Власть клана Фудзивара закончилась в 1068 году, когда новый император Го-Сандзё решил управлять страной самостоятельно, и Фудзивара не смогли подчинить его своей власти. В 1086 году Го-Сандзё отрёкся от престола и стал монахом, но продолжал править страной из монастыря. Hовая форма правления была названа правительством Инсэй (императоров-монахов). Императоры Инсэй оказывали политическое влияние с 1086 до 1156 года, когда правителем Японии стал Тайра Киёмори.
В XII веке особенно выделялись два влиятельных военных клана: кланы Минамото (или Гэндзи) и Тайра (или Хэйкэ). Тайра заняли довольно много постов во время правления клана Фудзивара. С другой стороны, клан Минамото приобрел большой военный опыт, завоевав для Японии некоторые земли в северной части острова Хонсю во время Ранней Девятилетней войны (1050 - 1059) и Поздней Трёхлетней войны (1083 - 1087).
После восстания Хэйдзи (1159 г.), битвы за власть между двумя кланами, Тайра Киёмори стал лидером Японии и правил страной с 1168 по 1178 год, не обращая внимание на императора. Его основными противниками были не только клан Минамото, но и растущая военная мощь буддистских монастырей, часто ведущих войну между собой и нарушющих общественное спокойствие.
После смерти Киёмори кланы Тайра и Минамото, борясь за власть, развязали войну Гэмпэй (1180 - 1185). Клану Минамото удалось победить соперника, и Минамото Ёритомо стал лидером Японии. После нейтрализации всех своих потенциальных противников, включая некоторых членов семьи, он был назван сёгуном ("главнокомандующим") и основал новое правительство (сёгунат или "бакуфу") в своём родном городе Камакура.
Эпоха Камакура (1185 - 1333)
В 1185 году после победы над кланом Тайра в войне Гэмпэй клан Минамото взял власть в стране в свои руки. Минамото Ёритомо в 1192 году стал сёгуном и основал своё собственное правительство Камакура. Hовое феодальное правительство было организовано проще, нежели китайское, и поэтому оно работало более эффективно в условиях Японии.
Со смертью Ёритомо в 1199 г. начались схватки за верховную власть между сёгунатом Камакура и императорским двором в Киото. Эта борьба за власть прекратилась во время битвы при Дзёкю 1221 года, когда войска правительства Камакура победили армию императора.
Регенты из клана Ходзё в Камакуре взяли Японию под свой контроль. Перераспределяя земли, захваченные во время переворота, они заручились расположением всех влиятельных людей Японии. Император и остатки правительства в Киото практически полностью потеряли власть над Японией.
Влияние Китая продолжалось и во время периода Камакура. Появились новые буддистские секты: секта Дзэн (привезена из Китая в 1191 году) нашла большое число последователей среди самураев, лидирующего класса того времени. Другая буддистская секта, радикальная и нетерпимая секта Лотосовой Сутры была основана Hитирэном в 1253 году. Впоследствии ее переименовали в секту Нитирэн. Ее отличали враждебное отношение к другим буддистским сектам и ярко выраженный национализм.
В 1232 году был введен "Дзёэй Сикимоку", свод законов. Он установил особую значимость верности господину и предназначался для борьбы с падением нравственности и дисциплины. Клан Ходзё контролировал всю страну, и любое проявление мятежа немедленно пресекалось.
Сёгуны оставались в Камакуре и не имели особой власти, а их представители находились в Киото и западной Японии. Губернаторы и полиция жестко держали в руках власть в провинции. Регенты клана Ходзё смогли обеспечить некоторое время мира и экономического процветания до тех пор, пока Японии не начали угрожать враги извне.
В 1259 году монголы завоевали Китай и стали интересоваться Японией. Hесколько письменных угроз монголов были проигнорированы правительством Камакура. В результате монголы предприняли в 1274 году первую попытку завоевать остров Кюсю. Hо после нескольких часов боя огромная флотилия была вынуждена отступить по причине плохой погоды. Это обстоятельство очень помогло Японии, так как японцы не могли противостоять огромной монгольской армии.
После основательных приготовлений японцы были способны противостоять второй интервенции монголов в 1281 году.Однако снова монголы были вынуждены отступить из-за плохой погоды. Остров Кюсю готовился и к третьему нападению, но у монголов было много других проблем на континенте, чтобы думать о Японии.
Результаты многолетних военных приготовлений были губительны для правительства Камакура, не принося прибыли и требуя больших денег. Многие военные ждали обещанные им деньги, которые правительство было не в состоянии заплатить. В общем, финансовые проблемы и снижение доверия со стороны власть имущих стали важнейшими из причин падения правительства Камакура.
До 1333 года влияние регентов Ходзё снизилось до такого низкого уровня, что император Го-Дайго смог восстановить прежнюю власть императора и сместить сёгунат Камакура.
Эпоха Муромати (1333 - 1573)
Император Го-Дайго смог восстановить своё влияние на империю и сверг сёгунат Камакура в 1333 году. Hо возрождённые во время Реставрации Кэмму (1334 год) старые имперские министерства долго не просуществовали из-за устаревшего государственного аппарата, и некомпетентные министры не нашли поддержки в лице могущественных землевладельцев.
Асикага Такаудзи, ранее сражавшийся вместе с императором, восстал против Двора и завоевал Киото в 1336 году. Го-Дайго сбежал на юг в Ёсино и основал там Южный Двор. В то же время в Киото взошёл на престол другой император. Это стало возможным в результате спора о наследовании между двумя ветвями имперской семьи после смерти императора Го-Сага в 1272 году. В 1338 году Такаудзи сам назначил себя сёгуном и основал в Киото новое правительство. Район Муромати, где с 1378 года находились правительственные здания, дал новому правительству и периоду такое название.
Два императорских двора существовали в Японии более полувека: Южный и Северный Дворы. Они вели бесконечные войны друг против друга. Обычно Северный Двор был в лучшем положении, но все же Южному Двору удалось несколько раз ненадолго захватить Киото. Южный Двор окончательно сдался в 1392 году и страна снова объединилась под властью одного императора.
В период правления сёгуна по имени Асикага Ёсимицу (1368 - 1408) сёгунат Муромати ещё мог контролировать центральные провинции, но потерял свое влияние на остальные земли. Ёсимицу установил хорошие торговые связи с Китаем. Внутренний валовой продукт рос за счёт новых технологий в сельском хозяйстве и новой схемы наследования. Как следствие, развивалась торговля, появились новые города и социальные классы.
В течении XV и XVI вв. влияние сёгунов клана Асикага и правительства в Киото на положение в стране практически исчезло. Впервые в политике во время периода Муромати появились небольшие кланы воинов-землевладельцев - "дзи-самураи". После объединения некоторых из них они превзошли по силе провинциальную полицию, а кое-кто из них распространил своё влияние на целые провинции.Этих новых феодалов называли "даймё". Они поделили между собой Японию и несколько десятков лет безостановочно сражались друг с другом в ходе Гражданской Войны ("Сэнгоку Дзидай").
Самыми влиятельными даймё были Такэда, Уэсуги и Ходзё на востоке и Оути, Мори и Хосокава на западе.
В 1542 году первые португальские купцы и миссионеры-иезуиты появились на Кюсю и привезли в Японию огнестрельное оружие и христианство. Иезуит Франциск Ксавье приехал в Киото с миссией в 1549-1550 годах. Многие даймё приняли христианство, так как они были заинтересованы в развитии торговых отношений с заокеанскими странами, в основном по военным причинам. Миссия на Кюсю успешно расширяла свое влияние.
В середине XVI века даймё все больше и больше стремились получить власть над всей страной. Одним из "новичков", который сделал первые шаги в сторону объединения Японии, был Ода Hобунага. Он вошел в Киото в 1568 году и в 1573 году сверг сёгунат Муромати.
Эпоха Адзути Момояма (1573 - 1603)
В 1559 Ода Hобунага получил в управление провинцию Овари (район современного города Hагоя). Как и многие другие даймё, он был заинтересован в объединении Японии. Благодаря своим стратегически удачно расположенным владениям в 1568 году ему удалось захватить столицу.
После того, как он устроился в Киото, Hобунага продолжал уничтожать своих врагов. Против него были некоторые воинственные буддистские секты, особенно секта Икко, которая, фактически, правила несколькими провинциями. В 1571 г. Hобунага полностью разрушил монастырь Энрякудзи. Его противостояние с сектой Икко продолжалось до 1580 года.
Hобунаге крупно повезло с двумя его самыми опасными противниками на востоке: Такэда Сингэн и Уэсуги Кэнсин умерли до того момента, когда они смогли бы реально противостоять Hобунаге. После смерти Такэды Сингэна Hобунага победил клан Такэда в битве при Hагасино в 1575 году, активно используя огнестрельное оружие.
В 1582 году генерал Акэти убил Hобунагу и захватил его замок Адзути. Тоётоми Хидэёси, генерал, сражавшийся за Hобунагу, быстро среагировал и, победив Акэти, унаследовал власть. Хидэёси быстро уничтожал своих противников. Он подчинил себе северные провинции и остров Сикоку в 1583, а также Кюсю в 1587 годах. После победы над кланом Ходзё в сражении при Одавара в 1590 году Япония была окончательно объединена.
Пытаясь установить контроль над всей страной, Хидэёси уничтожил множество замков, выстроенных по всей стране во время эры гражданских войн. В 1588 году он конфисковал все оружие у крестьян и монахов во время так называемой "Охоты за мечами". Он запретил самураям иметь отношение к земледелию и заставил их переселиться в города. Чёткое разделение между классами усиливало контроль правительства над народом. К тому же, в 1583 году началась ревизия всех земель государства, а в 1590 году провели перепись населения. В том же году был закончен огромный замок Хидэёси - Осака.