Многолетняя и целенаправленная работа с историческими источниками и исторической литературой превратила Ломоносова к 1749 г. в высокопрофессионального историка. Об уровне квалификации Ломоносова в этой области знаний свидетельствует его отношение к источникам, и этот уровень диктовался как предыдущими занятиями историей, так и всем кругом научных интересов Ломоносова, в котором он показал себя уже выдающимся ученым, в совершенстве владеющим методами научного познания. Это сразу же позволило ему увидеть односторонность принципа отбора Миллером источников, этого прямого пути к ошибкам. Вопрос об источниковой базе оппонента Ломоносов, что характеризует его профессионализм, поднял в самом первом пункте своего первого отзыва на диссертацию, указав, что Миллер использовал только иностранные памятники, совершенно игнорируя русские и маскируя свою тенденциозность утверждением, "будто бы в России скудно было известиями о древних приключениях". Вместе с тем заметив, что Миллер выборочно пользуется свидетельствами иностранных авторов, произвольно объявляя их либо достоверными, либо недостоверными, при этом отдавая предпочтение "готическим басням".
Миллер, хотя и пишет в диссертации, что у датчан и норвежцев древняя история "наполнена баснями и написана больше для своей похвалы", но тут же жестко задает цель своего сочинения: что из их истории "объявлю, чем показать можно, что скандинавы всегда старались наипаче о приобретении себе славы российскими походами". Тенденциозный подбор Миллером источников, был виден, кстати, не только Ломоносову. На абсолютизацию свидетельств северных авторов Миллеру указывал и Ф.Г. Штрубе де Пирмонт. И во многом справедливы слова Ломоносова, что "опустить историю скандинавов в России" надо потому, что она "состоит из нелепых сказок о богатырях и колдуньях, наподобие наших народных рассказов вроде сказки о Бове-королевиче". Уровень доказательств Миллера и запрограммированность самой речи полно характеризует его реакция на упоминание Ломоносовым Бовы-королевича, известного героя русской волшебной богатырской повести: "Не помню, чтобы я когда-нибудь слышал рассказ о королевиче Бове; на основании имени подозреваю, что он, пожалуй, согласуется с северными рассказами о Бове, брате Бальтера… если бы это было так, то он еще больше иллюстрировал бы связь между обоими народами". Н. Сазонов, высоко чтя заслуги ученого перед российской исторической наукой, в данном случае не мог не заметить, что "это уже превосходит всякую меру".
Правоту Ломоносова, отдававшего, по сравнению с Миллером, приоритет летописям перед скандинавскими сагами, подтвердили именитые норманисты. Так, Шлецер, выделяя ПВЛ из числа средневековых памятников, отмечал, что она превосходна "в сравнении с беспрестанной глупостью" саг, называл последние "бреднями исландских старух", которые необходимо выбросить из русской истории, сожалел о том, что Байер "слишком много верил" им. Карамзин противопоставлял саги — "сказки, весьма недостоверные" летописям, достойным "уважения", заметив в отношении Миллера, что он в своей речи "с важностью повторил сказки" Саксона Грамматика о России. Со временем Миллер поменял свой взгляд на летописи. И если в 1755 г. он, рассуждая о ПВЛ, указывал, что подобной летописи другие славянские народы не имеют, то в 1760—1761 гг. уже подчеркивал, что летописи представляют собой "собрание российской истории, толь совершенное, что никакой народ подобным сокровищем, толь много лет в непрерывном продолжении включительным, хвалиться не может". Значительно сдержаннее он стал и в оценке саг, говоря, что в них находится "много бесполезного, гнусного и баснословного, а особливо что нельзя оттуда выбрать никакого согласного леточисления".
Ломоносов заключал, что "иностранные писатели ненадежны" при изучении истории России, т.к. имеют "грубые погрешности". Миллер усвоил и эту часть урока по источниковедению, который ему преподал оппонент, говоря в 1755 г., что если пользоваться только иностранными авторами, то "трудно в том изобрести самую истину, ежели притом" не работать с летописями и хронографами. Позже он добавил, что иностранцы не долго были в России, большинство из них не знало русского языка, и "то они слышали много несправедливо, худо разумели, и неисправно рассуждали". Но лучше по этой теме сказал Шлецер. Характеризуя работу профессора Г.С. Трейера "Введение в Московскую историю" (1720), излагающую ее с Ивана Грозного и лишь на основе записок иностранцев, он был весьма немногословен: "Слепца водили слепцы". Вместе с тем Ломоносов не абсолютизировал показания отечественных памятников, в то же время предостерегая от отказа от них лишь на том основании, что "в наших летописях не без вымыслов меж правдою, как то у всех древних народов история сперва баснословна, однако правды с баснями вместе выбрасывать не должно, утверждаясь только на одних догадках". Под влиянием Ломоносова Миллер кардинально поменял свое отношение к исследованиям зарубежных историков, касавшихся варяжского вопроса, став относиться к ним критически. Так, в ходе дискуссии он советовал Ломоносову почитать шведа О. Далина, полагая, что тот развеет все их сомнения в норманстве варягов. Но уже в 1761 г. Миллер сказал о неправоте Далина, "когда немалую часть российской истории внес в шведскую свою историю", а в 1773 г. прямо назвал все его разглагольствования "вымыслами". Надлежит добавить, что Шлецер, говоря о "смешных глупостях" писавших о России иностранных ученых, в качестве примера назвал "Далинов роман о Голмгордском царстве". А Карамзин охарактеризовал выводы шведского историка "нелепостями" и "баснословием".
В разговоре об исторических трудах Ломоносова обычно указывают, как он ошибался, полагая, например, пруссов славянами. Но подобными заблуждениями полна, в силу своего младенческого состояния, тогдашняя историография, и их куда значительно больше у немецких историков. Так, Байер производил Москву от "Моского", т.е. мужского монастыря, "Псков от псов, город псовый", на Кавказе обнаружил народ "дагистанцы", а в "Казахии" "древнейшее казацкого народа поселения упомянутие", уверял, что в Сибири живет народ чудь, а "чудь иное есть, как не самое имя скиф", что до Владимира Святославича на Руси не было письменности. В.Н. Татищев, указав на эти ошибки Байера, их причину видел в том, что "ему руского языка, следственно руской истории, недоставало", т.к. он не читал летописи, "а что ему переводили, то неполно и неправо", поэтому, "хотя в древностях иностранных весьма был сведом, но в русских много погрешал". Шлецер говорил, что Байер, не зная русского языка, "зависел всегда от неискусных переводчиков и наделал важные ошибки", и что у него "нечему учиться российской истории". И Ломоносов нисколько не преувеличивал, когда вел речь о "превеликих и смешных погрешностях" Байера, следующего "своей фантазии".
И Шлецер заблуждался, считая "емь ижорцами" (на что обратил внимание Н.М. Карамзин). Более того, с его именем связаны принципиальные ошибки, дорого обошедшиеся науке (в ряде случаев она и сейчас все продолжает платить по их счетам). Он, например, категорично отрицал существование летописей до Нестора, хотя знал как мнение В.Н. Татищева и И.Н. Болтина, что "были прежде Нестора летописцы, но писания их от времени утратилися", так и работу Г.Ф. Миллера, в которой тот вслед за Татищевым утверждал, что "Нестор уже застал письменные известия, по которым сочинил он свою летопись". Шлецер также привнес в науку тезис о совершенно низком уровне развития восточных славян, а несогласных с тем резко обрывал. Так, вывод немецкого экономиста А.К. Шторха, что до Рюрика у восточных славян существовала торговля, назвал "ненаучным" и "уродливым". К.Н. Бестужев-Рюмин констатировал, что Шлецер "внес большую смуту в умы", ибо смотрел на славян как на "американских дикарей", которым скандинавы "принесли веру, законы, гражданственность". В угоду норманизму Шлецер пошел на отрицание подмеченного Байером факта, что россы были в Восточной Европе прежде Рюрика. Он же навязывал науке мнение, что русская история начинается лишь "от пришествия Рюрика" и основания русского "царства", в чем Л.В. Черепнин увидел сильное отставание "от исторической науки своего времени". В целом же, как заключал В.О. Ключевский, Шлецер "не был достаточно подготовлен к научному изучению истории России", а в "Несторе" "собственно, не двинулся ни на шаг вперед сравнительно с самим Нестором в понимании фактов". Советский историк А.А. Зимин констатировал, что "как историк Древней Руси, Шлецер намного слабее", чем критик текста летописи. Впрочем, лучше всего сказал сам Шлецер, признавшись, "что для серьезных читателей, а тем более для ученых историков-критиков он не способен написать связной русской истории", хотя и ставил перед собой такую цель.
Но более всего скептически отзываются историки об исходном уровне знаний Миллера. Так, Шлецер говорил, что дискуссия надолго отбила у Миллера охоту к русской истории, "для занятия которою у него без того не доставало знания классических литератур и искусной критики". П.Н. Милюков отмечал отсутствие у Миллера "строгой школы и серьезной ученой подготовки". А.Л. Шапиро указывал, что Миллер, "не окончив курс университетских наук, и к историографическим штудиям прибился случайно". Сам Миллер был очень скромен в оценке своих возможностей. Направляясь в Россию, пределом его мечтаний была только служебная карьера: "Я более прилежал к сведениям, требуемым от библиотекаря, рассчитывая сделаться зятем Шумахера и наследником его должности". И лишь когда эти планы не сбылись, он "счел нужным проложить другой, ученый, путь". Этот путь Миллер в конечном итоге пройдет и пройдет с честью. Но он давался ему неимоверно сложно, ибо изучение русской истории Миллер начинал с абсолютного нуля, и этот процесс долгое время отягощался незнанием русского языка, а тем паче языка летописей, что закрывало доступ к самым важным источникам.