Первые поселения людей на территории современной Андорры относятся еще к ледниковому периоду. Окончательное заселение относится ко времени после отступления последнего ледника. В 3500–2000 до н.э. небольшие группы людей обитали в долине реки Валира и в горных пещерах. Вместе со скелетом женщины, жившей более 4 тысяч лет назад, были найдены наконечники стрел, изделия из камня и кости, фрагменты керамики. В последующем обитатели Андорры, принадлежавшие, очевидно, к народу иберов, стали строить деревни у подножия гор и пользоваться изделиями из бронзы. Они сооружали мегалитические памятники и дольмены, поклонялись силам природы, духам лесов и озер. На территории Андорры были найдены иберийские монеты. Само название страны происходит, как полагают, от имени иберийского племени андосинов, от сочетания иберийских слов «андо» (высший) и «оре» (железо) либо кельтских «ан» (дуть) и «дор» (ветер).
В 220 до н.э. между Карфагеном и Римом разгорелась упорная борьба за власть над Иберийским полуостровом. В 219–218 до н.э. Пиренеи пересекло карфагенское войско во главе с Ганнибалом, который отправился в поход на Италию. Однако после поражения Карфагена во Второй Пунической войне Иберией завладели римляне. Они принесли в Андорру свои законы и язык. При римском владычестве население стало пользоваться более совершенной сельскохозяйственной техникой и выращивать большие урожаи.
Территория Андорры оставалась в составе Римской державы до 414, когда она попала под власть германского племени вестготов, создавших свое королевство в Южной Франции и Испании. В начале 8 в. вестготское государство было уничтожено арабскими завоевателями, которые вторглись на Пиренейский полуостров из Северной Африки. Однако серьезных следов пребывания арабов в Андорре археологи не обнаружили, за исключением развалин мавританской башни около населенного пункта Ордино. По-видимому, завоеватели использовали ее долины в качестве кратчайшего пути в Южную Францию.
Создателем Андорры считается франкский король и император Карл Великий (768–814). Согласно преданиям, 5 тысяч андоррцев во главе с Марком Альмугабером помогли его армии в сражении с арабами. В знак благодарности король объявил в 788 жителей Андорры «суверенным народом» под своим покровительством. Страна была включена в состав Уржельского епископства. Андоррцы должны были уплачивать франкам символическую дань в 1–2 форели из реки Валира.
В 817 Андорра и расположенные к югу от нее земли официально перешли под суверенитет Франкской империи и были включены в состав Тулузской марки. Император (814–840) даровал в 819 жителям Андорры Великую Хартию свободы (Маgna Carta). После распада империи король Франции (843–877) передал в 843 территорию Андорры графу Серданьи и Уржеля Сунифреду I в благодарность за помощь в отражении набега норманнов. В течении 9 и 10 вв. Уржельские графы, покупая, присоединяя и обменивая земли, постепенно расширяли свои владения в андоррских долинах. Но затем, благодаря пожертвованиям со стороны графов и частных лиц, стали расти владения Уржельских епископов. Наконец, в 1133 граф Эрменголь IV «навечно» продал епископу Беренгеру все права на долины Андорры за 1200 су. Епископы превратились в феодальных владетелей, которым жители Андорры должны были уплачивать подати. В 1162 они составляли ежегодно 4 окорока, 40 хлебов и вино. В 1176 андоррцы обязались предоставлять сюзерену дополнительно обед на сто человек каждые два года на Рождество. Это обязательство было подписано 838 главами семей, что позволяет оценить число жителей Андорры в это время в примерно 2300 человек.
Епископы, в свою очередь, в середине 11 в. передали оборону Андорры в руки феодального рода Кабоэ, которые получали права собственности и привилегии в долинах в обмен на присягу верности по отношению к епископам. В 1185 представительница рода Кабоэ Арнауа вышла замуж за Арно, наследника виконта де Кастельбон. Арно и его дочь-наследница Эрмессенда были приверженцами альбигойства. Отряды виконта и графа Фуа разрушили собор в Уржеле и множество других церквей в Андорре и ее окрестностях. В 1201 епископ Берна де Виламур вынужден был признать за виконтом и его дочерью ленные права на долины Андорры. В 1208 Эрмессенда вышла замуж за Роже Бернара II, графа Фуа. В 1257 граф Роже Бернар III путем династического брака присоединил к своим владениям Беарн и превратился в самого могущественного феодального правителя Южной Франции. Графы отказались повиноваться Уржельским епископам, и между ними завязалась упорная борьба, сопровождавшаяся кровавыми столкновениями. На стороне епископа Педро де Кастробоно выступил правитель Арагона Педро III Великий (1276–1285), а его брат Хайме II Мальоркский, женатый на сестре Роже Бернара III, поддерживал графа Фуа. Наконец, Педро III принудил графа и епископа придти к соглашению. 8 сентября 1278 в Лериде был подписан «акт-пареаж», который устанавливал совместное правление в Андорре епископа Уржеля и графа Фуа. Оба они становились князьями Андорры. 6 декабря 1288 последовал второй «акт-пареаж».
Оба князя–соправителя жили вне территории Андорры, но назначали в нее своих представителей – викариев, или «вигье». Каждый из них ежегодно поочередно управлял страной. Андоррцы обязались уплачивать регулярную дать князьям – по четным годам епископу, по нечетным – графу Фуа. В тот период она вносилась натурой – хлебом, молоком, овощами и сыром.
В 1419 представитель Долин Андорры Андреу д'Алас добился от епископа Франциска де Товиа и графа Жана I разрешения на создание в стране выборного органа – «Совета земли», который впоследствии превратился в Генеральный совет. Главы наиболее влиятельных семей получили право избирать своих представителей в этот орган.
Благодаря своему особому положению, страна смогла в последующие века сохранить свою независимость от мощных государств, складывавшихся по обе стороны Пиренейских гор. Ее жители пользовались привилегиями граждан нейтрального государства, не служили в армии, не вносили военных податей и извлекали немалую выгоду из свободной перевозки товаров через Пиренеи.
Арагонско-каталонская корона неоднократно пыталась завладеть землями графства Фуа: при королях Педро III в 1280–1283, Альфонсе II в 1333–1334 и Мартине в 1396–1400. Но история распорядилась иначе. В 1479 граф Гастон IV Фуа унаследовал трон королевства Наварра. Хотя в 1512 король Арагона и Каталонии Фердинанд II завоевал южную часть Наварры и долины Андорры, которые он подарил в 1513 своей второй жене Жермине де Фуа, андоррцы сохранили лояльность в отношении королей Наварры и графов Фуа и продолжали уплачивать им дань. В 1589 король Наварры Генрих III стал французским королем Генрихом IV (1589–1610), а его преемник Людовик XIII (1610–1643) официально присоединил Фуа к французской короне. Князем-соправителем Андорры становился, таким образом, король Франции. С испанской стороны Пиренейских гор сюзеренами Андорры оставались Уржельские епископы.
В начале 18 в. Андорра сохранила свой нейтралитет в ходе войны за Испанское наследство, от которого сильно пострадала территория Каталонии. В 1715 епископ Уржельский Симеон де Гинда-и-Апестеги (1714–1737) официально предписал консулам Долин не повиноваться ничьим распоряжениям, за исключением тех, которые исходили от него и короля Франции.
Славу просветителей приобрели в 18 в. юрист Антони Фитер-и-Росселль и священник Антони Пуиг. Первый из них собрал и в 1748 издал в виде отдельной книги материалы о традициях и обычаях Андорры. Второй в 1763 выпустил книгу законов и обычаев страны – «Политар Андорра».
Революция во Франции свергла монархию, и после казни Людовика XVI в 1793 андоррцы остались без своего князя-соправителя. Французские революционеры отменили дань, вносимую Андоррой, как феодальную повинность, и республика отказалась от сюзеренитета над долинами. Однако жители маленькой страны опасались теперь, что она будет поглощена могущественными соседями. В 1794, в ходе войны с Испанией, французские войска вступили на территорию Андорры и дошли до Сольдеу, стремясь захватить Сео-де-Уржель. Представители долин встретились с французским генералом Шабре и смогли убедить его отказаться от проведения операции.
В 1806 французский император Наполеон в специальном декрете объявил, по просьбе андоррцев, о восстановлении действия «акта-пареажа». Князьями-соправителями вновь признавались глава государства Франции и епископ Уржельский. Это положение ненадолго прекратилось в 1812–1813, когда Андорра была аннексирована Францией и включена в состав территории Сегр (в 1813 – департамент Сегр-Тер).
В 19 веке страна начинает постепенно открываться миру. Андорру посещают европейские путешественники, которые с восторгом отзываются о красоте ее природы. В 1848 парижская опера поставила спектакль Галеви «Долина Андорры», а в 1852 в Мадриде исполнялась одноименная сарсуэла Гастамбиде.
Серьезную угрозу для нейтралитета Андорры представляли гражданские войны в Испании. На ее территории часто искали убежища как либералы, так и карлисты. В 1866 по инициативе богатого землевладельца Гильена де Пландолит-и-д'Арено в стране развернулось движение «Новая реформа», и 14 апреля 1866 епископ Жозеп Кайшаль-и-Эстраде (1853–1879) утвердил положения андоррской конституции. В 1869 ее ратифицировал и император Франции Наполеон III (1852–1870). Генеральный совет – высший законодательный орган – состоял из 24 членов, которые избирались «синдиками», главами местной власти. Ограничивалась светская власть епископа. Его влияние, по существу, свелось к церковным делам.
В конце 19 века экономические трудности привели к росту эмиграции из Андорры. Расширение связей с заграницей способствовало развитию средств коммуникаций. Были проведены первые телеграфные и телефонные линии. Однако Андорра оставалась еще мало известной и изолированной страной. Лишь путешественники время от времени посещали ее.
В 1914 папа Пий X провозгласил Святую Деву Меричелльскую «патронессой Долин Андорры». 8 сентября 1921 архиепископ Таррагоны и Уржельский епископ Жусти Гитарт-и-Вилардебо (1920–1940) короновали ее икону. В ходе церемонии был впервые исполнен национальный гимн Андорры. В нем поется: «Я одна являюсь единственной дочерью императора Карла Великого, верующей и свободной вот уже одиннадцать столетий. Верующей и свободной останусь я всегда». День 8 сентября стал национальным праздником княжества.