Управление частями городовых казаков на территории Московского государства в XVI в. находилось в основном в ведении Стрелецкого приказа. В южных городах Стрелецкий приказ делил эту функцию с Разрядом, ведавшим поместными, беломестными, станичными и полковыми казаками, несшими службу "с детми боярскими". В XVII в. некоторая часть казаков находилась в ведении Казачьего приказа - в 1651 г. таковых насчитывалось 1381 человек. Именно эти казаки сохранили свою станичную организацию и выборных командиров (атаманов и есаулов). Служилые казаки находились также в ведении Новгородской чети, Казанского дворца, Сибирского приказа, некоторых других территориальных ведомств. Безусловно, столь сложная система управления казачьими войсками затрудняла общее руководство ими, однако позволяла более оперативно решать военные задачи, стоявшие перед тем или иным территориальным приказом.
Вышесказанное относится исключительно к служилым казакам, размещенным по городам. Сношениями с донскими и другими вольными казаками, официально не состоявшими на государственной службе, ведал Посольский приказ. Участвуя в войнах с врагами Московского государства, вольные казаки сохраняли известную самостоятельность и могли по разным причинам покинуть действующую армию, не считаясь с обстановкой на полях сражений. Это обстоятельство имело порой самые драматические последствия.