Осуществление трансмутации металлов и составило основную задачу алхимии на протяжении всего её существования. Первые описания способов изготовления сплавов, подобных благородным металлам, имеются уже в работе Болоса; в частности, там описывается приготовление латуни – жёлтого сплава меди с цинком, каковой сплав, по мнению Болоса, являлся золотом. Ещё одно дошедшее до нашего времени сочинение александрийского периода – энциклопедия, которую около 300 г. написал Зосим Панополит. В этой книге, представляющей собой производственные рецептуры, обильно сдобренные мистикой, им сведены все знания по алхимии, собранные за предыдущие пять или шесть веков. Зосим определял алхимию как искусство делания золота и серебра, причём особо указывал на запрет разглашения тайн этого искусства.
Помимо упомянутых собраний рецептур, от александрийского периода осталось также и множество герметических текстов, представляющих собой попытку философско-мистического объяснения превращений веществ, к числу которых относится и знаменитая книга "Изумрудная скрижаль" ("Tabula smaragdina") Гермеса Трисмегиста. В целом следует отметить, что об александрийском этапе алхимии известно очень мало, т.к. Александрийская библиотека была практически полностью уничтожена. Кроме того, римский император Диоклетиан, дабы исключить возможность получения дешёвого золота, приказал уничтожить все труды по алхимии
Утверждение христианства в качестве государственной религии Римской империи при императоре Константине (285-337) привело к ещё большим гонениям на алхимию, пронизанную языческой мистикой и в силу этого, безусловно, являющуюся ересью. Поскольку средоточением естествознания и античной философии являлась Александрийская академия, она неоднократно подвергались разгромам фанатиками-христианами. В 385-415 гг. были разрушены многие здания Александрийской академии, в т.ч. и храм Сераписа. В 529 г. римский папа Григорий I запретил чтение древних книг и занятие математикой и философией; христианская Европа погрузилась во мрак раннего средневековья. Формально Александрийская академия прекратила свое существование после завоевания Египта арабами в 640 г. Однако научные и культурные традиции греческой школы на Востоке сохранялись какое-то время в Византийской империи (крупнейшая коллекция алхимических рукописей хранится в Библиотеке Святого Марка в Венеции), а затем они были восприняты арабским миром.
Гермес, в греческой мифологии вестник олимпийских богов, покровитель пастухов и путников, бог торговли и прибыли. Сын Зевса и Майи, Гермес родился в Аркадии в пещере горы Киллены. Еще будучи младенцем, он ухитряется украсть коров у Аполлона. Коровы возвращают хозяину, но Гермес из панциря черепахи изготовил впервые семиструнную лиру и музыка его звучит так чарующе, что Аполлон дает ему коров в обмен на лиру. Гермес в придачу к лире вручил и свирель, за что Аполлон подарил ему волшебный золотой жезл и научил гадать. Жезл Гермеса обладает силой усыплять и пробуждать людей, примирять враждующих. Другой непременный атрибут Гермеса — волшебные крылатые золотые сандалии. Благодаря хитрости и обману Гермес освобождает Ио от Аргуса, надев шлем Аида, побеждает гигантов. Искусство плутовства он передает своему сыну Автолику. Другой сын — Пан — выступает как воплощение пастушеской ипостаси Гермеса.
Гермес одинаково вхож в мир живых и мертвых, он является посредником между людьми и богами, между людьми и обитателями аида. Он нередко выступает как покровитель героев: матери Фрикса и Геллы Нефеле он вручает златорунного барана, Персею — меч, своему потомку Одиссею открывает тайну волшебной травы, спасающей от колдовства Цирцеи. Он умеет открывать любые узы, помогает Приаму проникнуть в стан ахейцев к Ахиллу.
Гермес в поздней античности почитался как Трисмегист (отождествленный с египетским Тотом ), с которым связывались оккультные науки и герметические (т. е. закрытые) сочинения. Отсюда произошли герметизм и герменевтика. Гермес — бог-олимпиец, но его образ восходит к божеству догреческого, возможно, малоазийского происхождения. Его имя производят от наименования древних фетишей-герм — каменных столбов или груд камней, которыми отмечали места погребений, дороги, границы. В Древнем Риме с Гермесом отождествляли Меркурия.
Тот, древнеегипетский бог, покровитель алхимии. Тот – в древнеегипетской мифологии бог луны, мудрости, письма и счёта, покровитель наук, писцов, священных книг и колдовства. Центром культа Тота был г. Гермополь Великий.
Как бог ночного светила, считался "наместником Ра", когда тот ночью ходил по преисподней; как бог времени, был покровителем долголетия, престолонаследия и вообще наследства, богом мер и весов, правосудия и правды; как бог премудрости – изобретателем иероглифов, автором священных книг, магом, богом библиотек, присутственных мест, покровителем ученых и чиновников, учредителем финансов, словом – виновником и покровителем государственного и мирового порядка. Он был визирем у Осириса и Гора, когда те правили Египтом, был секретарем и вестником богов; на загробном суде Осириса Тот ведал записью деяний умершего. В мире богов Тот являлся судьей между Гором и Сетом, присутствовал при мироздании и своими изречениями содействовал расчленению хаоса.
Поздние египетские тексты величают Тота "сердцем Ра", "гортанью Амона", "владыкой времен"; постоянный эпитет Тота – "владыка словес бога" – указывает на него, как на носителя откровения, посредника между верховным божеством и миром.
Эпитеты "дважды великий" и "трижды величайший", появляющиеся в поздние эпохи египетской культуры, перешли в греческую письменность в форме Ερμής ο Τρισμέγιστος, которую стали прилагать и к отожествленному с Тотом Гермесу. Изображался Тот в виде ибиса или павиана, а также человека с головой ибиса.
Арабская и восточная алхимия
Византия IV века была рассадником алхимических идей в Европе. После завоевания арабами Египта в VII веке они принесли наследие александрийской школы в завоеванную ими Испанию, которая стала вторым после Византии источником распространения алхимических идей в Европе. Греческая теория первоэлементов и египетская технология трансмутации встретились в древней Александрии и были развиты арабским алхимиками (Джабир ибн Хайян, Абу Бакр Мухаммед ибн Закария Ар-Рази и др.). Summa Perfectionis арабского алхимика Джабира (1-я половина VIII века) известна как первый дошедший до нас классический труд по практической алхимии.
В VII веке началось победоносное шествие новой мировой религии – ислама – что привело к созданию огромного Халифата, включившего в себя Малую и Среднюю Азию, Северную Африку (включая, разумеется, и Египет) и юг Пиренейского полуострова в Европе. Арабские халифы, подражая Александру Македонскому, покровительствовали наукам. На Ближнем Востоке – в Дамаске, Багдаде, Кордове, Каире – были созданы университеты, на несколько столетий ставшие главными научными центрами и давшие человечеству целую плеяду выдающихся учёных. Слово khemeia преобразовалось в арабском языке в al-khimiya, давшее название описываемому этапу. Влияние ислама в арабских университетах было сравнительно слабым; кроме того, изучение трудов античных авторов не противоречило трём обязательным исламским догматам – вере в Аллаха, в его пророков и загробный суд. Благодаря этому на Арабском Востоке могли свободно развиваться научные представления, в основе которых лежало научное наследие античности, в том числе и александрийская khemeia.
Теоретической основой арабской алхимии стало учение Аристотеля и его идея о взаимопревращаемости элементов. Однако для интерпретации опытных данных, касающихся свойств металлов, теория Аристотеля оказалась не слишком удобной, поскольку описывала, прежде всего, физические свойства вещества. Арабский алхимик Айюб ал Рухави (769-835) давал следующее весьма громоздкое и туманное объяснение свойств металлов, основанное на аристотелевом учении: "Золото содержит больше влажности, чем серебро, поэтому оно более ковко. Золото жёлтое, а серебро белое, т.к. первое содержит больше тепла, а второе – больше холода. Медь суше, чем серебро или золото, и её цвет более красен, т.к. она теплее. Олово более влажно, чем серебро или золото, так же обстоит дело и со свинцом. Это объясняет, почему они так легко плавятся на огне. Больше всего влажности в ртути, поэтому она, подобно воде, испаряется на огне.
Что касается железа, то оно землистее и суше, чем все остальные, … и оно с трудом поддаётся действию огня и не плавится, подобно другим, если только плавящая сила не приведена в тесное соприкосновение с ним". Развитие алхимической практики потребовало создания новой теории, основанной на химических свойствах веществ.
Абу Муса Джабир ибн Хайян (721-815), в европейской литературе известный под именем Гебер, разработал ртутно-серную теорию происхождения металлов, которая составила теоретическую основу алхимии на несколько последующих столетий. Джабир ибн Хайян создал теорию, призванную более конкретно объяснять свойства металлов (в частности, такие, как блеск, ковкость, горючесть) и обосновывать возможность трансмутации. Следует особо отметить, что ртутно-серная теория представляла собой попытку теоретического обобщения опытных данных в достаточно частном вопросе, не претендуя на всеобщность объяснения. Это в корне отличает её от классических натурфилософских учений. Суть ртутно-серной теории состоит в следующем.
В основе всех металлов лежат два принципа – Ртуть (философская Ртуть) и Сера (философская Сера). Ртуть является принципом металличности, Сера – принципом горючести. Принципы новой теории, таким образом, выступают как носители определённых свойств металлов, установленных в результате экспериментального изучения действия высоких температур на металлы. Важно отметить, что на протяжении многих веков принималось, будто действие высоких температур (метод огня) есть наилучший метод для упрощения состава тела. Следует подчеркнуть, что философская Ртуть и философская Сера не тождественны ртути и сере как конкретным веществам. Обычные ртуть и сера представляют собой своего рода свидетельства существования философских Ртути и Серы как принципов, причём принципов скорее духовных, нежели материальных. Металл ртуть, по мнению Джабира ибн Хайяна, представляет собой почти чистый принцип металличности (философская Ртуть), содержащий, тем не менее, некоторое количество принципа горючести (философской Серы).