Кроме работ по созданию ООПТ органы власти Тюменской области организуют исследования уже учрежденных объектов с целью оценки видового разнообразия растительного и животного мира, оценки состояния популяций охраняемых видов, степени сохранности как мест их обитания, так и ландшафтов в целом. В 2004 году эти работы выполнены по заказникам регионального значения "Таволжанский", "Окуневский", "Южный", "Песьяновский", "Клепиковский", "Барсучье", "Кабанский". По ряду этих объектов работа уже закончена. Основные ее итоги таковы.
В заказнике "Таволжанский" выявлено 126 видов высших сосудистых растений, в том числе 4 - включенных в Красную книгу Тюменской области: ирис сибирский, вишня кустарниковая, астрагал бороздчатый, подорожник ланцето-листный. Определены 29 видов дереворазрушающих грибов и описана их роль в биологической деструкции детрита. Из изученной энтомофауны 11 видов занесены в Красную книгу Тюменской области. Из позвоночных животных доказано обитание не менее 63 видов, из них три вида - краснокнижных: орлан-белохвост, степная пустельга и серый сорокопут.
Общий флористический список заказника "Окуневский" включает 113 видов, в том числе 3 вида из Красной книги Тюменской области: адонис весенний, прострел желтеющий, подорожник ланцетолистный. Определено 22 вида дереворазрушающих грибов. Учетами 2004 года доказано обитание на территории заказника не менее 58 видов позвоночных животных, в том числе: 2 вида рыб, 1 вид рептилий, 46 видов птиц и 9 видов млекопитающих. Среди последних охотничье - промысловые виды: норка американская, хорь светлый, колонок, горностай, ондатра, кабан, косуля, лисица, енотовидная собака. Три вида птиц: кудрявый пеликан, пеганка и серая куропатка, внесены в Красную книгу Тюменской области.
Флора заказника "Южный" несколько богаче и включает 137 видов, в том числе 4 вида из Красной книги Тюменской области: кувшинка чисто белая, ирис сибирский, адонис весенний, подорожник ланцетолистный. Дереворазрушающих грибов определено 28 видов. Заказник имеет определенную значимость как местообитание редких для Тюменской области мало исследованных грибов климакодона красивейшего и стереума дубового. С учетом климатических и флористических показателей на территории заказника "Южный" реально может обитать до десяти тысяч различных видов насекомых, преимущественно лугово-степного и таёжного экотипов. Коллекционные сборы лета 2004 года показали наличие редчайшего для Тюменской области кузнечика хвостатого (Tettigoniacaudate). Учетами доказано обитание на территории заказника не менее 48 видов позвоночных животных, в том числе одного, занесенного в Красную книгу Тюменской области - кудрявый пеликан. С учетом представленности экосистем различных типов, степени нарушенности и потенциальной устойчивости к антропогенным факторам, территорию заказника "Южный" можно охарактеризовать как неустойчивую к воздействиям, что требует более тщательного соблюдения особого режима охраны.
В заповеднике "Верхне-Тазовский" на стационарных пунктах р. Ратта - кордонах Пюлькы и Раттовский продолжается работа по инвентаризации фауны, в том числе по изучению популяционных параметров видов животных, характерных для западносибирской северо-таежной подзоны. Новых видов млекопитающих, ранее не отмеченных для данной территории, не выявлено.
В границах заповедника "Юганский" продолжаются работы по изучению популяций бурого медведя, а также красно-серых и красных полевок. Там же накоплен огромный материал (наблюдения ведутся более 20 лет) по кольцеванию, миграциям и прижизненной морфометрии птиц. За все годы наблюдений, включая 2004, окольцованы 21253 птицы 124 видов. По мнению старшего научного сотрудника заповедника "Юганский" Е.Г. Стрельникова, популяции перелетных и зимующих птиц обязательно должны быть подвергнуты санитарно-ветеринарным обследованиям, поскольку по визуальным наблюдениям охотников и ученых из-за повсеместного заражения гельминтами птицами могут быть пропущены периоды гнездования в сезон 2005-2006 годов.
Заповедник "Малая Сосьва" продолжает глубокие системные исследования по разным направлениям, одно из которых "Летопись природы". В 2004 году там проводились исследования растительного покрова, включая охранную зону и прилегающую территорию в бассейне р. Конда. Проведены маршрутные и локальные обследования флоры, исследования на стационарных площадях. Осуществлялись маршруты по рекам Ем-Еган, Малая Сосьва, Як-Еган, Пантынг-Еган. В бассейне р. Конда флористические исследования проводились на территориях заказника "Верхне-Кондинский" и природного парка "Кондинские озера" вблизи г. Советский. За время полевых работ гербарий заповедника пополнился 195 гербарными листами сосудистых растений. Обнаружены новые места обитания некоторых редких растений заповедника (телиптерис болотный, астрагал холодный, соссюрея альпийской и др.). Проведена закладка постоянной пробной площади в местообитании пальчатокоренника Траунштейнера - вида, внесенного в Красную книгу РСФСР (1988). Исследована численность редких видов на постоянных пробных площадках: гроздовника ланцетовидного и фегоптериса связывающего (около кордона "Белая Гора").
Объектами фенологических наблюдений были 147 видов на 8 фенологических постоянных пробных площадях (ФППП) и в 31 отдельной феноточке. Наблюдения за 69 видами проводились в двух и более феноточках на ФППП. В зимний период, кроме учета по "белой тропе" был проведен также авиаучёт копытных. Маршрут протяженностью 280 км проходил в основном по поймам рек Малая Сосьва и Сода-Еган. В летне-осенний период осуществлялся учёт бурого медведя. Маршрутами пройдено около 120 км в районе кордонов "Белая гора", "Хангокурт" и "Шухтунгорт". Проводились летние полевые наблюдения за млекопитающими; описывалась сезонная жизнь, отмечались сроки миграции, встречи следов редких видов, проводились фенологические наблюдения. Собирались сведения по экологии зверей по следам, экскрементам, визуальным встречам и др. Для получения данных о половой, возрастной и пространственной структуре популяции лося использовались авиаучет, визуальные встречи и описания следов. В весенний период проводилось обследование мест основных местообитаний и скоплений копытных между кордоном "Белая гора" и озером "Хане-Тув" для выявления направлений и сроков начала и конца весенних миграций. В июле в районе кордона "Шухтунгорт" на маршрутах общей протяженностью около 40 км собирались данные о приуроченности некоторых млекопитающих к определённым типам местообитаний в летнее время. Осенью на маршрутах общей протяженностью около 50 км проведена регистрация следов крупных млекопитающих в районе кордонов "Белая гора" и "Хангокурт". Проводились летние полевые наблюдения за птицами, описывалась их сезонная жизнь, отмечались сроки миграции, встречи следов редких видов. Фенологические наблюдения за миграцией и гнездованием птиц проводились в основном в районах кордонов "Белая Гора", "Хангокурт" и "Шухтунгорт". Собраны основные данные по фенологии, размножению, численности, половой и возрастной структуре популяций куриных птиц; информация о пролёте, гнездовании и встречах редких видов птиц, занесённых в Красные книги России, и Тюменской области (гуменника, скопы, орлана-белохвоста, серого журавля, большого кроншнепа); о фенологии скопы, орлана-белохвоста, гуменника, лебедя-кликуна, кулика-сороки, большого кроншнепа.
Проводилось обследование орнитофауны бассейнов рек Як-Еган, Ем-Еган и Малая Сосьва и поиск новых мест обитания редких видов птиц, занесенных в Красную книгу Ханты-Мансийского автономного округа, в том числе научным сотрудником ИЭРиЖ УрО АН РФ Г.В. Бойко, который на территории заповедника обнаружил новый для заповедника вид птиц - пестрый дрозд.
В результате многолетних охранных мероприятий, проводимых заповедником "Малая Сосьва" и заказником "Верхне-Кондинский", общее количество бобров постепенно увеличивалось и к 2004 году в верховьях рек Конда и Малая Сосьва обитало свыше 350 зверей (из них более 300 - в заказнике "Верхне-Кондинский"). Для дальнейшего восстановления поголовья бобров практикуется искусственное заселение притоков реки Малая Сосьва, с целью создания здесь новой бобровой колонии (укрепление генетического резервата в местах коренного местообитания). Была разработана программа на 2004 год по отлову и переселению бобров из заказника "Верхне-Кондинский" в заповедник "Малая Сосьва", которая успешно выполнена.
В природном парке "Сибирские Увалы" закончился второй этап работы по созданию геоботанической карты, разработана классификация растительности. На базе этого природного парка близ г. Нижневартовска созданы эколого-просветительский центр "Хуторок" и исследовательские площадки. Сотрудниками заповедника "Малая Сосьва" совместно с учеными УрГПУ разработано учебное пособие для школьников "Край заповедной природы".
Экологическому просвещению населения уделяется большое значение и в других заповедниках и природных парках.
В рамках ежегодно проводимой международной экологической акции "Марш парков" ими выпускаются сборники статей, буклеты, коллекции открыток, календари; проводятся фото - и видеовыставки. В целях пропаганды экологических знаний, бережного отношения к окружающей природе сотрудниками заповедников и парков оформлялись стенды (Государственный природный заповедник "Гыданский"), разрабатывались экологические тропы, экологические и эколого-краеведческие экскурсии, реализовывались программы туризма и семейного отдыха, проводились семинары, курсы, беседы и творческие вечера с учащимися школ и студентами вузов (природные парки "Кондинские озера", "Сибирские Увалы", заповедник "Юганский"). Природным парком "Кондинские озера" для воспитанников Станции юных натуралистов г. Югорска была организована экологическая игра "Школа выживания", а также экологический десант по очистке от мусора мест массового отдыха населения. При научном стационаре парка функционирует эколого-краеведческая школа "Дети Будущего", где учащиеся школ в рамках летней практики проводят полевые исследования по изучению системы Кондинских озер. На базе экологического детского лагеря для школьников 7-9 классов проводятся занятия по фенологии, гидрологии, геоботанике, туристической технике и др. В рамках эколого-туристической экспедиции "Древний путь Европа - Азия" проведено рекогносцировочное обследование берегов рек Тапсуй, Северная Сосьва и их притоков, выбраны места для обустройства стоянок, проработан маршрут до озера Турват (Северный Урал).