Река Селенга. Гидробиологические наблюдения за фитозоопланктоном, зообентосом и пигментами микроводорослей проводились в 4 пунктах (8 створах) ОГСН от пос. Наушки до с. Кабанск. В целом в 2003 г. качество воды в Селенге, по всем показателям, значительно не отличалось от показателей 2002 г., несмотря на более низкие уровни в июне-июле. В целом воду р. Селенги можно отнести к III классу.
Река Джида. Оценка качества воды и грунта водотока проводилась по состоянию фитозоопланктона и зообентоса и пигментов микроводорослей. В фитопланктоне доминировали виды родов: Cymbella, Gomphonema, Cocconeis, Cyclotella, Nitzschia, (ксено-бета, олигобета, бета, альфа сапробы), средний индекс сапробности был 1,84, что соответствует Ш классу. По состоянию гидробионтов качество вод, в 2003 г., оценивалось III - II классами.
Река Чикой. Оценка качества воды и грунта водотока проводилась по состоянию фитозоопланктона и зообентоса и пигментов микроводорослей. В фитопланктоне определяющими формами выступали диатомеи рр. Cymbella, Navicula. Качество воды (ИС -1,57-1,89) в сравнении с 2002 г. не изменилось и соответствовало III классу. По трем показателям в 2003 г. качество воды р. Чикоя повысилось ("умеренно загрязненные" - "чистые").
Река Хилок. Наблюдения проводились за состоянием фитозоопланктона, зообентоса и пигментов. В фитопланктоне доминировали диатомеи родов Cyclotella, Cymbella, Nitzschia, Navicula. В фитоценоз входили и протококковые водоросли рода Сyclotella - показатели высокого содержания биогенов в воде. Индекс сапробности за сезон колебался в пределах 1,64- 1,83. Качество воды соответствовало III классу как и в 2002 г. Зоопланктон 2003 г. качественно был разнообразнее, чем в 2002 г. Таким образом, качество поверхностных вод по сравнению с 2002 г. ухудшилось и соответствовало III класу - ("умеренно загрязненные").
Река Уда. Качество воды водотока оценивалось по состоянию фитопланктона, зоопланктона, зообентоса и пигментов выше г. УланУдэ и в устье. В 2003 г. качество воды не изменилось на фоновом створе (II-III класс) и несколько улучшилось в устьевом (II-III класс).
Река Большая Речка. (является эталоном чистого водотока). Качество воды, водотока оценивалось по состоянию фитопланктона и зообентоса в створах выше ст. Посольская фон и в 1,8 км от устья. В фоновом створе на протяжении многих лет (1985-2003 гг.) встречаются постоянно микроводоросли - диатомеи (ксенон, олиго, бета сапробы) и организмы бентофауны - (оксифильные поденки, ручейники), что указывает на благополучное состояние биоты (II класс - "чистые"). Как и в 2002 г., качество воды в фоновом створе относится ко II классу, в устье - II-III классам.