Препятствием к нормализации обстановки на субконтиненте стал кашмирский конфликт. До 1947 в Британской Индии насчитывалось 584 княжества, которым предстояло решить вопрос о вхождении в мусульманский Пакистан либо в индуистскую Индию. В октябре 1947 махараджа Кашмира, индус по вероисповеданию, сделал выбор в пользу Индии. Начавшиеся в 1947 вооруженные столкновения между индийскими и пакистанскими вооруженными силами происходили до конца 1948, пока с помощью ООН не была установлена линия прекращения огня. Предложения по проведению референдума среди населения Кашмира по вопросу о будущем княжества не были поддержаны Индией. В 1965 пакистанские войска возобновили военные действия в Кашмире, которые удалось остановить. Индийский премьер-министр Лал Бахадур Шастри и пакистанский президент Айюб Хан встретились в Ташкенте в январе 1966 и согласились отвести свои войска на линию прекращения огня.
После длительных дебатов Учредительное собрание в 1949 под влиянием премьер-министра Лиакат Али Хана одобрило резолюцию, в которой указывалось, что «мусульмане должны руководствоваться в своей личной и общественной жизни учением и требованиями ислама, изложенными в Священном Коране и Сунне». 29 февраля 1956 Учредительное собрание приняло конституцию, в соответствии с которой 23 марта 1956 была провозглашена федеративная Исламская Республика Пакистан. В конституции было зафиксировано положение, что президентом страны должен быть мусульманин. Эта статья сохранилась и в конституции 1962, действовавшей при Айюб Хане. В этой связи был образован Консультативный совет исламской идеологии, а также открыт Институт по изучению ислама.
Дебаты по поводу избирательных курий имели серьезное значение ввиду того, что ок. 20% населения Восточного Пакистана составляли индусы. В 1950–1952 были изданы законы о выборах в провинциальные законодательные собрания. Было решено, что при наличии явного мусульманского большинства целесообразно выделить специальные электоральные группы: христиан и «общие» в ряде областей Западного Пакистана; и христиан, буддистов, зарегистрированных каст («неприкасаемых») и «общие» в Восточном Пакистане. Каждая из этих групп посылала своих представителей в законодательные органы по собственным избирательным спискам. В результате на выборах в Восточном Пакистане в марте 1954 среди 309 депутатов оказалось 72 немусульманина. При Айюб Хане (1958–1969) проводились косвенные парламентские выборы через органы местного самоуправления (т.н. систему «основ демократии»). На низовом же уровне раздельное голосование отсутствовало, что практически привело к тому, что в указанные органы почти не попадали кандидаты от немусульманских общин.
На год обретения страной независимости Западный Пакистан включал 4 провинции и 10 княжеств. Бенгальцы настаивали на том, что Восточный Пакистан располагает бóльшими правами на автономию, чем территориально-административные единицы Западного Пакистана и, ввиду превосходства в численности населения, должен иметь приоритет в решении государственных вопросов. Чтобы пойти навстречу подобным требованиям, в Западном Пакистане были объединены в одну провинцию все 14 входивших в него административных образований. Это событие произошло в октябре 1955, затем была достигнута договоренность о равном представительстве обеих частей страны в национальном парламенте.
Восточный Пакистан имел веские причины для выражения своего недовольства. Хотя на территории провинции было сосредоточено свыше половины всего населения страны, государственные ассигнования направлялись прежде всего в Западный Пакистан, на который приходилась и основная доля средств, получаемых в порядке помощи из-за границы. Непропорционально мало восточнопакистанцев числилось в государственном аппарате (15%), а также в вооруженных силах (17%). Центральное правительство явно покровительствовало промышленникам Западного Пакистана при валютных операциях, в выдаче лицензий на импорт, займов и безвозмездных ссуд, в предоставлении разрешений на строительство предприятий новейших отраслей индустрии. Промышленное развитие после 1953 совершалось в значительной степени на фоне экономической и военной поддержки со стороны США, которые ориентировались на защиту Западного Пакистана от возможной советской угрозы.
В феврале 1966 лидер Авами лиг Шейх Муджибур Рахман выдвинул программу из шести пунктов, которая предусматривала: 1) ответственность федерального правительства перед парламентом, сформированным на основе свободных и честных выборов, 2) ограничение функций центра вопросами обороны и иностранных дел, 3) введение отдельных валют (или самостоятельных финансовых счетов) для каждой из двух провинций при контроле за межпровинциальным движением капитала, 4) передачу сбора всех видов налогов из центра в провинции, которые на свои отчисления содержат федеральное правительство, 5) предоставление обеим частям страны возможности самостоятельно заключать внешнеторговые договоры и иметь в связи с этим собственные валютные счета и 6) создание в Западном и Восточном Пакистане своей нерегулярной армии.
В Восточном Пакистане была развернута агитация в поддержку этой программы, и Муджибур вместе с 34 единомышленниками в 1968 был арестован по обвинению в разработке плана организации восстания с помощью Индии. В начале 1969 развернулась общенациональная кампания протеста против режима президента Айюб Хана. В феврале обвинения против Муджибура и его соратников были сняты. Айюб Хан созвал Круглый стол для встречи с лидерами оппозиции, на котором Муджибур предложил разработать новую конституцию на основе перечисленных шести пунктов. Подавшего 25 марта в отставку Айюб Хана сменил генерал Яхья Хан, который ввел в стране чрезвычайное положение.
Яхья Хан восстановил в Западном Пакистане четыре прежние провинции и назначил на 7 декабря 1970 первые в истории страны прямые всеобщие выборы в национальный парламент. В нем депутатам от Восточного Пакистана фактически было гарантировано большинство благодаря принятому принципу «один избиратель – один голос». Авами лиг завоевала 160 из 162 мест, предназначавшихся для Восточного Пакистана. Столь убедительная победа была одержана вследствие продолжительной кампании за претворение в жизнь программы Муджибура и решительной критики центрального правительства за недостаточную помощь жертвам разрушительного урагана, обрушившегося на Восточный Пакистан 7 ноября 1970. Партия пакистанского народа (ППН), которую возглавлял Зульфикар Али Бхутто, получила 81 из 138 мест от Западного Пакистана.
Муджибур объявил, что новая конституция должна основываться на его программе. В ответ Бхутто 17 февраля 1971 информировал, что ППН станет бойкотировать работу Национального собрания, если не получит возможности обсудить конституционную реформу. Вследствие этого Яхья Хан отложил назначенное на 3 марта открытие парламентской сессии. Авами лиг заявила, что это свидетельствует о сговоре между президентом и лидером ППН.
На 2 марта Муджибур назначил всеобщую забастовку в Восточном Пакистане, и население вышло на улицы Дакки и других городов провинции. Муджибур призвал воздерживаться от уплаты налогов, пока власть не перейдет к представителям народа. Яхья Хан выразил желание созвать новый Круглый стол для переговоров, но Муджибур отверг это предложение. 15 марта в Восточном Пакистане было создано параллельное правительство Авами лиг. В союз с Муджибуром вошли восточнобенгальские воинские формирования. 16 марта Яхья Хан провел в Дакке встречу по конституционным вопросам с Муджибуром и Бхутто, но потерпел неудачу в попытке достичь компромисса. В ночь с 25 на 26 марта Яхья Хан приказал армии начать военную акцию в Восточном Пакистане, запретил Авами лиг и арестовал ее руководителя Муджибура.
Между силами центрального правительства и повстанческими отрядами «мукти бахини», вступившими в борьбу за создание на месте Восточного Пакистана независимого государства Бангладеш, разгорелась полномасштабная война. Миллионы беженцев устремились в Индию. К лету 1971 пакистанской армии удалось установить контроль над территорией Восточного Пакистана. Но Индия поддержала вооруженных повстанцев, а в ноябре приняла непосредственное участие в военных действиях. Третья индийско-пакистанская война обострила международные отношения, поскольку СССР поддержал позицию Индии, а США и Китай – позицию Пакистана. 16 декабря 1971 индийские войска вступили в Дакку, и пакистанские части были вынуждены капитулировать. Бангладеш была провозглашена независимым государством. Первым президентом новой страны стал Муджибур Рахман.
Пакистан после 1971
Яхья Хан ушел в отставку 20 декабря 1971. Президентом Пакистана стал Зульфикар Али Бхутто. Одним из его первых шагов была договоренность с премьер-министром Индии Индирой Ганди в Шимле о том, что индийская армия покинет пакистанскую территорию. Восстанавливались также торговые и транспортные связи между обеими странами. Отношения Пакистана с США улучшились, кроме того, ему начали оказывать помощь Саудовская Аравия, Объединенные Арабские Эмираты, Ливия и Иран.
Бхутто отменил военное положение, а в апреле 1973 был одобрен проект новой конституции, восстанавливавшей парламентскую систему правления. Расширились властные полномочия провинций. Были возрождены избирательные курии для религиозных меньшинств при сохранении главенства ислама. Придерживаясь идеи «исламского социализма», Бхутто осуществил национализацию всех частных банков, учебных заведений, страховых компаний и предприятий тяжелой индустрии. Аграрная реформа привела к передаче безземельным арендаторам заметной доли обрабатываемых площадей. Была повышена зарплата занятых в промышленности, военнослужащих и чиновников. Крупные средства были направлены на улучшение условий жизни в сельской местности. Все эти мероприятия на фоне четырехкратного роста цен на импортную нефть, сопровождались удвоением в 1972–1976 цен на потребительские товары на внутреннем рынке, что снизило популярность Бхутто в городах. Бхутто с трудом взаимодействовал с руководимой Вали-ханом Народной национальной партией (ННП) и партией Джамиат-и улама-и ислам, которые в 1972 сформировали кабинеты министров соответственно в Северо-3ападной Пограничной провинции и Белуджистане. В феврале 1973 Бхутто отправил эти правительства в отставку, запретил ННП и арестовал ее лидеров.