По современным оценкам флора сосудистых растений России составляет 11400 видов, причем ее инвентаризация далеко неполна. В Красную книгу внесено 440 видов покрытосеменных, 11 видов голосеменных и 10 видов папоротникообразных растений, то есть 4% флоры. Эксперты считают, что реально той или иной степени опасности подвергается не менее 2 - 3 тыс. видов сосудистых растений. Обилие видов сосудистых растений, внесенных в Красную книгу России достаточно оригинально. Помимо максимумов в центрах повышенного биологического разнообразия, куда заходят виды с сопредельных территорий (Кавказ, горы юга Сибири, Приморье, Сахалин и Курилы), имеются и региональные центры, не имеющие аналогов у других групп. Повышенное число редких видов растений характерно для степной зоны (обычно 15 - 30 видов), что, безусловно, обусловлено ее глубокой антропогенной трансформацией. Локальный максимум существует на Чукотке (11 видов) за счет проникновения сюда ряда американских видов, а также на южных берегах Финского залива и его остовах (27 видов), где произрастает значительное число западноевропейских растений. На огромных пространства Северной Сибири редких видов растений неизвестно. Максимальное число редких видов растений наблюдается в Приханкайской низменности - 66 и на западной оконечности российской части Кавказа - 65.
Фауна беспозвоночных животных России до сих пор изучена очень слабо. Практически по всем классам мы имеем лишь оценку общего числа видов. В настоящее время число видов беспозвоночных России оценивается в 135,2 тыс., из которых на членистоногих приходится 120 тыс., в том числе на насекомых - 100 тыс. В первом издании Красной книги России было 49 видов беспозвоночных животных, в списке ко второму изданию - уже 155. Однако, этот список скорее отражает уровень изученности отдельных групп беспозвоночных животных, чем реальную ситуацию с угрожаемыми видами. Так, из 128 видов насекомых 85 приходятся на жуков и бабочек - безусловно, наиболее изученных и заметных насекомых. С другой стороны, в списке отсутствуют паукообразные, хотя уязвимость этих животных при пестицидном загрязнении среды известна. Поэтому данный список представляет собой первое приближение к выявлению реальной картины уязвимой фауны беспозвоночных России.
Позвоночные животные России изучены несоизмеримо лучше, по всем классам мы имеем достаточно надежные инвентаризации фаун. В фауне России (за исключением морских рыб) отмечено 1471 вид позвоночных животных, их которых 270 видов (18,4%) предполагается внести во второе издание Красной книги России.
Круглоротые. В России обитает всего 8 видов этого класса, но это 40% его видового разнообразия.
Все виды миног, населяющие Европейскую часть России, находятся под угрозой. В Красную книгу предполагается внести 4 вида.
Рыбы - наименее изученный класс позвоночных животных России. В пресных водах встречается 269 видов рыб, в прибрежных морских водах - еще не менее 400 видов. Но это составляет всего около 2% видового разнообразия класса. 22 вида пресноводных рыб (8.2%) встречаются только в России.
В первом издании Красной книги России было включено 9 таксонов, во второе предполагается включить уже 44 таксона рыб. Следует отметить, что так, как российская ихтиология развивалась прежде всего на изучении рыбных промыслов, для нее характерен подход по “стадам” рыб - то есть подвидам и таксонам еще более низкого ранга. Так рыбы, особенно ценные в промысловом отношении, и включались в Красную книгу. Три таксона российских рыб (атлантический осетр, сахалинский осетр и белорыбица) внесены в Красную книгу Международного Союза Охраны Природы и Природных Ресурсов (МСОП), то есть имеют мировой статус охраняемости. Наибольшее количество таксонов рыб, предложенных к включению во второе издание Красной книги России обитает в реках Каспийского и Азово- Черноморского бассейнов.
Амфибии и рептили слабо представлены в фауне России. 27 видов амфибий дают лишь 0,6% видового богатства класса, 75 видов рептилии - 1,2%. Эндемиков России в этих классах нет. Но именно благодаря тому, что основная масса видов этих классов заходит в Россию лишь краем ареалов, многие из них внесены в Красную книгу. Во втором издании Красной книги будут представлены 8 видов амфибий (4 тритона и 4 вида бесхвостых - 29,6% фауны) и 21 вид амфибий (2 вида черепах, 6 - ящериц и 13 - змей, 28,0% фауны).
Амфибии и рептилии Красной книги России распространены почти исключительно на границах страны, давая максимумы разнообразия на западе и востоке Кавказа, а также юге Приморья. Исключение составляет лишь гадюка Никольского, заселяющая лесостепь и широколиственные леса Европейской России.
Птицы - наиболее изученный класс животных России. Их фауна состоит из 732 видов, что составляет 7,6% видового разнообразия класса. 515 видов (70,4%) гнездится, остальные - залетают или зимуют. 1 вид никогда не наблюдался за пределами России, еще 27 гнездится только здесь. Таким образом, по принятым у орнитологов критериям, уровень эндемизма фауны составляет 5,4%.
Будучи хорошо заметны, а гнездовой период уязвимы, птицы нередко сильно страдают от антропогенного воздействия. К включению в Красную книгу России предполагается 123 вида птиц (16,8% фауны), из которых 30 видов (4,1%) внесены в Красную книгу МСОП.
Распространение редких птиц в общем сходно с общим биоразнообразием. Максимум видав (32) встречается в Приханкайской низменности. По 20-25 видов свойственно для различных районов Кавказа и Предкавказья, 15 - 20 видов - для гор юга Сибири.
Млекопитающие России также хорошо изучены. Их фауна состоит из 320 видов, что составляет лишь 7% видового разнообразия класса. 22 (6,9%) вида эндемичны для России.Во второе издание Красной книги России предполагается внести 65 видов (20,3%) млекопитающих, что свидетельствует о неблагоприятной ситуации для популяций зверей в России. 39 видов внесены в Красную книгу МСОП.
Редкие виды млекопитающих сосредоточены почти исключительно в Приморье, на Кавказе и в горах юга Сибири. Вне этих территорий нет регионов, где обитало бы более 3 редких видов, а огромные пространства тайги и тундры вообще таковых не имеют. Максимально разнообразие в Приморье - до 9 видов, на Кавказе - до 8, на юге Сибири - до 6.