Последние очаги мятежа были подавлены на юге Царства. В декабре 1863 г. в Люблинской губернии был разбит польский генерал Крук, а в марте 1864 г. - генерал Босак под Сандомиром. Русская военная полиция навела внешний порядок в городах. В темное время суток запрещалось ходить по улицам без фонарей. За демонстрационное ношение траура взимался штраф. Женщины надели цветные наряды. На Варшаву и весь землевладельческий класс Польши была наложена контрибуция. Розыском повстанческой организации занимались следственные комиссии, которым удалось раскрыть состав Жонда. Военная кампания закончилась 1 мая 1864 г., мелкие стычки продолжались до начала 1865 г. Из 50 тыс. повстанцев погибло около 20 тыс., сдалось в плен 15 тыс., бежало за границу около 7 тыс., казнено менее 400 человек.
В 1864-1866 гг. в Польше была проведена аграрная реформа. Аграрные законы Польши, подготовленные Н.А. Милютиным, Ю.Ф. Самариным и В.А. Черкасским, были утверждены Александром II ровно через 3 года после начала "Великой реформы" - 19 февраля 1864 г. Земля, находившаяся в пользовании крестьян, стала их полной собственностью без выкупа, с помещиками расплачивалось государство. Крестьянам передавалась также земля, конфискованная у мятежной шляхты (1660 имений). Проведение аграрной реформы положило конец польскому восстанию.