В этих условиях среди оставшихся в Москве служилых людей и казаков возникает движение, направленное против соборного руководства, отвергнувшего компромиссные варианты решения династического вопроса. Организационным центром движения стало московское подворье Троице-Сергиева монастыря, а его деятельным вдохновителем - келарь этой обители Авраамий Палицын, лицо весьма влиятельное среди ополченцев и москвичей. Упоминание о происходивших на монастырском подворье совещаниях сохранилось в одном из русских хронографов третьей редакции: "И приходили на подворье Троицкого монастыря х келарю старцу Авраамию Палицыну многие дворяне и дети боярские, и гости многие разных городов, и атаманы, и казаки и открывают ему совет свой и благоизволение, принесоша ж и писание о избрании царском". На них решено было провозгласить царем 16-летнего Михаила Федоровича Романова-Юрьева, сына плененного поляками ростовского митрополита Филарета, тесно связанного в прошлом и с антигодуновской оппозицией, и с "тушинцами".
К романовской партии примкнули многие бояре и приказные дельцы: кн. И.В. Голицын, И.Н. Романов, кн. Б.М. Лыков, кн. И.Б. Черкасский, Б.М. Салтыков, М.Г. Салтыков, думный дьяк С.З. Сыдавный-Васильев, дьяки И. Третьяков и Г. Мартемьянов. Сына ростовского митрополита поддержало высшее православное духовенство - Освященный собор. Против планов сторонников дома Романовых выступила сильная правительственная партия, влияния которой на развитие событий недооценивать нельзя. К ней принадлежали: кн. Д.Т. Трубецкой, кн. Д.М. Пожарский, кн. Ф.И. Мстиславский (в прошлом глава "Семибоярщины"), кня. И.С. Куракин (знаменитый воевода, но известный полонофил) и некоторые другие князья и бояре. Находившийся в Новгороде шведский полководец Я.П. Делагарди, внимательно и заинтересованно следивший за деятельностью Земского собора, отмечал драматический характер происходивших в русской столице событий, где вопрос царского избрания решался при деятельном участии народных масс - московских "простых людей" и казаков. В одном из посланных в Швецию донесений Делагарди писал, что они "князя Трубецкого и князя Пожарского в их домах осадили и принудили их согласиться на свое избрание великого князя".
О происходивших в те дни в Москве событиях говорится также в "Листе земских людей Новгорода Великого к королевичу Карлу Филиппу": "... Но мы можем признать, что в Московском государстве воры одолели добрых людей; мы также узнали, что в Московском государтве казаки без согласия бояр, воевод и дворян, и лучших людей всех чинов, своим воровством поставили государем Московского государства Михаила Романова".
На фоне этих драматических событий 21 февраля 1613 г. Земский избирательный собор, уступая энергичному нажиму снизу, провозгласил царем и великим князем Михаила Федоровича Романова-Юрьева, после освобождения Москвы от поляков проживавшего с матерью в Костромском Ипатьевском монастыре. Согласно сложившейся в Смутное время традиции, новому российскому государю пришлось согласиться с известным ограничением своих прав и привилегий, в том числе и в области военного дела: "ни войны, ни мира с соседями одному и по собственному усмотрению не предпринимать". Первый царь из дома Романовых обязался следовать традиционным формам управления государством: не вводить новых законов без согласия Боярской думы и Земского собора, охранять права русской православной церкви и не помнить "ни о какой частной вражде".
Новоизбранному московскому государю досталось тяжелое наследие десятилетней Смуты, войны и интервенции. У историков нет оснований сомневаться в значительном ослаблении верховной царской власти в первое десятилетие царствования Михаила Федоровича. Об этом прямо или косвенно свидетельствует целый ряд источников. Так, на основании дошедших до него слухов, Конрад Буссов в своей "Хронике" писал о царе следующее: "он не печется о правлении сам, а против их обычая, все представляет делать маршалу и другим вельможам". Эта несколько обобщающая характеристика первых лет правления нового царя может быть дополнена более конкретными примерами. Так, в грамоте 27 апреля 1613 г. из Троице-Сергиева монастыря, где царский поезд останавливался на пути из Костромы в Москву имя Михаила Федоровича, уже избранного на царский престол, писалося после имени митрополита Казанского и Свияжского Ефрема, что не способствовало укреплению авторитета нового государя и сакрализации царской власти. Другой пример был приведен в статье А.А. Семина, обратившего внимание на разгоревшийся в середине марта 1613 г. спор между Боярской думой и приближенными нового царя о праве пользования "государевой печатью", находившейся в Москве в руках думского правительства. Конфликт этот, закончившийся убедительной победой московских "бояр", свидетельствует о весьма действенном ограничении самодержавной (в более позднем толковании этого термина) царской власти условиями записи царя Михаила Федоровича, сходной в большинстве своих пунктов с аналогичными документами Смутного времени.
Возможно, этим объясняется и компромиссность политики молодого российского государя, правительство которого стремилось в первые годы его царствования привлечь к себе бывших участников земского освободительного движения, недавних "тушинцев", и даже тех, кто был в милости у Сигизмунда III и А. Гонсевского. Летописец подчеркивал, что "и московских боляр, и всяких чинов людей, которые сидели в Москве в осаде с литовскими людми и которые были в Литве у Короля и в Тушине, и в Колуге при воре лживом Дмитреи и тех государь всех для своего царского венца пожаловал наипаче свыше первого по их достоинству честию и пожитком. И совокупись вся земля русская ему государю служити". Ярким примером подобного использования в правительственной деятельности скомпрометировавших себя в Смутное время русских людей является возвращение к своим обязанностям думного дьяка И.Т. Грамотина, верой и правдой служившего польскому королю Сигизмунду III и в одной из грамот об избрании царем Михаила Романова прямо названного изменником. Спустя несколько месяцев он получает прощение, долгие годы затем возглавляя Посольский и Новгородский приказы.
О возросшем значении "бояр" в первые годы нового царствования свидетельствует важнейший документ той эпохи – "твержденная грамота об избрании на Московское государство Михаила Федоровича Романова". Анализ текста грамоты позволяет сделать вывод о том, что в 1613 г. по отношению к царской власти боярство (за редким исключением) выступило единым фронтом, чем и объясняется, например, умолчание составителей этого официального документа о сотрудничестве "Семибоярщины" с поляками, и наоборот, подчеркивание особой миссии боярства в избрании русским царем Михаила Федоровича Романова-Юрьева. В этой связи много вопросов вызывает замеченная А.А. Семиным подмена второго и третьего листов грамоты, осуществленная, по его предположению, сторонниками Романовых, чтобы скрыть истинную роль боярства и степень его участия в государственном управлении тех лет. Вполне допустимым является допущение, что изъятыми оказались и упоминания о том или ином ограничении некоторых царских прерогатив.
* * *
Разорение и упадок хозяйства, сложность социально-классовых противоречий, когда разбойничали и грабили даже служилые люди из земских полков, о чем сохранились точные документальные свидетельства, связанная с этим общая слабость политической системы вынуждали правительство избранного "всею землею" царя опираться на авторитет Земских соборов и сложившуюся практику местного губного и земского самоуправления, обращаться к выработанным в Смутное время формам организации взаимодействия правительственной власти и власти на местах. Эффективность подобного взаимодействия отчетливо проявилась во время Московского похода польского королевича Владислава (1617-1618 гг.), войску которого удалось прорваться к русской столицы. Во время этого нашествия снова были парализованы основные, подконтрольные правительству, механизмы управления страной. По городам вновь послали бояр и воевод "с товарыщи": в Ярославль – боярина и воеводу кн. И.Б. Черкасского, дьяка М. Данилова, стольника и воеводу кн. Г.В. Тюфякина; в Нижний Новгород боярина и воеводу кн. Б.М. Лыкова, второго воеводу И.А. Колтовского, стольника и воеводу кн. Ф.А. Елецкого, дьяка Д. Образцова. Они ссылались с местными властями и выборными людьми, собирая силы для организации отпора врагу.
Восстановление разрушенного в годы Смутного лихолетья государственного управления, несмотря на благоприятное разрешение в феврале 1613 г. династического вопроса, было затруднено продолжающейся интервенцией со стороны Польско-Литовского государства и Швеции. После освобождения Москвы и избрания на престол Михаила Федоровича последовала еще большая эскалация военного конфликта с этими государствами, которых считали себя обманутыми в надеждах на подчинение Московской Руси.
Продолжающаяся война требовала восстановления военной организации страны, больших финансовых и материальных издержек со стороны нового правительства. Вскоре после воцарения М.Ф. Романова была осуществлена массовая рассылка воевод по городам (в 1614-1615 гг. воеводы были назначены в 120 городов, включая и города Центральной России, где раньше их не было). Все они получили письменные наказы, согласно которыми вместе с назначенными им в помощь осадными и стрелецкими головами должны были осмотреть и исправить укрепления своих крепостей, переписать военное имущество и годных к военной службе ратных людей, собрать тех из них, которые "в разорение" разбежались из своих городов, сформировав из них новые воинские подразделения.