Для формирования отрывного обтекания необходимо было изменить форму лопастей, повысить число оборотов и уменьшить значение дискового отношения площадей винта. В июне 1939г. Академия наук заключила договор с Гидромашинной лабораторией Ленинградского индустриального института, имевшего стенд, позволявший доводить частоту вращения винтов до 30000об/мин для проведения модельных испытаний. Одновременно были организованы натурные испытания на Московском глиссерном заводе на катере НКЛ-27 с двухлопастным винтом, имевшим узкие лопасти авиационного профиля. Было выявлено три характерных участка кривой зависимости величины упора от числа оборотов.
На начальном участке действовал закон квадратичного возрастания (нормальная работа винта с частичной кавитацией), на среднем участке - слабой зависимости упора от числа оборотов (отрицательное влияние кавитации) и, наконец, на последнем участке происходило опять возрастание упора (отрывное обтекание). Таким образом, появилась перспектива для создания суперкавитирующих винтов, автором которых был академик В.Л.Поздюнин. Суперкавитирующие гребные винты при больших скоростях кораблей и катеров имеют преимущества перед обычными винтами, при малых - уступают им по коэффициенту полезного действия.
Будущее скоростных судов В.Л. Поздюнин видел в использовании эффекта глиссирования. Центральной задачей в переходе на режим глиссирования В.Л. Поздюнин считал всемерное уменьшение веса корпуса и веса механизмов. Уменьшение веса корпуса могло быть достигнуто за счет уменьшения длины судна, применения облегченных металлических конструкций и совершенствования расчетов на прочность с использованием методов строительной механики.
В 30-40-х годах большое внимание ученых-энергетиков сосредотачивалось на проектировании паровых турбин, как основных двигателей кораблей Большого флота. Создатель школы отечественного корабельного паротурбостроения - М.И.Яновский, возглавлявший кафедру “Паровых турбин” в Военно-морской академии. Он первым из инженер-механиков флота стал членом-корреспондентом АН СССР. К наиболее важным работам ученого относятся “Морские паровые турбины” (1925), “Колебание турбинных дисков” (1933), “Судовые конденсационные установки” (1935), “Турбины высокого давления” (1938). За капитальный труд “Конструирование и расчет судовых паровых турбин” М.И.Яновский был удостоен Государственной премии.
Наиболее крупным специалистом в области судовых двигателей внутреннего сгорания был профессор Ленинградского кораблестроительного института В.А. Ваншейдт.
В связи с проблемой энергетических установок для новых торпед лаборатория № 2 Энергетического института АН СССР проводила исследования по сжиганию металлического топлива и комбинированного сжигания жидкого и металлического топлива. На одном из заводов была организована Лаборатория АН СССР для проведения работ по программе, утвержденной вице-президентом АН СССР Е.А.Чудаковым и заместителем Наркома судостроительной промышленности А.М.Редькиным. Научным консультантом являлся член-корреспондент АН СССР А.С.Предводителев. Благодаря такому взаимодействию была быстро изготовлена действующая модель парогенератора. По заданию Энергетического института ЦКБ-17 разработало технический проект парогенератора для бесследной торпеды, работающей на использовании энергии горения магния в кислороде. В дальнейшем эта схема не была принята в производство, но оперативная совместная работа ученых и конструкторов поучительна.
Если в первой половине 30-х годов взаимодействие между Академией наук и флотом осуществлялось на уровне отдельных ученых, то в предвоенные годы начинают возникать новые формы взаимодействия академической и отраслевой науки в виде совместного тесного сотрудничества лабораторий академических институтов с отраслевыми научно-исследовательскими и конструкторскими организациями.
С началом Великой Отечественной войны возникло много оперативных дел, которые вынудили значительно сократить на время не только научно-исследовательские работы, но и опытно-конструкторские разработки. Тем не менее, академическая и отраслевая наука продолжала обеспечивать запросы флота. При этом учитывался опыт войны. Сотрудники эвакуированного из Ленинграда в Казань ЦНИИ-45 смогли разработать методику расчета собственных колебаний палубных перекрытий, методику расчета тонких цилиндрических оболочек, проект механической установки малого хода для большого охотника проекта 122А. Были получены несколько образцов красок с пониженной горючестью, а также типовые конструкции изоляции из альфоля.
В Казани находились 33 академических учреждения, 39 академиков, в том числе и А.Н. Крылов, а также 44 члена-корреспондента АН СССР. Однако для их плодотворной деятельности не было необходимой экспериментальной базы. Тем не менее, проводились конкретные работы по повышению надежности пароперегревателей котлов, прочности лопаток турбин, по борьбе с демаскирующими свойствами работающих дизелей подлодок. Благодаря ЦНИИ-45 устранено “пение” винтов на подводных лодках типа “М” серии ХП, также демаскировавших лодку. В связи с поступлением по ленд-лизу и в качестве трофеев кораблей иностранной постройки институт изучал конструктивные особенности этих кораблей. Кроме ЦНИИ-45, которому в 1944 г. присвоено имя академика А.Н. Крылова, Наркомат судостроительной промышленности имел: научные учреждения по морскому приборостроению - НИИ-10 (Москва) и НИИ-49 (Ленинград), по корабельной броне - НИИ-48 (Колпино). В войну НИИ-48 передан в танковую промышленность.
В Военно-Морском Флоте, после передачи НИВКа в промышленность, его функции частично перешли к Научно-техническому комитету (НТК). Центральный научно-исследовательский институт военного кораблестроения ВМФ был восстановлен в декабре 1945 г. Разработкой минного, торпедного и трального вооружения занимался Научно-исследовательский минно-торпедный институт (НИМТИ) ВМФ. В развитии вооружения и корабельных технических средств и боевого использования видную роль играли Военно-морская академия. Высшее военно-морское училище им. М.В. Фрунзе (бывший Морской корпус). Высшее военно-морское инженерное училище им. Ф.Э. Дзержинского (ВВМИУ). В этих военно-учебных заведениях преподавали известные ученые, опытные специалисты флота, проводились важные научно-исследовательские работы в интересах развития флота. Из стен ВВМИУ им. Ф.Э.Дзержинского вышли Н.С.Соломенко, И.Д.Спасский, А.А.Саркисов, впоследствии ставшие академиками РАН, Б.В.Замышляев, М.Н.Бабушкин - членами-корреспондентами РАН.
В апреле 1942 г. Президиум АН СССР создал комиссию по научно-техническим военно-морским вопросам под председательством А.Ф.Иоффе. Ученым секретарем назначен И.В.Курчатов, членами комиссии - А.Н.Крылов, А.П.Александров, В.Л.Поздюнин, Е.А.Калашников. При Президиуме существовал отдел специальных работ. Под руководством его начальника М.П.Евдокимова проходили работы по военной тематике. Проблемы броневой защиты входили в задачу лаборатории №3 ЛФТИ, в работе которой принимал участие академик А.Ф.Иоффе.
Разработка акустических тралов была возложена на Физический институт АН СССР (ФИАН), которая велась под руководством Н.Н.Андреева. В группу входили Л.Д.Розенберг, Л.М.Бреховских, Б.Д.Тартаковский, В.Г.Жаринов.
Профессор С.М.Рытов из ФИАНа участвовал в создании радионавигационной системы “Координатор”, с помощью которой более эффективно, с высокой точностью можно было выполнять траление и гидрографические работы. Систему создали на основе радиоинтерференционного метода измерения расстояний, предложенного академиками Л.И. Мандельштамом и Н.Д.Папалекси.
ВМФ высоко оценил работу А.П. Андреева и Б.В. Курчатова под руководством А.Ф.Иоффе “Применение на флоте светосоставов, светящихся под воздействием инфракрасных лучей”.
В Институте автоматики и телемеханики АН СССР велись исследования по неконтактным взрывателям для мин и торпед. Ими руководил Б.С.Сотсков (впоследствии член-корреспондент АН СССР). При участии НИМТИ и НИИ-400 был создан неконтактный взрыватель НИВ-5 для торпед.
Известен вклад Математического института АН СССР в развитие теорий вероятностей. Академик А.Н.Колмогоров не только консультировал флотских артиллеристов, но и стал соавтором одного из способов стрельбы корабельной артиллерией по воздушным целям.
Под руководством академика С.И.Вавилова в ФИАНе и ГОИ были улучшены характеристики дальномеров надводных кораблей и перископы подводных лодок, разработаны методы светомаскировки кораблей. В войну освоена подводная сварка. В этом была заслуга лаборатории Московского института инженеров транспорта, которую возглавлял К.К.Хренов (впоследствии член-корреспондент АН СССР). Работа выполнялась по заказу Аварийно-спасательного управления ВМФ.
К флотской тематике привлекались и филиалы АН СССР. Так, старший научный сотрудник Уральского филиала П.А.Халилеев разработал магнитометр для поиска затонувших судов. Прибор и его использование усовершенствованы сотрудником НИИ-49 И.Г.Монгейтом и специалистами флота П.Г.Брызжевым и В.А.Покладом. Морской магнитный металлоискатель нашел применение на флоте.
В целом война подтвердила необходимость и эффективность взаимодействия науки и флота, что положительно сказалось на развитии военного кораблестроения, морского оружия, корабельной техники и методов их использования. С учетом опыта войны продолжалось строительство кораблей по доработанным проектам: крейсеров - 68-бис, эсминцев - 30-бис и сторожевых кораблей - 29-бис.