сопровождении великана-слуги Бэнкэя вынужден был бежать от преследования и в конце концов погиб, оставив после себя героический эпос, многочисленные романтические легенды и предания.
Самураями с этого времени стало считаться всё военное дворянство Японии, включая и самого сёгуна. Особой категорией самураев, или верхушкой сословия (как бы сословием в сословии), были князья, владетели крупных земельных участков разной величины. Далее шли самураи среднего и низшего рангов, отличавшиеся друг от друга размерами своих богатств и доходов. Они являлись основной военной силой даймё. Вначале эти самураи были преимущественно жителями местностей, владетелями которых были даймё, отдававшими себя под покровительство последних и становившимися их вассалами (кэнин). Император при такой форме правления, оставаясь божественным потомком Аматэрасу, являлся лишь формальным правителем Японии. Он и его окружение в лице аристократии отрываются с этого времени от управления страной почти на семь веков. Однако по традиции император, в силу того что уже изначально он считался потомком богов, номинально всё же рассматривался как лицо, стоявшее во главе всего японского народа, а аристократия Киото соответственно занимала высшее положение (но только лишь по принципу аристократического престижа и "благородства") в иерархической системе японского общества. Главой же военного правительства (бакуфу) был сёгун, считавшийся наместником императора. В то же время, несмотря на сильную власть верховного правителя - сёгуна, каждый местный феодал стремился упрочить своё положение за счёт создания собственных дружин.
Военное сословие самураев, в соответствии с принятым в эпоху Камакура (1185 - 1333) сословным делением общества, официально стало наряду с придворной киотской аристократией (кугэ) привилегированным сословием господствующего класса Японии. Все самураи, или буси, первого сёгуната Минамото были разделены на две категории: гокэнин и хигокэнин. Первые стояли в центре сословия воинов, являясь стержневой социальной группой самурайства, и находились в непосредственном подчинении у сёгуна; вторые были слоем мелких феодалов (самураев-дружинников), не являвшихся непосредственными вассалами сёгуна, а прямо или косвенно подчинявшихся императорскому двору или храмам, имевшим известную степень автономии. Хигокэнин получали иногда от феодалов небольшие участки земли в качестве лёнов, которые нередко сами и обрабатывали. Сёгун ведал гокэнин непосредственно, защищал их интересы, раздавал должности и чины; гокэнин в свою очередь несли особую службу (гокэнин-эки), заключавшуюся в воинской повинности, уплате ежегодной дани и т.д., вступали во главе своих подчинённых в войско сёгуна, чем доказывали свою верность сюзерену.
С наступлением в стране эпохи междоусобиц военное дело полностью было отделено от земледелия. Земельные владения, которыми располагали гокэнин, подразделялись на наследственные частные земли (или сирё - земли, на которые гокэнин получали санкцию сёгуна) и пожалованные владения, полученные за заслуги (онти), особенно ценимые самураями. Бакуфу внимательно следило за главным источником доходов самураев - их землями, издавая указы, ограничивающие и запрещающие продажу пожалованных и наследственных участков, стараясь поддержать подобными мерами экономическое могущество сословия воинов. По одному из указов (кодексу "Токусэй-рё") 1297 г. поместья обедневших гокэнин, проданные или заложенные хигокэнин и бонгэ (простонародью), подлежали конфискации и безвозмездному возвращению прежним владельцам. После издания этого закона такие аннулирования земельных сделок стали обычной формой борьбы даймё за сохранение своих земельных владений.
Военное сословие установило власть над всеми живущими на землях феодалов крестьянами. Функции владетелей поместий сводились лишь к контролю над исполнением закрепощённым крестьянством трудовых повинностей и уплате князьям натуральной ренты, составляющей иногда более половины урожая. Кроме того, крестьянство обязано было служить в отрядах самураев в качестве слуг и копьеносцев во время военных походов. Каждая деревня выделяла в дружину даймё определённое число пеших воинов, получивших в период междоусобных войн название "асигару" ( "легконогие") и превратившихся затем в самураев низшего ранга. После провалившейся попытки императорского дома во главе с экс-императором Готоба (1184 - 1198) свергнуть сёгуна в Камакура (мятеж годов Сёкю, 1219 - 1222) власть военных упрочилась ещё больше. Этому способствовал кодекс "Дзёэй сикимоку", или "Уложение года Дзёэй" (1232), изданный Ёсимицу Миёси (по повелению Ходзё Ясутоки). Свод законов эпохи Дзёэй ставил целью укрепление системы сёгуната и систематизировал обычаи и отношения в среде сословия самураев.
В годы регентства дома Ходзё (1199 - 1333) самураям впервые в истории довелось столкнуться с внешним врагом. Япония оказалась перед лицом внешней опасности - монгольского нашествия (гэнко), которое существенно повлияло в дальнейшем на обстановку в стране в целом, затронув в значительной степени и самурайство. Дважды (в 1274 и 1281 гг.) монгольские завоеватели под предводительством внука Чингисхана Хубилая, завершившего покорение Китая и фактически овладевшего Кореей, пытались подчинить своей власти последний независимый клочок суши в Восточном море - Японскую империю. Дважды объединённые монголо-китайские силы пытались совершить высадку на юге архипелага, и оба раза беззаветная храбрость самурайского ополчения, поддержанная силой тайфунов - "камикадзэ", одерживала победу. Особенно кровопролитным было второе сражение на острове Кюсю, длившееся сорок девять дней и закончившееся полным разгромом монголо-китайских полчищ. Монголы в тот период были, несомненно, носителями самой передовой в мире военной техники, заимствованной чуть ли не во всех странах Азии и Европы. Их короткие луки были вдвое более дальнобойными по сравнению с огромными японскими "юми", лёгкие доспехи и сабли позволяли лучше маневрировать в бою. Они использовали пушки и катапульты с пороховыми снарядами. Их тактика конных атак была отработана до мелочей в бесчисленных завоевательских походах. Немалый урон причиняли самурайским дружинам и китайские копейщики, завербованные в экспедиционный корпус.
Но наибольшим шоком для буси, привыкших к определённому военному церемониалу, было полное отсутствие уважения к противнику. Обычно в междоусобных баталиях воину надлежало выбрать себе достойного противника и после обмена приветствиями и соответствующими изысканными оскорблениями по всем правилам сразиться. Поле боя подчас превращалось в сплошные "парные турниры" с выбыванием участников. Не принято было нападать сзади, не окликнув предварительно жертву, прибегать к помощи слуг и оруженосцев, если к тому не понуждали чрезвычайные обстоятельства. Отрезанная голова противника, которая потом демонстрировалась сюзерену и выставлялась на всеобщее обозрение, была не просто варварским трофеем, а самым достоверным сертификатом личного участия в схватке с равным. Монголы же применяли исключительно тактику массовой атаки и набрасывались на горделивых буси, как стаи голодных собак. Известно, что и "трофеи" они брали анонимные, указывающие лишь на количество жертв, а именно уши врага.