Борьба с традиционной религией продолжалась ок. 20 лет, но завершилась со смертью Эхнатона. Катастрофой для Египта обернулось его пренебрежение прямыми царскими обязанностями. Мятежные вожди азиатских народов, насильно включенных в державу на Ниле, немедленно воспользовались тем, что Эхнатон ослабил бразды государственного правления. Такая ситуация предоставляла долгожданную возможность сбросить обременительное иго. Несколько преданных фараону номархов обратились к нему с просьбой поддержать их борьбу с агрессивными соседями; но когда их письма (сохранившиеся на табличках из Эль-Амарны) остались без ответа, они прекратили свои безуспешные попытки. От огромной державы, с таким трудом создававшейся предшественниками Эхнатона, практически ничего не осталось.
О богатстве Египта в эпоху правления XVIII династии можно составить представление по находкам сокровищ в открытой в 1922 гробнице Тутанхамона – зятя Эхнатона. После кратковременного правления (примерно в 1400–1392 до н.э.) этого юного фараона трон на некоторое время перешел к людям низкого сословия и воинам. Затем при XIX династии, в правление Сети I (примерно 1337–1317 до н.э.) и Рамсеса (Рамзеса) II Великого (ок. 1317–1251 до н.э.), страна вновь обрела относительное величие, вернув часть своих прежних азиатских владений. Однако эта возрожденная «держава» была столь непрочной, что Рамсес II счел целесообразным подписать договор о мире с Хаттусили, царем могущественных хеттов, занявших принадлежавшее прежде египтянам место властителей Западной Азии.
За правлением Рамсеса II последовал период непрерывных массовых миграций разных народов. Преемникам этого царя пришлось испытать вторжения ливийцев с запада, а Рамсес III (ок. 1204–1173 до н.э.), второй царь XХ династии, столкнулся на севере и востоке с мощным союзом не родственных между собой племен-завоевателей – т.н. «народов моря», чьего натиска не выдержали даже могущественные хетты. Рамсес III успешно противостоял их полчищам, но его продолжительное пребывание на троне было омрачено войнами, восстаниями населения, а также заговорами и интригами членов его собственной семьи. С его смертью от руки убийцы славе Египта пришел конец. Правление XХ династии завершилось в обстановке хаоса, при полном забвении законов и порядка; были разграблены даже священные места захоронений фараонов.
Период упадка
В 11 в. до н.э. трон занял военачальник Херихор, бывший одновременно верховным жрецом Амона. При нем Египет превратился в теократическое государство, важные общественные и частные дела стали решаться путем прямых обращений к оракулу Амона в Карнаке. Нижний Египет отделился, а его правитель по имени Смендес, пребывавший в Танисе, в области Дельты, провозгласил себя царем Верхнего и Нижнего Египта. Приходящая в упадок держава утратила Нубию.
Ключевые позиции в аппарате управления постепенно перешли к жившим в Дельте ливийцам – вождям призванных властями наемных воинских отрядов и потомками семей, поселившихся здесь в правление XIX и XX династий. Около 950 до н.э. один из таких ливийцев, чей род гордился тем, что уже семь его поколений проживали в Гераклеополе, захватил трон в Бубастисе (совр. развалины Телль-Баста) в области Дельты и принял имя Шешонк I. Впервые после изгнания гиксосов египетский престол достался чужеземцу. Шешонк (Шишак) знаменит тем, что совершил поход в Палестину и захватил Иерусалим, где в то время правил Иеровоам, упоминаемый в Ветхом Завете. Правление основанной Шешонком XXII (Ливийской) династии продолжалось около двух столетий, но это было время упадка. Представители царской власти пытались укрепить свое влияние союзом с религиозными институтами. Наследник престола назначался верховным жрецом Амона в Карнаке, а царевны становились верховными жрицами этого бога.
Тем временем крепло молодое Нубийское царство Куш, и ок. 730 до н.э. его доблестный правитель Пи (Пианхи), следивший за раздиравшими Египет гражданскими смутами, вторгся в расположенную ниже по течению Нила долину, осадил и взял штурмом Гермополь Великий и Мемфис и захватил трон. Представители XXV (Эфиопской) династии пытались править страной из столицы Куша Напата, но позже фараон этой династии Тахарка (ок. 689–663 до н.э.) был вынужден в течение нескольких лет руководить военными действиями в Дельте из Таниса, отражая сильный натиск со стороны не только своих египетских противников, но и Ассирии. В 671 до н.э. войско Тахарка было разбито ассирийским царем Асархаддоном, и представители эфиопской династии были вынуждены бежать в Напату. Восемью годами позже ассирийский царь Ашшурбанипал в ходе нового вторжения разгромил египетские и эфиопские силы племянника Тахарки, царя Танутамона, и разорил столицу Египта – Фивы. Эфиопы были изгнаны из Египта, а на трон взошли фараоны расположенного в Дельте Саиса. Они получили короткую передышку, когда Ашшурбанипал был вынужден из-за возникших у него на родине волнений вернуться в Ниневию. При Псамметихе I (ок. 663–610 до н.э.), основателе и первом фараоне XXVI (Саисской) династии, многие разоренные ассирийцами города были отстроены заново. Предпринимались попытки восстановить достопримечательности былых времен, в первую очередь сооружения эпохи пирамид.
Теперь иноземных купцов поощряли основывать в области Дельты торговые поселения, и во время царствования Псамметиха II там был построен знаменитый греческий город Навкратис. Яхмос II, или Амасис (ок. 569–525 до н.э.), вслед за отцом проводил прогреческую политику, возможно, надеясь на поддержку Греции в противостоянии нарастающей угрозе с востока. После его смерти кризис достиг апогея, и на Египет двинулись персы. Его преемник Псамметих III (ок. 526–525 до н.э.) был разбит в 525 до н.э. при Пелусии персидским царем Камбисом II, захватившим Египет вплоть до Нубии и провозгласившим себя фараоном, а завоеванную территорию сатрапией (провинцией) Персии. Таким образом к власти пришли фараоны XXVII (Персидской) династии, и это означало конец существования независимого Египта. Несмотря на ряд восстаний, в результате которых египтянам удавалось изгнать персов (ок. 404 до н.э. страна получила независимость на целых 60 лет), Египет оставался персидской провинцией вплоть до его завоевания в 332 до н.э. Александром Великим.