Тогда царь Василий решился на новую меру, которая должна была, по его мнению, прекратить все толки о том, что истинный Димитрий жив. Уже несколько лет гроб с останками царевича в Угличе привлекал благочестивых людей, которые получали от него исцеления. Царь, посоветовавшись с патриархом Гермогеном, решил перенести мощи царевича в Москву. За ними в Углич был послан митрополит Ростовский Филарет. Во всех городах св. мощи встречали с великим благоговением. В Москве они были поставлены в Архангельском соборе, где покоятся и поныне.
В ту пору шайки Болотникова подошли к самой Москве; город, по словам современников, был «в великом утеснении». Но в Москве в это время некий благочестивый муж обнародовал послание о том, что он в Успенской церкви видел Божию Матерь, умолявшую Спасителя пощадить Москву, если москвичи покаются. Жители наложили на себя строгий пост с 12 по 19 октября, и, действительно, вскоре явилась помощь из Смоленска и с севера. Болотников должен был бежать в Тулу, где его осадили царские войска. Благодаря военному искусству Михаила Скопина-Шуйского, двоюродного племянника царя, Тула была взята, Болотников был отправлен в ссылку, где его утопили, а воры, бывшие с ним, или казнены, или разогнаны.
Казалось, государство могло теперь отдохнуть и успокоиться. Но освободились от одного врага — явился новый. В той же Северской Украине, в городе Стародубе какой-то человек объявил себя спасшимся от смерти царем Димитрием. Этот второй Самозванец был уже такой явный обманщик, что почти никто ему не поверил; однако многие к нему пристали или по ненависти к Шуйскому, или из желания погулять вволю и поживиться на чужой счет среди всеобщего развала.
Ополчения нового Самозванца, которого попросту стали называть Вором, быстро росли по мере приближения их к Москве. Однако взять Москву ему не удалось, но и царю Василию не было возможности разбить Самозванца, который стал укрепленным лагерем в селе Тушине, всего в 12 верстах к северо-западу от Москвы. Вскоре в Тушино к нему явилась значительная помощь: пришел из Литвы знатный пан Ян Сапега с 7 000 поляков и казаков. Он привез и Марину с отцом ее: их Шуйский отправил на родину с другими поляками, но они попались в руки казаков, сторонников Вора. Марина забыла свою польскую гордость и согласилась признать безвестного бродягу своим мужем. Спустя некоторое время у Марины родился сын, которого по отцу стали называть Воренком.
Многие города, лежавшие к северу от Москвы, не имея сил сопротивляться Самозванцу, стали принимать воевод и начальников от него. В самой Москве нашлись князья и бояре, которые отъезжали в Тушино, признавали Вора своим государем, а затем, побыв там и получив поместья или деньги, опять возвращались в Москву к царю Василию, били ему челом, говорили, что отстали от измены. Таких людей в Москве стали называть в насмешку «перелетами».
Войска Тушинского Вора все росли, все новые и новые отряды поляков, казаков и русских изменников прибывали в Тушинский стан. Прежде всего тушинцы решили захватить Троице-Сергиев монастырь, который стоял на дороге из Москвы в северные города, и в конце сентября 1608 года 30 000 воров, казаков и поляков под начальством Яна Сапеги и Лисовского подошли к стенам монастыря. Началась знаменитая осада святой обители. В ней было только несколько сот человек воинов под начальством воевод князя Долгорукова и Голо-хвастова; но почти все иноки и крестьяне, сбежавшиеся из окрестных сел в монастырь, вооружились. Своим многочисленным врагам эта горсть осажденных противопоставила только свое мужество и надежду на Преподобного Сергия. Сапега поклялся, что не отойдет от обители, пока ее не возьмет; но все его усилия оказались напрасны.
Еще при начале осады архимандрит Иоасаф привел к присяге у раки Преподобного всех защитников. Первые десять дней октября прошли в непрерывном обстреливании стен и укреплений монастыря, а в ночь на 14 октября полупьяные войска Сапеги бросились на приступ, но были быстро отбиты; еще несколько раз делал Сапега ночные приступы, но, наконец, видя их полную бесполезность, принужден был прекратить нападения. Тогда осажденные, в свою очередь, начали делать вылазки и захватили несколько пленных, которые рассказали, что под стены обители ведется подкоп, но где — никто долгое время не знал. Можно себе представить, в каком состоянии находились иноки и защитники обители: они должны были каждую минуту ожидать, что взлетят на воздух!.. Однако они не теряли присутствия духа и с большим старанием делали вылазки. Наконец, удалось найти подкоп, в который уже были внесены бочки с порохом. Два смельчака-крестьянина — Шилов и Слата — уничтожили подкоп, взорвав порох, и сами при этом погибли; но своей геройской смертью они избавили монастырь от страшной опасности.
Зимой Сапеге пришлось изменить способ борьбы: приступы были прекращены. Но зато началось самое тесное обложение: даже выходить за дровами из монастыря в соседний лес приходилось со страшной опасностью — почти всегда при возвращении кого-нибудь недосчитывались. Вскоре к недостатку дров прибавились болезни и сильная смертность: хоронили иногда до тридцати человек в день. Но не ослабевал дух славных защитников обители, хотя помощи они не получали ниоткуда, если не считать 60 казаков, верных царю, которых прислал он в феврале 1609 года.
Весной совершенно истощенные осадой воины и иноки должны были отбивать новые яростные приступы Сапеги и Лисовского. Силы защитников Сергиевой обители были ничтожны: способных выйти в бой было человек 200. Но они знали, что желанная помощь уже близка: 12 января 1610 года, узнав о приближении войска князя Скопина-Шуйского, Сапега снял осаду, а вскоре и сам молодой витязь прибыл в монастырь и был торжественно встречен братией. Так кончилась 16-месячная осада Троицкой обители, показавшей пример всем русским людям, как надо защищать свою веру и Родину.
Между тем царь Василий, еще за год перед этим, ищет везде помощи и, наконец, не видя ничего лучшего, решает обратиться к шведскому королю — недругу поляков, который с неудовольствием и беспокойством смотрел на успехи их в России. Для переговоров со шведами был послан племянник царский князь Михаил Скопин-Шуйский, которому после долгих усилий удалось нанять на службу России шведского полководца Делагарди и 5 000 человек прекрасно вооруженного шведского войска. Москва обязывалась щедро платить шведским солдатам и отдать еще шведам город Корелу с уездом (ныне г. Кексгольм Выборгской губернии). Вместе со шведами и русскими верными войсками молодой полководец под Калязином, у стен Макарьевского монастыря, встретил главные силы тушинцев и поляков и нанес им жестокое поражение. После этого многие северные и поволжские города, присягнувшие Вору, стали от него отпадать. В северном, особенно крестьянском, населении со всей силой сказалась его всегдашняя любовь к вере православной и законному царю. Оно увеличило ряды войска, шедшего на выручку Москвы. Скопин-Шуйский, сделавшийся благодаря своим победам сразу народным любимцем, освободив от осады Троицкую обитель, двинулся на помощь к Москве, желая уничтожить Вора в Тушине. Но когда прославленный победами герой в январе 1610 года подошел к Тушину, то там уже никого не было. Тушинский лагерь незадолго перед тем распался. Произошло это вследствие вмешательства в русскую смуту польского короля Сигизмунда. Уже с первым Самозванцем явилось немало поляков; второго Самозванца поляки окружают в гораздо большем числе. По всему государству разлетелось много этих хищников, которые под предлогом «стояния за царя Димитрия» грабили и били русских людей. Видя теперь, что Русское государство уже достаточно разорено и не сможет оказать большого сопротивления, Сигизмунд, придравшись к союзу царя Василия со шведами, объявил ему войну и осадил Смоленск. На предложение сдаться воевода Шеин со всеми воинами и горожанами ответил королю, что «они за истинную православную веру и Божьи церкви и государя своего царя Василия решили все помереть, а литовскому королю и панам его отнюдь не поклониться». Королю пришлось после этого начать упорную осаду Смоленска. Войска, пришедшего с Сигизмундом, было, однако, мало, поэтому король приказывает всем полякам, сражающимся за Вора, идти к нему под Смоленск. Большая часть польских отрядов оставила Тушино, перед уходом зажегши все его здания. Сам Вор Тушинский незадолго перед тем, видя, как пренебрежительно относятся к нему поляки, бежал с казаками в Калугу. Часть русских его сторонников вернулась в Москву к царю Василию. С ними вместе возвратился и метрополит Ростовский Филарет, которого воры захватили в Ростове и насильно задерживали в своем лагере.
Но не все сторонники Вора ушли в Москву. Часть их во главе с Михаилом Салтыковым и Федором Андроновым уехала вместе с поляками в лагерь к Сигизмунду. Здесь эти изменники предложили королю посадить на Русский престол его сына Владислава, причем они даже не требовали от королевича принятия православия.
Вот почему когда князь Скопин-Шуйский подходил к Москве, то уже никого не было в Тушине. 12 марта 1610 года молодой вождь вступил в Москву как ее желанный освободитель. На него народ смотрел, как на будущего царя, так как у Василия не было сыновей. Но многие знатные бояре, а особенно брат царя Димитрий, втайне завидовали герою и ненавидели его.
На крестинном пиру у князя Воротынского — кума Михаила — жена Димитрия Шуйского поднесла ему кубок с вином, в котором была, вероятно, отрава, так как через несколько минут славный воевода почувствовал себя дурно, был отвезен домой и, промучившись несколько дней, скончался. Горе народа было безутешно. По общей просьбе, безвременно погибшего витязя похоронили рядом с царями Московскими в Архангельском соборе, отпевал и хоронил его сам патриарх Гермоген. Горько все рыдали в соборе, плакал и царь Василий, как бы сознававший, что порвалась последняя нить, связывавшая его с народом. Как хорошо и долго помнят русские люди молодого князя-героя, видно из песни, до сих пор сохранившейся на севере об его смерти. В песне этой говорится, что «Скопин очистил царство Московское и великое государство Российское, за что и славу поют ему до веку».