Несмотря на эту неудачу, Данила Васильевич сохранил высокое положение при великокняжеском дворе, а затем и упрочил его в начале правления Василия III. Именно при этом государе Щеня стал наместником и "воеводой московским" — главнокомандующим вооруженными силами Русского государства. Во время русско-литовской войны 1507-1508 годов он вновь командовал большими русскими ратями, ходившими воевать вражескую землю. Летом 1508 года его войска осадили крепость Оршу. Получив известие о приближении армии короля Сигизмунда I, Щеня, не вступая в сражение с врагом, с присоединившимися к его войску полками Михаила Львовича Глинского и Василия Ивановича Шемячича, отошел за Днепр. Вторая русская рать Якова Захарьича стояла тогда под Дубровной и не могла подкрепить главные силы. Посланные воеводами отряды начали опустошать окрестности Мстиславля и Кричева. Тогда литовская армия, во главе с бежавшим из русского плена гетманом К.И. Острожским, двинулась к границе и овладела городами Белая, Торопец и Дорогобуж. Но укрепиться здесь противнику не удалось. Получив повеление Василия III вернуть захваченные города, Щеня в начале сентября 1508 года выбил литовцев из Торопца и занял превращенные в пепелище Белую и Дорогобуж. Во время следующей русско-литовской войны 1512-1522 годов он командовал главной русской ратью, которой посчастливилось овладеть Смоленском и присоединить Смоленскую землю к Московскому государству.
Дважды в годы этой войны московские полки подходили к Смоленску и дважды уходили, не взяв город. Догадываясь о неизбежности новой русской атаки на Смоленск, король Сигизмунд I поставил во главе гарнизона деятельного и опытного воеводу Ю.А. Сологуба. В начале летней кампании 1514 года, как и раньше русские загоны (высланные вперед отряды) ходили под Оршу, Мстиславль, Кричев и Полоцк, но главные силы под командованием Данилы Щени (около 80 тысяч человек; 140 орудий) окружили Смоленск. Осада города началась 16 мая 1514 года и продолжалась 12 недель. Она сопровождалась невиданной доселе артиллерийской бомбардировкой крепости, начатой 29 июля, после прибытия большого "наряда" — тяжелых орудий. Участники событий вспоминали о метких выстрелах лучшего русского пушкаря Стефана, которому "по их (литовцев — В.В.) пушке по наряженой ударити, и их пушку разорвало, и много в городе в Смоленску людей побило".
Действие русской осадной артиллерии, когда, "земля колыбатися … и весь град в пламени курениа дыма мняшеся въздыматися ему", поколебала решимость литовского гарнизона. Начались переговоры, приведшие к сдаче города, в который вступили полки воеводы Щени, которому великий князь поручил привести жителей города к присяге.
Последний раз имя Данилы Васильевича упоминается в русских документах в 1515 году, когда во главе русской рати он выступил в город Дорогобуж. По разрядным записям чин боярина Д.В. Щеня получил в 1512 году, хотя в летописях он именуется боярином начиная с 1475 года.