Северный олень некогда встречался довольно часто как в боровом, так и в темнохвойном районе (в последнем, как правило, на горных тундрах Урала). После изменения границ заповедника в 1951 г., когда от него была отторгнута почти целиком боровая его часть, т. е. по сути дела основные места обитания этого вида, численность оленя быстро и неуклонно стала сокращаться. Причина этого — интенсивные рубки боров-беломошников и уничтожение напочвенного покрова из богатых ягельников, прямое уничтожение зверя браконьерами. Когда олени кормятся, выкапывая траншеи в метровом снегу, подобраться к стаду на выстрел не составляет труда. Однако еще в конце 50-х годов в уцелевших борах Якшинского лесничества можно было наблюдать большие стада северного оленя (до 100—150 голов).
Постоянный и многолетний выпас домашних оленей на горных тундрах Урала также способствовал вытеснению из этих мест дикого северного оленя.
В настоящее время численность оленя в заповеднике крайне мала — она сократилась до единичных особей в боровом районе и до одного-двух десятков — в темнохвойном.
В 1982 г. на территории заповедника и в прилегающих к нему угодьях борового участка (окрестности пос. Якша и соседних) впервые отмечено появление кабанов. С этого времени встречи с ними случаются ежегодно даже около поселков, расположенных на Илыче. Не установлено, переживают ли кабаны многоснежную и долгую северную зиму или зашедшие сюда особи погибают, а на их место прикочевывают другие.
Определенный ущерб поголовью копытных наносят крупные хищники, к которым здесь можно отнести не только бурого медведя, но и волка, и росомаху. Однако численность последних невысока. Например, выводки волков на территории Якшинского лесничества отмечают крайне редко, хотя волки ежегодно появляются на его территории. Росомаха и медведь — виды обычные, но существенного ущерба поголовью копытных нанести не могут. На территории Якшинского лесничества и в окрестностях пос. Якша обычно обитают 4—6 взрослых медведей.
На территории заповедника обитает 10 видов куньих. Это уже упомянутая росомаха — самый крупный представитель семейства и ласка — самый мелкий, горностай, американская и европейская норка, барсук и выдра, лесная куница, соболь и колонок.
В темнохвойный, предгорный район заповедника с востока проникает соболь. Здесь он обитает в одних стациях с куницей, вследствие чего часто встречается их помесь — кидус. Он крупнее соболя и с более грубым мехом. До равнинной части соболь, по-видимому, доходит только в годы высокой численности.
Самый крупный грызун местной фауны — бобр. В конце прошлого столетия бобры на Верхней Печоре были выбиты начисто. В 1938 и 1940 гг. на реках Кедровке и Большом Шежиме были выпущены две партии бобров, доставленных из Воронежского заповедника. В середине 60-х годов бобров уже отлавливали в заповеднике для расселения на территории Коми АССР.
Несколько лет назад было завершено обследование всех основных водоемов заповедника (реки и озера) с целью выяснения условий обитания бобров и учета их численности. К 1984 г. было учтено 107 поселений бобров с общей численностью 428 зверей (Летопись природы, 1985). При этом основное количество поселений остается в пределах мест первых выпусков — по рекам Большой Шежим (17 поселений), Кедровка (6) и Шежим-ю (9 поселений). О высокой пластичности вида говорит тот факт, что некоторые поселения были обнаружены в горной части заповедника, почти у самых истоков Печоры и Егро-Ляги. Большую роль в питании бобров на территории заповедника играет береза.
Один из основных промысловых видов припечорской тайги — белка. Стационарные наблюдения по изучению динамики численности этого вида с середины 60-х годов ведутся С. М. Сокольским. За эти годы накоплен огромный материал по плодовитости, возрастному и половому составу популяции, миграциям и питанию белки. Собранные данные позволили сделать полезные для охотничьего хозяйства региона выводы по прогнозированию численности этого вида.
Летняя миграция белок, которая начинается обычно в конце июля, обычное и характерное для территории заповедника явление. При помощи постоянного отлова и мечения белок на стационарных площадках в боровом и темнохвойном районах заповедника, а также анализа возврата меток получены ценные сведения о сроках, размахе и причинах миграций этого вида. Некоторые метки получены из мест, удаленных от места мечения более чем на 300 км, из Тюменской области.
Численность белки на территории заповедника может колебаться очень сильно. Данные учета с лайкой показывают, что в боровом районе заповедника на 100 км учетного маршрута приходится в среднем 2 зверька. В то же время в темнохвойном районе численность почти всегда выше — в среднем 25 белок на 100 км учетного маршрута. По данным «Летописи природы» (1985), численность белки на территории заповедника в 1984 г. составляла 11 тыс., а в 1983 г. — 20 тыс. зверьков.
Один из самых обычных грызунов — бурундук, численность которого в елово-пихтовой тайге предгорий Урала несколько выше, чем в равнинной части заповедника.
В заповеднике три вида летучих мышей — ночницы (водяная и усатая) и северный кожанок. Интересной особенностью поведения этих животных в условиях длинного светового дня является охота за насекомыми не только в сумеречное время белой ночи, но и еще задолго до захода солнца.
Сезонные изменения в жизни природы хорошо прослеживаются на примере пернатого населения.
Долгая северная зима как бы вымораживает и мертвит тайгу. Однако всю зиму кочуют по тайге клесты, снегири, синицы. На Печоре три вида клестов: белокрылый, еловик и сосновик, который более редок. Стаи белокрылых клестов бывают очень многочисленны. Зимний день на севере короток. Всего за несколько часов большинству животных надо успеть «накормиться» на долгую ночь. Ощипывают на любимых кормовых соснах хвою глухари, роняя обломки веточек в снег. Шишку за шишкой долбит большой пестрый дятел. Черный дятел, желна, который более характерен для темнохвойного района заповедника, раздалбливает кору пораженных вредителями елей и сосен, добывая личинок. Седой дятел очень часто раскапывает муравейники большого рыжего лесного муравья, добираясь до зимующих насекомых. Обшаривают стволы и ветки деревьев в поисках корма стайки синиц: буроголовых и сероголовых гаичек, московок, длиннохвостых. Иногда к ним присоединяются поползни и пищухи. На лесных полянах и по окраинам болот сторожит зайцев-беляков белая сова, которая залетает на территорию заповедника довольно часто, однако, по-видимому, не гнездится.
В начале марта вылетают на места токовищ глухари. Огромные птицы чертят крыльями, и их следы особенно хорошо видны на свежем снегу, присыпавшем ночной наст. Тетерева, как правило, токуют на болотах. В марте с самолета можно заметить среди ровного заснеженного болота вытоптанное место. Здесь и находится токовище тетеревов.
Одной из первых перелетных птиц появляется в начале апреля в Якше пуночка. Дата ее прилета считается датой наступления весны. Вслед за пуночкой прилетают скворцы, рогатые жаворонки, лапландские подорожники. В апреле начинается массовый пролет.
С теплом на реке появляются забереги. Средняя дата вскрытия Печоры у Якши — 5 мая, но могут быть колебания от 13 апреля до 19 мая. В зависимости от погодных условий смещаются и сроки наступления массового пролета птиц. Это незабываемое явление. Из более чем 200 видов птиц около 170 — пролетные. От появления первого пролетного вида — пуночки до последнего — стрижа проходит более полутора месяцев. Массовый же пролет длится около месяца, с 22—23 апреля по 20—25 мая.
Во второй половине апреля пролетает основная масса птиц. В лесу постоянно можно встретить дроздов: деряб, рябинников, певчих, белобровиков. Почти одновременно появляются зяблики и юрки. По вечерам слышна песенка зарянки. Над Печорой кружатся серебристые и сизые чайки. Иногда виден беркут, летящий к северу. Он изредка гнездится на территории заповедника, устраивая гнезда на вершинах старых сосен и лиственниц или, что бывает реже, на верхней площадке триангуляционной вышки. На всей территории заповедника бывает два-три гнездовья этого вида, занесенного в Красную книгу СССР.
Среди куликов первыми появляются в начале апреля кулик-черныш, перевозчик и большой улит. Их можно встретить в течение всего летнего периода на любой речке заповедника. Средний кроншнеп, также один из обычных куликов, гнездится на больших болотах. Гнезд большого кроншнепа, который постоянно отмечается на пролетах, в заповеднике не найдено. По речным берегам во время пролета встречаются фифи, чибисы, зуйки-галстучники. Большие стаи турухтанов проносятся над Печорой и Илычем, иногда останавливаясь на больших болотах. Редко, не каждый год, появляется кулик-сорока. Над болотами и заболоченными сосняками токуют бекасы. Иногда можно наблюдать тягу вальдшнепов вдоль речных стариц над березовым мелколесьем, но эти кулики в заповеднике редки.
Начало ледохода и время после него — период массового пролета уток. Невозможно себе представить очистившиеся ото льда Печору или Илыч без утиных стай. Преодолев низкий водораздел между Камским и Печорским бассейнами, который проходит в двух десятках километров южнее самого южного изгиба Печоры, пролетная масса утиных стай «натыкается» на полноводную ленту Печоры и оседает на ней. В вёсны, когда реки уже вскрылись, а морозы и холода еще не отступили, вся масса пролетных птиц держится на русле Печоры: чирки-свистунки, шилохвости, кряквы, свиязи, широконоски, гоголи, лутки, большие крохали. Несколько позднее появляются чирки-трескунки. Высоко в небе слышен переклик лебедей, гомон белолобых гусей и гуменников. Редко появляется краснозобая казарка. Синьга и турпан летят последними. В теплые дни, обычно 24—26 мая, появляются эти непугливые утки, издалека похожие на черные головешки на воде.