У разі скидання забруднюючих речовин в озера, ставки та інші непроточні водні об'єкти норматив збору, який справляється за скид забруднюючих речовин у ці водні об'єкти, збільшується у 1,5 разу.
У разі захоронення забруднюючих рідинних речовин, відході виробництва та стічних вод у глибокі підземні водоносні горизонти, що не містять прісних вод, слід застосовувати норматив збору як за скид забруднюючих речовин з коефіцієнтом 10.
За розміщення відходів, на які не встановлено класів небезпечності, застосовується норматив збору як за розміщення відходів першого класу небезпечності в розмірі 55 гривень за тонну.
Нормативи збору, який справляється за викиди пересувними джерелами забруднення, встановлюються залежно від виду пального та транспорту (автомобільного, залізничного, морського та річкового) Ліміти викидів, скидів забруднюючих речовин та розміщення відходів.
Ліміти викидів стаціонарними джерелами забруднення визначаються для платників збору на підставі затверджених проектів нормативів гранично допустимих викидів.
Органи Мінекобезпеки встановлюють терміном на п'ять років щорічні ліміти викидів стаціонарними джерелами забруднення за затвердженою Мінекобезпеки формою і доводять їх платникам збору до 1 червня попереднього року.
Для пересувних джерел забруднення ліміти викидів забруднюючих речовин не встановлюються.
Щорічні ліміти скидів у водні об'єкти загальнодержавного значення для первинних водокористувачів визначаються у дозволах на спеціальне водокористування, які видають органи Мінекобезпеки. Щорічні ліміти скидів забруднюючих речовин у водні об'єкти місцевого значення для первинних водокористувачів визначаються у дозволах на спеціальне водокористування, які видаються місцевими державними адміністраціями, а в містах обласного значення - виконавчими органами рад за погодженням з органами Мінекобезпеки. Обсяги скидів, пов'язаних з проведенням планового ремонту каналізаційних мереж і споруд, включаються до загального ліміту скидів. Обсяги та умови проведення таких скидів погоджуються з органами Мінекобезпеки. Збір, який справляється за ці скиди, нараховується як за скиди, що проводяться в межах установлених лімітів. У разі перевищення погодженого обсягу скидів та порушення умов їх проведення, пов'язаних з
плановим ремонтом каналізаційних мереж і споруд, плата обчислюється як за понадлімітні скиди, а збитки, заподіяні навколишньому природному середовищу, відшкодовуються в установленому законодавством порядку. Установлення та стягнення плати, яка справляється за скиди промислових та інших стічних вод у системи каналізації, регулюється нормативно-правовими актами Державного комітету будівництва, архітектури та житлової політики [5].
Ліміти на розміщення відходів установлюються терміном на один рік і після затвердження місцевою державною адміністрацією доводяться до власників відходів до першого жовтня поточного року. Ліміти на утворення та розміщення відходів розробляються, затверджуються і переглядаються в порядку, затвердженому постановою Кабінету Міністрів України від 3 серпня 1998 року №1218. За понадлімітні обсяги викидів, скидів забруднюючих речовин та розміщення відходів збір обчислюється і сплачується в п'ятикратному розмірі. У разі відсутності в платника затверджених у встановленому порядку лімітів викидів від стаціонарних джерел забруднення, скидів і розміщення відходів збір обчислюється і сплачується в п'ятикратному розмірі [6].
Суми збору, який справляється за викиди стаціонарними джерелами забруднення (Пвс), обчислюються платниками самостійно щокварталу наростаючим підсумком з початку року на підставі затверджених лімітів виходячи з фактичних обсягів викидів, нормативів збору та коригувальних коефіцієнтів, наведених у таблицях 2.1, 2.2 додатка 2 до Постанови Кабінету Міністрів України від 1 березня 1999 р.
№303 "Про затвердження Порядку встановлення нормативів збору за забруднення навколишнього природного середовища і стягнення цього збору" (далі - додаток 2 до постанови). Суми збору, який справляється за викиди пересувними джерелами забруднення, обчислюються платниками самостійно щокварталу наростаючим підсумком з початку року виходячи з кількості фактично використаного пального та його виду, на підставі нормативів збору за ці викиди і коригувальних коефіцієнтів. Суми збору, який справляється за скиди (Пс), обчислюються платниками самостійно що кварталу наростаючим підсумком з початку року на підставі затверджених лімітів виходячи з фактичних обсягів скидів, нормативів збору та коригувального коефіцієнта.
Суми збору, який справляється за розміщення відходів (Прв), обчислюються платниками самостійно що кварталу наростаючим підсумком з початку року на підставі затверджених лімітів виходячи з фактичних обсягів розміщення відходів, нормативів збору та коригувальних коефіцієнтів, наведених у таблицях 2.4, 2.5 додатка 2 до постанови, і визначаються за формулою Щорічні розрахунки збору на наступний рік (прогнозні) подаються платниками до органів державної податкової служби за місцем реєстрації платника за попереднім погодженням з органами Мінекобезпеки до 1 липня поточного року (додаток 2 до Інструкції). Платники щокварталу складають розрахунки збору за встановленою цією Інструкцією формою та подають до органів державної податкової служби за місцем реєстрації платника до 15 числа місяця, наступного за звітним кварталом (додаток 3 до Інструкції). За четвертий квартал звітного року розрахунок збору (остаточний розрахунок збору за звітний рік) подається платниками, з обов'язковим попереднім погодженням з органами Мінекобезпеки, до органів державної податкової служби за місцем реєстрації платника в 10-денний строк після подання платниками річної статистичної звітності про кількість викидів, скидів, розміщених відходів та використаного пального не пізніше 20 січня року, наступного за звітним (додаток 3 до Інструкції). Платники, що не складають статистичну звітність, подають річний розрахунок збору та довідку про фактичні обсяги викидів, скидів, розміщення відходів, використаного пального (додаток 4 до Інструкції) на погодження до органів Мінекобезпеки.
Погоджений розрахунок збору подається до органів державної податкової служби до 15 січня року, наступного за звітним. Приклади розрахунку сум збору, який справляється за викиди стаціонарними та пересувними джерелами забруднення, скиди та розміщення відходів, наведені в додатку 5 до Інструкції. Збір сплачується платниками щокварталу до 20 числа місяця, що настає за звітним кварталом. Платники перераховують збір за забруднення навколишнього природного середовища двома платіжними дорученнями: 30% до Державного бюджету і 70% до місцевих бюджетів. Збір розподіляється між фондами охорони навколишнього природного середовища в складі відповідних бюджетів у розмірах, установлених законодавством:
20 відсотків - до місцевих фондів охорони навколишнього природного середовища, що утворюються у складі сільських, селищних, міських бюджетів, на рахунки, що відкриваються на ім'я відповідних фінансових органів за відповідним кодом бюджетної класифікації;
50 відсотків - до місцевих фондів охорони навколишнього природного середовища, що утворюються у складі бюджету Автономної Республіки Крим, обласних бюджетів, на окремі рахунки, що відкриваються на ім'я Міністерства фінансів Автономної Республіки Крим, обласних фінансових управлінь за відповідним кодом бюджетної класифікації;
30 відсотків - до Державного фонду охорони навколишнього природного середовища, що утворюється у складі Державного бюджету України, на окремі рахунки, що відкриваються на ім'я територіальних органів Державного казначейства за відповідним кодом бюджетної класифікації.
Між Київським та Севастопольським міськими та Державним фондами збори за забруднення навколишнього природного середовища розподіляють у таких розмірах:
70 відсотків - до Київського та Севастопольського міських фондів охорони навколишнього природного середовища на окремі рахунки, що відкриваються на ім'я міських фінансових управлінь за відповідним кодом бюджетної класифікації;
30 відсотків - до Державного фонду охорони навколишнього природного середовища на окремі рахунки, що відкриваються на ім'я територіальних органів Державного казначейства за відповідним кодом бюджетної класифікації.
Збір, який справляється за викиди стаціонарними джерелами забруднення, скиди та розміщені відходи в межах лімітів, зараховується на валові витрати виробництва та обігу, а за перевищення цих лімітів - справляється за рахунок прибутку, що залишається у розпорядженні платників.
Платники - фізичні особи, які є суб'єктами підприємницької діяльності, сплачують цей збір за рахунок свого доходу. Збір, який справляється за викиди пересувними джерелами, зараховується на валові витрати виробництва та обігу. Для платників - бюджетних організацій збір зараховується на видатки і передбачається в кошторисі доходів і видатків. Контроль за правильністю обчислення збору, дотриманням лімітів викидів, скидів та розміщення відходів здійснюється органами Мінекобезпеки. Контроль за своєчасністю та повнотою сплати збору здійснюється органами державної податкової служби на підставі документальних перевірок. Документальні перевірки здійснюються органами державної податкової служби разом з перевірками, які здійснюють органи Мінекобезпеки, за місцем перебування платника збору. Повернення та зарахування неправильно сплачених сум збору проводиться із відповідних фондів охорони навколишнього природного середовища згідно з законодавством України. Видача та анулювання дозволів на викиди.