-болезни глаза и его придаточного аппарата: 103,5-123,5;
-врожденные аномалии: 27, 0-28,3.
За период 2006-2010 гг. общая заболеваемость детей увеличилась на 9,5%.
Озеро Байкал является уникальной экологической системой, правовые основы охраны которой регулируются принятым в 1999 году Федеральным законом «Об охране озера Байкал». В соответствии с данным федеральным законом на Байкальской природной территории установлен особый режим хозяйственной и иной деятельности, а утверждение перечня запрещённых видов деятельности делегировано Правительству Российской Федерации.
Увеличение антропогенного воздействия на Байкальскую природную территорию в целом приводит к заметным негативным изменениям в экологической системе озера. Наиболее известным загрязнителем вод озера Байкал является Байкальский целлюлозно-бумажный комбинат, однако значительное влияние на загрязнение озера оказывает всё же река Селенга.
В 2002-2007 году были многократно зафиксированы случаи превышения ПДК по различным показателям. В таблице приводится частота превышения ПДК в процентах от общего количества проб:
| Показатель | 2002 | 2003 | 2004 | 2005 | 2006 | 2007 |
| ХПК | 30 | 24 | 25 | 29 | 26 | 30 |
| БПК5 | 24 | 31 | 26 | 17 | 9 | 15 |
| Железо | 85 | 91 | 89 | 83 | 87 | 88 |
| Медь | 70 | 79 | 93 | 85 | 96 | 97 |
| Цинк | 22 | 18 | 15 | 15 | 9 | 9 |
| Алюминий | 0 | 3 | 20 | 51 | 0 | 7 |
| Марганец | 0 | 80 | 80 | 100 | 0 | 93 |
| Фенолы | 25 | 14 | 36 | 29 | 26 | 3 |
| Нефтепродукты | 19 | 12 | 18 | 24 | 0 | 28 |
| Фториды | 0 | 31 | 40 | 40 | 0 | 57 |
Река Селенга является крупнейшим притоком озера, объём её стока составляет 30 км³ в год, что превышает половину общего речного стока в Байкал.
На территории Монголии основными источниками поступления загрязняющих веществ в бассейн Селенги и в последующем — в Байкал являются город Улан-Батор, а также золотодобывающие предприятия в Заамаре и предприятия по добыче полезных ископаемых в верхнем течении рек Орхон и Хараа-Гол. Кроме того, значительным источником загрязнения являются стоки промышленных предприятий города Дархана, крупного индустриального центра северной Монголии, в котором функционируют строительные комбинаты, фабрика по выделке кож, сталелитейный завод, предприятия пищевой промышленности.
На территории России основным загрязнителем Селенги является город Улан-Удэ, очистные сооружения которого не справляются с очисткой до нормативного уровня сточных вод промышленности и жилищно-коммунального хозяйства. Большинство очистных сооружений в небольших населённых пунктах бассейна озера Байкал на территории Республики Бурятии находится в аварийном состоянии, а в ряде населённых пунктов очистные сооружения канализации или сами системы канализации вообще отсутствуют.
Долгое время остаётся нерешённой проблема загрязнения реки Селенги нефтепродуктами в районе посёлка Стеклозавод. Часть загрязнения вод озера Байкал поступает из Забайкальского края по рекам Чикой и Хилок, являющимся главными притоками Селенги.
Серьёзную угрозу экологической безопасности озера Байкал представляют производственные и бытовые отходы. Лишь небольшая часть накапливающихся отходов производства подвергается утилизации. Одним из примеров экологических последствий деятельности ликвидированных предприятий являются отходы, накопленные в 1934 - 2001 годах, в период деятельности Джидинского вольфрам-молибденового комбината, в результате чего около одной третьей территории города Закаменска подверглось повышенному загрязнению, а в озеро Байкал до сих пор попадают различные химические элементы высокого класса опасности. В результате сбросов загрязняющих веществ река Модонкуль в районе Закаменска по гидрохимическим показателям до сих пор характеризуется как самая загрязнённая река на Байкальской природной территории.
Целлюлозно-бумажный комбинат
В 1966 г. началось производство на Байкальском целлюлозно-бумажном комбинате (БЦБК), в результате чего начали деградировать прилегающие донные территории озера. Пылегазовые выбросы негативно влияют на тайгу вокруг БЦБК, отмечается суховершинность и усыхание леса. В сентябре 2008 г. на комбинате введена замкнутая система водооборота, предназначенная для уменьшения сброса промывных вод. Согласно источнику, система оказалась неработоспособной и менее чем через месяц после её запуска комбинат пришлось остановить.
По постановлению Правительства Российской Федерации от 13 января 2010 года ликвидирован запрет на «производство целлюлозы, бумаги, картона и изделий из них без использования бессточных систем водопользования на производственные нужды» без каких-либо ограничений по срокам, объёмам или концентрациям веществ. Оно также кардинально изменяет ещё два пункта, касающихся складирования, захоронения и сжигания опасных отходов на берегу озера Байкал, внесённого в Список объектов Всемирного наследия ЮНЕСКО.
Несмотря на многочисленные протесты активистов, БЦБК вновь начал выпускать белёную целлюлозу в промышленных масштабах 8 июля 2010 г.
По результатам проб, взятых при погружении аппаратов «Мир» в июле 2010 г., выяснилось, что в донных отложениях в районе сброса стоков БЦБК, обнаружено высокое содержимое диоксинов, являющихся опасным ядом для любых живых организмов. В районе ЦБК диоксиновое загрязнение в 40—50 превышает таковое в северной и центральной частях озера. Пробы брались на разных глубинах, и в абсолютном большинстве зарегистрировано превышение нормы диоксинов в 3—8 раз.
Байкал как водохранилище
С 1956 года озеро используется в гидроэлектроэнергетике — оно стало составной частью Иркутского водохранилища, в результате чего уровень воды поднялся почти на 1 м.
Восточный нефтепровод
Компания «Транснефть» ведёт строительство нефтепровода «Восточная Сибирь — Тихий океан», проходящего в районе Байкала. Изначально планировалось, что трасса трубопровода пройдёт в непосредственной близости от берега озера, и тогда в случае разлива нефти Байкал оказался бы под угрозой экологической катастрофы. Прошли многочисленные акции протеста, в том числе многотысячный митинг протеста, состоявшийся в Иркутске 18 марта 2006 года. 26 апреля 2006 года в ходе совещания с сибирскими губернаторами в Томске В. В. Путин заявил о необходимости пересмотреть проект с целью провести нефтепровод не ближе 40 километров от северного побережья Байкала. В итоге «Транснефть» отказалась от первоначального плана и перенесла маршрут нефтепровода за пределы зоны водосбора Байкала так, чтобы его нитка пролегала не ближе чем в 350—400 км от озера.
В общем плане, можно сказать, что основные дискуссии по поводу экологии региона разворачиваются вокруг наиболее нашумевших проблем, таких, как загрязнение озера Байкал, загрязнение окружающей среды около города Норильск. Очень часто такие споры имеют своих спонсоров, которым было бы выгодно закрытие данных предприятий. На самом деле, установка более дорогих очистных систем сильно удорожит выпускаемую продукцию. Это может привести к сокращению заработных плат, сокращениям, а в крайнем случае и к закрытию предприятий из-за нерентабельности. Если взять Норильск, закрытие металлургического комбината равносильно исчезновению города из-за отсутствия в нём другой работы.