Таким образом, уже в III веке складывались межпровинциальные территориальные церковные единицы, во главе которых стояли епископы наиболее значительных городов Римской империи.
В начале IV века на вселенском Никейском соборе (6-й канон) и поместном Анкирском (18-й канон) соборах о епархиально-митропольной системе говорится как о чём-то давно существующем. Посленикейский Антиохийский собор уже детально разрабатывает нормы, регулирующие отношения между главами епархий и митрополий.
Центральным идеологическим конфликтом IV века стали споры о концепции троицы — определяющем догмате христианского вероучения, которые наложили отпечаток на последующее развитие средневековой теологии и философии. Пресвитер александрийской церкви Арий (256-336 гг.), обнародовал доктрину, возбуждавшую сомнения относительно рациональности догмата троичности Бога. Он утверждал, что не все лица троицы равны, ибо Бог-Отец предшествовал Сыну, которого таким образом, следует считать не единосущным первому лицу троицы, а рождённым, и, следовательно, только подобосущным. Арий не был первым из тех, кто усомнился в догмате троичности и как-то хотел его рационализировать. Во втором веке это пытался сделать Праксей, считавший, что Бог-Отец разделяет страдания Сына, несёт вместе с ним крёстную муку.
В теологически споры вмешался император Константин, созвавший в 325 году собор в Никее, который достаточно решительно, хотя и неокончательно, осудил арианство. Из более чем трёхсот участников собора только семь представляли западные епископаты. Это объясняется тем, что борьба с арианством в то время ещё не была актуальна для Запада. Этот вопрос встанет перед западной церковью во время варварских вторжений конца V века и образования на территории империи варварских королевств. В IV веке она более озабочена нарастанием донатизма в Северной Африке, который сливался с движениями циркумцеллионов и агоностов, давшими в религиозной форме выход социальному протесту масс. Донатисты, выступавшие против союза церкви с государством и ратовавшие за евангельскую чистоту духовенства, представляли большую опасность для централизаторских устремлений церкви. Движение возникло в христианских общинах Северной Африки в начале IV века в период гонений Диоклитиана, когда руководство церкви начало переориентацию на союз с государством, терпимо относилось к отступникам от веры во время гонений. В противовес этому донатисты возражали раннехристианский культ мучеников, требовали чистоты церкви, святости всех её членов, перекрещивания отступников. Донатисты сформировали свою иерархию, вторым епископом у них был Донат, отсюда и название движения. Около 345 года донатисты объединились с циркумцеллионами и агоностиками, и движение приобрело яркую социальную окраску — его сторонники грабили и убивали богатых, духовенство, освобождали рабов. Императорская власть долгое время вела борьбу с донатистами, которые, однако, не шли на компромиссы. Главным идейным оппонентом донатистов стал Аврелий Августин, доказывавший спасающую силу церкви вне зависимости от святости и даже личной веры и нравственных качеств её членов, в том числе духовенства (16). Отголоски донатизма, однако, сохранились до VII века. О них упоминал Исидор Севильский (История готов. 8, 5:51).
После осуждения на Никейском соборе арианские епископы и священники были высланы в дунайские провинции, где в это время происходило активное передвижение варварских племён. Христианским наставником готов стал арианский епископ Ульфила, составивший, опираясь на греческую письменность, алфавит готского языка. Ульфила перевёл на язык готов Библию, опустив, однако, Книги Царств: он опасался дурного воздействия описания ратных подвигов библейских персонажей на воинственных готов. До нас дошли лишь фрагменты перевода Ульфилы. Результатом миссионерской деятельности ссыльных ариан стало то, что многие варварские племена приняли христианство в еретическом варианте.
Религиозные конфликты IV века были связаны и с организационными вопросами. В связи с укреплением иерархической структуры церкви и выработкой канонического права неоднократно вставала проблема соотношения римской и константинопольской кафедр. Хотя на нескольких соборах формально подтверждалось первенство Рима, по существу восточная и западная церковь всё больше тяготели к самостоятельности. Впервые западный епископат отделился от восточного, признав главенство Рима, на соборе в Сердике в 353 году. Константинопольский собор (381 год) предоставил константинопольскому патриарху вслед за римским преимущества перед другими епископами.
Религиозная борьба V века велась вокруг споров о природе Христа. Основатель монофизитства Константинопольский архимандрит Евтихий учил, что Христу присуща одна природа — божественная, а не две — божественная и человеческая, как утверждали представители ортодоксальной ортодоксии. Западная церковь держалась несколько в стороне от христологических споров, пыталась как-то примирить борющиеся стороны и вместе с тем использовать разбушевавшиеся страсти для укрепления авторитета Рима в вопросах веры. В 448 году римский епископ Лев 1 опубликовал трактат, в котором выразил ортодоксальный взгляд на природу Христа, подчеркнув, что в нём свойства каждого естества и субстанций сохранялись полностью и объединились, чтобы создать одно лицо.
Папа Лев I получил 12 мая приглашение на собор в Эфесе. В это время гунны под предводительством Аттилы стояли у стен Рима, грозя уничтожить город, и папа остался в Риме, отправив на собор легатов с письмами. Собор в Эфесе, который из-за скандального характера его заседаний получил название «разбойничьего», не только не пожелал посчитаться с мнением римского епископа, но даже не потрудился ознакомиться с его посланием. Евтихий был оправдан собором. Однако его торжество было недолгим. Через два года в Халкидоне положения Льва I были подтверждены. Христос был признан единственно рождённым, единым в двухестествах «без смешения, без изменения, без разделения, без разобщения». Однако наряду с богословской победой Лев 1 потерпел крупнейшее организационное поражение. Собор в Халкидоне по существу подтвердил обособление церквей: константинопольская кафедра не только признавалась верховной по отношению ко всем восточным, но и равной кафедре в Риме. Стало очевидным, что раскол между восточной и западной церквями углубляется всё больше. От Халкидона путь практически однозначно вёл к схизме и великому разделению церквей.
Значение христологических споров IV-V столетий не сводится исключительно к богословскому содержанию. Это с большой очевидностью проявилось в оппозиции Пелагия, британского монаха, появившегося в конце IV века в Риме, где он основал свою школу. Пелагианство возникло в значительной мере под влиянием античного мировоззрения. Пелагий быстро стал популярным среди образованных аристократов, у которых христианство уживалось с уважением к классическим традициям. Пафос проповедей Пелагия заключался в том, что «всё хорошее и всё злое, за что мы достойны или порицания, совершается нами, а не рождается с нами. Мы рождаемся не в полном нашем развитии, но со способностью к добру или злу; при рождении в нас нет ни добродетели, ни греха, и до начала деятельности нашей личной воли в человеке нет ничего, кроме того, что вложил в него Бог…» Пелагий отстаивал свободу воли и значимость человеческого выбора: над людьми не тяготеет бремя первородного греха, первородный грех не до конца извратил положительные качества человека, следовательно, человек сам может избрать свой жизненный путь. Пелагианство, таким образом, преуменьшает значение благодати и личной веры для спасения.
Борьба с пелагианством продолжалась более тридцати лет. Особую роль сыграл в этой борьбе Августин Аврелий, который понял, что доктрина британца ослабляла узы человека с церковью. История борьбы Августина против пелагианской ереси показательна ещё в одном аспекте. Августин, как и другие деятели в церкви этой эпохи, никогда не был только теологом, теоретиком. Он был ещё и активно действующим политиком, умевшим использовать влияние теологии на политику и общество в целом. Своей бурной критикой учения Пелагия он подготовил удар, который нанесло государство этой ереси. В 416 году собор африканских епископов в Карфагене осудил Пелагия и заставил западного императора Гонория отлучить его от своего двора в Равенне. В 431 году Эфесский собор санкционировал анафему Пелагию. Спор о свободе воли и благодати был решён в пользу последней, ибо в последнем случае спасающая роль церкви утратила бы своё значение.
Ещё в IV веке церковь на Западе латинизируется литургия, принимая формы, отличные от восточных; появляется латинская богослужебная литература, происходит консолидация клира, укрепляется власть римского епископа, определявшаяся и престижем великого города и традицией, считавшей римскую кафедру апостольским престолом.
Римская церковь развивалась в обстановке экономического упадка, крайней политической нестабильности, социальной разобщённости общества, под угрозой варварских нашествий, которые с конца IV века превратились в устрашающую реальность. При калейдоскопической смене императоров, бесконечной борьбе в среде правящей аристократии, церковь, выраставшая в централизованную, жёстко структуированную иерархическую организацию, становилась по существу единственно реальной не только идеологической, но и политической силой, пытавшейся сдерживать центробежные тенденции, разрушавшие римское общество. Не случайно вопросы практической экономии, организации монастырских и епископальных хозяйств, устройства городской жизни и муниципального управления, решения проблем войны и мира волновали западных епископов и священников ничуть не меньше, чем борьба с ересями и моральные наставления пастве. Западное христианство в целом меньше, чем восточное, тяготело к теологическому теоретизированию.