На чале дзяржаўнай канцылярыі
У 1589 годзе ў найвышэйшых структурах улады вялікага Княства адбыліся змены. Пасля смерці Астафея Валовіча (канец 1587 года) віленскае ваяводства перайшло да Крыштафа Мікалая Радзівіла Перуна. Л. Сапега атрымаў вакантную пасаду канцлера, узначаліўшы адзін з адказных органаў выканаўчае ўлады гаспадарства. Ад яго цяпер цалкам залежала практычнае ажыццяўленне ўнутранай і вонкавай палітыкі Княства: падрыхтоўка сваіх і і прыйманне замежных пасольстваў, правядзенне павятовых соймікаў і галоўных з’ездаў Княства. На плечы Сапегі лягла адказнасць за дзейнасць мясцовых уладаў, праваахоўных установах, урэгулыванне канфліктаў між дзяржаваю і царквою ды многае іншае. Адным словам. Канцлер Княства знаходзіўся на скрыжаванні ўсіх жыццёва важных артэрыяў гаспадарства.
Аднак у сваіх дзеяннях, у правядзенні адметнай палітычнай лініі Княчтва Л. Сапега і на пасадзе канцлера не быў цалкам свабодны. Нягледзячы на новае заканадаўства, у гаспадарстве па-ранейшаму прысутнічаў адзін с парадоксаў улады. Ні ўрад, ў які акрамя канцлера ды падканцлера ўваходзілі ваяводы, кашталяны, вялікі гетман, падскарбі, вялікі, надворны ды трыбунальны маршалкі, ні галоўны заканадаўчы орган Княства - Вальны Сойм – не валодалі напоўніцу эканамічнымі правамі на тэрыторыі свайго ж гаспадарства. Яны, гаворачы сённяшняю моваю, фактычна не вызначалі кадравай палітыкі Княства. Права прызначэння на кіраўнічыя гаспадарскія пасады трымаў у сваіх руках манарх. У выніку ўся без выключэння беларуская шляхта на справе матэрыяльна амаль цалкам залежала ад вялікага князя, бо ён падпісваў прывілеі на вольныя землі, а таксама на свецкія і духоўныя вакансіі.
Пры гэтакай даволі спецыфічнай форме абмежаванай манархіі ў Вялікім Княстве любая палітычная апазіцыя гаспадар узаўсёды параўнальна лёгка ім разбівалася. А метад “пугі і перніка”, які мзазвычай карысталіся манархі, дазваляў пры неабходнасці ў любы момант пасварыць беларускіх паноў. У выніку многія шляхціцы нярэдка станавіліся ў руках гаспадароў ледзьве не паслухмянымі марыянеткамі.
Л. Сапега як пастрыёт ды, урэшце, уладалюбівая асоба не жадаў мірыцца з неабмежаванымі дзеяннямі новага манарха, трагічныя вынікі якіх для княчтва ўжо былі відавочныя. Ён пачаў самаахвярную барацьбу з Жыгімонтам III Вазам за поўную самастойнасць Княства, імкнучыся прымусіць яго паважаць вялікакняскія законы.
Канцлер найперш катэгарычна запатрабаваў, каб вялікій князь выконваў прынятыя на сябе абавязкі, нарэшце, успомніў свае нядаўнія абяцанні яму і перастаў без узгаднення з урадам Вялікаг аКнясва раздаваць прывілеі на землі, а таксама на свецкія і царкоўныя пасады.