В 1255 году умер страшный для Руси хан Батый. "Царем" стал его сын Сартак, который был с Александром в очень дружеских отношениях и даже стал побратимом этого князя. Но вскоре Сартак погиб из-за раздоров в среде царевичей чингизидов. Новый золотоордынский владыка хан Берке, правивший Улусом Джучи с 1255 года, ввел в подвластных ему русских княжествах общую для всех покоренных земель систему обложения данью, так называемое "число". Необходимым условием ее должна была стать перепись населения, от которой освобождались лишь лица духовного чина. Понимая, что отказ выполнить ханскую волю, вызовет очередное нашествие, Александр согласился допустить "численников" в свою землю. В 1257 году в Новгород, как и другие русские города, были направлены ханские чиновники для проведения подушной переписи населения. В Новгород пришла весть, что монголы с согласия Александра хотят наложить дань на их свободный город. Это вызвало возмущение новгородцев, которых на этот раз поддержал и князь Василий. В Новгороде началось восстание, продолжавшееся около полутора лет, в течение которых новгородцы не подчинялись монголам. Александр лично навел порядок, казнив наиболее активных участников волнений. Василий Александрович был схвачен и заключен под стражу. Новгород был сломлен и подчинился приказу посылать дань в Золотую Орду. С тех пор Новгород, хотя и не видел больше у себя монгольских чиновников, участвовал в выплате дани, доставляемой в Орду со всей Руси. Новым новгородским наместником с 1259 года стал князь Дмитрий, еще один сын Александра Ярославича.
Новые народные волнения вспыхнули во Владимирской земле в 1262 году. Местные жители были выведены из терпения насилием монгольских откупщиков дани, каковыми тогда были в основном "бесермены" — хивинские купцы. Способ сбора дани оказался чрезвычайно тяжелым и разорительным. В случае недоплаты откупщики насчитывали большие проценты, а при невозможности уплатить забирали людей в неволю. В Ростове, Владимире, Суздале, Переяславле и Ярославле поднялись всенародные восстания, откупщиков отовсюду выгнали. В Ярославле к тому же убили откупщика Изосиму, который принял мусульманство в угоду монгольским баскакам и хуже завоевателей притеснял соотечественников.
Узнав о случившемся, хан Берке, младший брат Батыя, дал волю своему гневу и стал собирать войска для нового похода на Русь. Чтобы умилостивить монгольского владыку и "отмолить людей от беды", Александр Ярославич лично отправился с дарами в Орду. Щедрыми подношениями ему удалось отговорить ордынского "царя" от задуманного похода. В конце концов, Берке простил избиение откупщиков и более того — освободил русских от обязанности высылать свои полки в монгольское войско, собиравшееся в то время для участия в войне на Кавказе. Хан удерживал великого князя подле себя всю зиму и лето; только осенью Александр получил возможность вернуться во Владимир. По дороге он тяжело занемог и 14 ноября 1263 года в Городце Волжском скончался, "много потрудившись за землю русскую, за Новгород и за Псков, за все великое княжение, отдавая свой живот за православную веру". По предположению ряда биографов знаменитый воитель был отравлен в Орде медленнодействующим ядом. Тело его было погребено в Боголюбове в монастыре Рождества Богородицы. Отпевали воистину великого князя при огромном стечении народа. Тогда, обращаясь к скорбящим русским людям, митрополит Кирилл со слезами горько сказал: "Зашло солнце земли Суздальской". Канонизация Александра Невского состоялась в 1547 году. При Петре I в 1724 году мощи святого князя были перенесены в Санкт-Петербург.