В летний период сооружались наземные четырехугольные каркасные жилища, покрытые двускатной тростниковой крышей.
В раковинных кучах находят скелеты погребенных людей, окрашенные красной охрой, лежащие в скорченной позе на левом боку, чаще всего головой на запад, реже на север и восток, что свидетельствует о существовании уже определенного похоронного обряда и религиозных воззрений. Скорченное положение трупа означало его уподобление человеческому эмбриону, что подчеркивалось его окраской в красный цвет, который символизировал, по мнению академика Б. А. Рыбакова, само чрево матери. Покойник, по представлениям неолитических жителей, должен был вновь родиться в образе тотемного животного. Поэтому во время похорон его готовили к посмертному возрождению, реинкарнации. Эмбриональная скорченность костяка отражала стадию тотемных верований, а преимущественная ориентация головы покойника на запад, в меньшей степени на восток и в единичных случаях на север свидетельствовала о наличии представлений о загробном мире, тесно связанных с солярным (солнечным) культом. Расположение загробного мира мыслилось либо там, где солнце еще не взошло (по-видимому, это первоначальная концепция), либо там, где солнце уже зашло, что становилось господствующей точкой зрения.
В раковинных кучах обнаружены также костяки с переломленными конечностями, что, возможно, отражало страх неолитического человека перед покойником, желание воспрепятствовать возвращению умерших.
Японские острова в период неолита были заселены пещерными людьми — так называемыми земляными пауками, жившими не только в пещерах, но ив землянках, и мохнатыми жителями гор, употреблявшими лишь растительную пищу. Последние имели характерные черты предков айнов, но противопоставлялись им, по-видимому, из-за того, что уже восприняли земледелие. Не исключено, что на территории Японских островов жили и другие этнические группы, но основное население все же состояло из предков современных айнов, поэтому период дзёмон иногда именуется “страной айнов”. Советский этнограф Л. Я. Штернберг убедительно показал, что реликты в культе, физический тип и язык свидетельствуют о южном происхождении айнов. Эта точка зрения разделяется и современными советскими востоковедами. В частности, В. Р. Кабо доказывает, что на существовавшем в древности материке Сунда (район совр. Индонезии) обитала этническая общность, часть которой при поднятии уровня Мирового океана и затоплении этого материка двинулась на юго-восток — в Австралию, а другая — на северо-восток, в Японию. Таким образом, и японцы, и австралийцы имеют общего предка, что подтверждается археологическим и этнографическим материалом и дает возможность реконструировать нравы и обычаи древних японцев, используя австралийские параллели.
Айны оказали на соседние народы значительное влияние, передав им производственные навыки, верования и обряды, истоки формирования которых восходят к Юго-Восточной Азии. Считается общепризнанным, что древнейшая керамика на островах Рюкю, этой “этнографической кладовой” современной Японии, принадлежала культуре предков современных айнов. У айнов прослеживаются в языке индонезийские элементы. Обычай чернения зубов, распространенный на о-ве Тайвань, в Индокитае и на Филиппинах, также говорит в пользу их южного происхождения.
Для айнов был характерен солярный культ, символами которого были спираль и змейка, широко используемые в их орнаменте, что было связано с мифом о небесном змее, спустившемся на землю в виде зигзагообразной молнии вместе со своей возлюбленной, богиней огня, являвшейся проводником умершего в загробный мир. Богиня огня отождествлялась с солнцем-спиралью.
Формирование японской этнической общности выходцами из Юго-Восточной Азии подтверждается сравнительным изучением татуировки, обнаруженной в японских курганах и у современных народов Юго-Восточной Азии, а также фольклором прибрежных жителей-рыбаков (ама), среди которых широкое распространение имели мифы о плавающей в море земле и птице-корабле, якобы принесшей приморским людям солнце. Изображения корабля-птицы обнаружены в японских курганах. Образ летучей лодки-корабля широко распространен у народов Океании.
В последние годы появилась гипотеза японского этнографа Хабара Матакити об этнической принадлежности ама к морским цыганам Юго-Восточной Азии.