Государственный природный заповедник "Юганский" расположен на территории Сургутского района Ханты-Мансийского автономного округа, в междуречье Большого и Малого Югана. Заповедная территория представляет собой массив общей протяженностью с севера на юг 85 км., и с запада на восток - 76 км, общей площадью 648 тыс. га. Заповедник образован на землях Нефтеюганского лесхоза (бывший Пыть-Яховский) постановлением Совета Министров РСФСР от 31.05.82 № 324, приказом Главохоты РСФСР от 11.06.82 № 186 и решением Тюменского облисполкома от 14.09.81 № 239
Согласно схеме геоморфологического районирования РФ территория Юганского заповедника относится к Обь-Иртышскому району Среднеобской области южной геоморфологической провинции в пределах Западно-Сибирской равнины, а по орографической схеме - к Среднеобской аллювиальной террасированной низменной равнине с высотами не более 100 м над уровнем моря. Генезис территории связан с деятельностью Оби и ее притоков. Равнина занимает область Юганской впадины и ограничена рядом положительных элементов.
Рельеф низменности характеризуется наличием вытянутых с северо-востока на юго-запад невысоких (5-6 м) возвышенностей (грив). Приречные полосы отличаются более повышенным рельефом (5-15 м) по сравнению с остальной частью водораздела, который в этом случае приобретает вид замкнутых впадин, а приречные полосы - характер увалов. На общем фоне замкнутых впадин выделяются пониженным положением обширные поверхности.
Геологический разрез низменности представлен двумя ярусами. Первый - плита или фундамент из толщи древних допалеозойских кристаллических метаморфизированных пород. Центральная часть этой платформы вследствие внутренней субширотной депрессии претерпела опускание. Плита покрыта мощной (до 3500-4000 м) толщей мезо - кайнозойских отложений рыхлых пород. Единого мнения относительно истории возникновения этих отложений нет. Вероятно в разные геологические эпохи имели место как морские отложения, так и отложения эпохи максимального оледенения с осадками подпрудного бассейна, образовавшегося при таянии ледников. Начало формирования осадочной толщи связано с морем, с его неоднократной трансгрессией. К олигоцену море сильно мелело, а в конце палеогена окончательно отступило, и дальнейшее формирование рельефа происходило в условиях континентального режима.
Относительно ровная поверхность равнины с ювом морских отложений представляла к тому времени ряд солонцеватоводных заливов и озерных бассейнов. Постепенно их водный режим сменился на пресноводный и сопровождался накоплением озерносолонцеватых отложений. Кроме того, с горных возвышенностей, окружающих низменность, поступал разнообразный песчано-глинистый материал. Весь процесс накопления осадков проходил на фоне общего погружения центральной части Западно-Сибирской равнины.
Текущие по равнине реки переносили и откладывали аллювиальные отложения, но с самаровским оледенением, южная граница которого проходила по реке Большой Юган, на широте Еутских Юрт, сток этих рек перекрылся. В итоге возникла система озеровидных бассейнов, где поверх аллювиальных накладывались суглинистые отложения озерных и субаэральных образований. На месте ледника, который отступил только к началу верхнего антропогена, отложились ледниковые и водно-ледниковые осадки. Формируется современная гидрографическая сеть, и продолжается дальнейшее становление современного облика рельефа с верхнечетвертичными террасовыми образованиями меандрирующих рек.
Таким образом, особенности геологического строения территории заповедника определяют наличие двух групп почвообразующих пород - песчаных и суглинистых, каждая из которых вносит существенные черты в характер почвообразовательного процесса, в одном случае обуславливая свободный дренаж и формирование почв по явно автоморфному типу, в другом - приводя к появлению признаков заболачивания вследствие затрудненного оттока атмосферных осадков. По площади распространения доминируют суглинистые отложения.
По почвенному районированию среднетаёжная зона относится к Западно-Сибирской провинции подзолистых и болотных почв центрально-таежной лесной области с господствующим подзолистым типом почвообразования. Опад хвойных лесов отличается малой зольностью, низким содержанием оснований и в условиях его медленного разложения приводит к образованию очень кислого гумуса (рН 3,5-4,5), насыщенного фульвокислотами. Последние воздействую на минеральную часть почвы верхних горизонтов, образуют соединения с кальцием, магнием, калием, алюминием, фтором, тем самым, разрушая почвенный поглощающий комплекс. В итоге верхняя часть профиля обедняется коллоидами и полуторными окислами, которые выносятся и концентрируются в иллювиальном горизонте. Подобная схема подзолообразования осложняется в условиях заповедника явлениями периодически возникающего поверхностного переувлажнения, замедляя образование металлорганических компонентов, снижая миграционную способность и ограничивая вынос за пределы активного слоя.
Подзолы распространены на хорошо дренированных участках только на песчаных и супесчаных почвах под сосновыми и кедровыми насаждениями и ограничены по площади. По мере удаления от реки как дренирующей системы и увеличения застойного увлажнения наблюдается комплекс генетически соподчиненных почв подзолистого ряда, в зависимости от механического состава отложений, характера древостоя и т.д., от мелко - и глубокоподзолистых до торфяно-мелко - и глубокоподзолистых глеевых почв. Такое чередование автоморфных почв с полугидроморфными почвами создает своеобразную округло-пятнистую структуру почвенного покрова, достаточно устойчивую на больших пространствах.
С удалением от русел рек к водоразделу заметно возрастает участие полуболотных и болотных почв с наличием торфянистого горизонта - главного отличительного признака гидроморфного почвообразования. В зависимости от элемента рельефа и растительного покрова встречаются болотные верховые и низинные торфяные почвы.
На высоких, периодически затапливаемых поймах под травянистой растительностью либо под пологом разреженных травяных лесов формируются аллювиальные почвы с наличием хорошо выраженного гумусового горизонта. Это сопряжено с ежегодным приносом паводковыми водами свежих аллювиальных наносов. Профиль почв слабо развит и плохо дифференцирован на генетические горизонты, а степень развития почвообразовательного процесса определяется продолжительностью затопления. Очевидно, что перечисленные факторы замедляют этот процесс, и профиль почв оказывается слабо затронутым почвообразованием. При отсутствии затопления и воздействия грунтовых вод в профиле таких почв проявляются признаки зонального подзолистого образования.
Климатические особенности заповедника типичны для подзоны средней тайги. С сентября по май его территория находится под влиянием области максимального давления с центром в монгольских степях. Атлантический воздух, хотя и теряет над Уралом большую часть влаги, все же доносит достаточное ее количество до Западной Сибири, в полной мере обеспечивая ею продуцирующую растительность в вегетационный период. Перенос на юг арктического воздуха летом в основном осуществляется циклоном. Вторжение холода сопровождается, рядом отрицательных явлений (заморозки, снег), что существенно сокращает вегетационный период. Увеличение облачности в весеннее и летнее время снижает величину суммарной радиации почти на 60%. Тем не менее, годовое ее поступление достигает 85-90 Ккал/см2 с максимумом в июле (15-16 Ккал/см2). В целом радиационный режим заповедника близок к режиму Московской области,
В увязке с радиационным балансом и атмосферной циркуляцией воздуха находится и температурный режим. По многолетним данным, среднегодовая температура достигает - 2,6°С. Самый холодный месяц - январь (-20,3°С), самый теплый - июль (16,5°С), но нередко максимальные температуры приходятся и на июнь. Довольно большая амплитуда колебания температур воздуха (67,7°С) объясняется нередким вторжением холодного арктического воздуха с севера, что усиливает общую континентальность климата. В весеннее время это сопряжено с возвратом холодов, а в летнее - с возрастанием вероятности возникновения поздних весенних заморозков, что сокращает период вегетации.
Основное количество атмосферных осадков район Обь-Иртышского междуречья получает от атлантических воздушных масс, но с учетом влаги более сухих юго-западных континентальных потоков воздуха для заповедника характерно максимальное для Западной Сибири количество осадков - 592 мм в год. Большая их часть (до 70%) расходуется на испарение (350-400 мм). Малый дефицит влажности, низкие температуры воздуха, а так же свойства моховой растительности задерживать в себе влагу способствует созданию ее избытка, т.е. почвы характеризуются существенным переувлажнением, что, в свою очередь, приводит к интенсивному болотообразованию. Содействует этому и неравномерное распределение осадков в течении года: летом выпадает 60-70% годовой нормы с июнь - июльским максимумом; около 30-40% - твердые осадки в виде снега. Ложится снег очень быстро: продолжительность периода между неустойчивыми и устойчивыми снеговыми покровами осенью составляет 10-12 дней, тогда как в европейской части соответствующей зоны - 25-30 дней. Наиболее интенсивное наращивание толщины снежного покрова происходит в начале зимы (ноябрь-декабрь) вследствие активной циклонической деятельности. С установлением сибирского антициклона темпы роста снижаются. Максимальное значение (50-60 см) снежный покров достигает в третьей декаде марта. Обладая плохой теплопроводностью и нередко выпадая на талую почву, снег надежно предохраняет ее от промерзания, тем самым, создавая благоприятные условия для сохранения корневищ многолетних растений и подроста древесных пород. Снег лежит почти 180-200 дней, но тает очень быстро (8-12 дней) из-за низкой влажности воздуха и быстрого весеннего нарастания температур. Тем самым создаются дополнительные запасы избыточно влаги.