Изучение химизма живой природы происходило в недрах динамической биохимии, предметом которой стали химические процессы, происходящие в живом организме.
Исторические корни динамической биохимии являются довольно глубокими. История изучения брожения – типичный пример исследования живой природы. В нем как в зеркале отразились все трудности и все перипетии проникновения в тайны живого. Надежды Берцелиуса на особые функции катализа в жизнедеятельности организмов, гениальные предвидения Пастера о различии между бесклеточным брожением и ферментативной деятельностью дрожжевых клеток, и, наконец, открытие белковой основы ферментов и их глубокой дифференциации.
Исследование явления брожения явилось программой развития энзимологии (ферментологии), как стержневой области знаний о процессах жизнедеятельности. Эти исследования выявили две противоположные точки зрения на биокатализ вообще. Их условно можно назвать химической и биологической.
Химическая концепция брожения, базирующаяся на успехах препаративного органического синтеза, в тенденции сводила весь биокатализ к обычному химическому катализу.
Несмотря на значительные упрощения в познании действительности, ее заслуги в развитии энзимологии велики. Именно она помогла установить многие положения, прочно вошедшие в современную энзимологию, а именно:
аналогию между биокатализом и катализом, между ферментами и катализаторами;
положение о наличии в ферментах двух неравноценных компонентов – своего рода активных центров и носителей;
заключение о важной роли ионов переходных металлов в активных центрах многих ферментов;
вывод о распространении на биокатализ законов химической кинетики;
сведение в отдельных случаях биокатализа к катализу неорганическими реагентами (гидролиз крахмала до глюкозы в присутствии серной кислоты).
Биологическая концепция на первых этапах развития энзимологии не имела таких веских экспериментальных доказательств, какие находились под химической концепцией. Самой фундаментальной опорой биологической концепции были труды Пастера, в частности, его прямые наблюдения за деятельностью молочно-кислых бактерий, открытие им маслянокислого брожения и существования анаэробиоза, т. е. способности микроорганизмов получать необходимую им энергию для жизнедеятельности путем брожения.
Открытая Пастером строгая стереоспецифичность живой природы, позволила ему сделать вывод об особом уровне материальной организации ферментов. О достоверности и перспективности идей Пастера свидетельствуют сегодня и химия, и биология. И именно неклассические формы – эволюционный катализ и молекулярная биология.
С одной стороны, получен вывод о том, что состав и структура биополимерных молекул представляют единый стандартизованный набор для всех живых существ, вполне доступный для исследования физическими и химическими методами, что указывает на единство физико–химических законов, управляющих как абиогенными процессами, так и процессами жизнедеятельности.
С другой стороны, была показана исключительная специфичность живого, которая проявляется не только в высоких уровнях организации клетки, но и в поведении фрагментов живых систем на молекулярном уровне, где находят отражение закономерности других уровней.
Специфичность молекулярного уровня живого проявляется в следующем: в существенном различии принципов действия катализаторов и ферментов, в различии механизмов образования полимеров и биополимеров, (их структура определяется генетическим кодом) и, наконец, в совсем не-обычном факте: некоторые реакции окисления-восстановления в клетке «могут происходить без непосредственного контакта между реагирующими молекулами». Это говорит о том, что в живых системах осуществляются такие типы химических превращений, которые не были обнаружены в неживом мире.
Утверждения Пастера оказались достоверными и ведут надежными путями к действительному освоению каталитического опыта живой природы.
5.3 Пути освоения каталитического опыта живой природы
Перспективными путями освоения опыта живой природы представляются те, которые ведут к определенным практическим результатам - к созданию промышленных аналогов химических процессов, происходящих в живой природе.
Первый из этих путей – это развитие исследований в области металлокомплексного катализа с постоянной ориентацией на соответствующие объекты живой природы. Ныне реализовано более 40 многотоннажных промышленных процессов с участием металлокомплексных катализаторов. Сегодня металлокомплексный катализ постепенно обогащается такими приемами, которыми пользуются живые организмы в ферментативных реакциях, а также приемами гетерогенного катализа.
Второй путь, ведущий к решению конкретных задач освоения каталитического опыта живой природы, заключается в определенных успехах моделирования биокатализаторов. В. ангенбеку, Л.А. иколаеву и другим исследователям путем искусственного отбора удалось построить модели многих ферментов, характеризующиеся высокой активностью и селективностью, иногда почти такой же, как и у оригиналов. Но ни одна до сих пор полученная модель не в состоянии заменить природные аналоги. Этот вывод не так уж пессимистичен. Речь идет о замене биокатализаторов в биосистеме искусственной моделью. Такая задача очень трудная, она сравнима с задачей создания искусственных органов.
Фермент можно выделить из живой системы, можно точно определить его структуру. Фермент можно ввести в реакцию и заставить осуществлять каталитические функции. Но при этом оказывается, что он работает всего лишь несколько минут. Во время работы он разрушается. Цельная клетка со всем ее ферментным аппаратом – более важный объект, чем одна, грубо удаленная деталь. Биокатализ нельзя отделить от проблемы биогенеза, происхождения жизни, и какими бы трудными не казались эти вопросы, у исследователя ничего другого не остается.
Третий путь к освоению «приемов», которыми пользуется живая природа в своих «лабораториях» in vivo, состоит в значительных достижениях химии иммобилизованных систем.
«Техническая биохимия» не могла пойти далее нескольких ограниченных областей промышленности, где применяются преимущественно гидролитические ферменты, выделяемые микроорганизмами. Эти области – производство вин, пива, чая, хлеба и некоторых пищевых продуктов, обработка кожи. Все попытки использовать богатейший набор ферментов, которым располагает природа, для осуществления лабораторных и промышленных процессов наталкивались на неразрешимые проблемы:
трудную доступность чистых ферментов и их высокую стоимость;
их нестабильность при хранении и транспортировке;
быстро наступающую потерю их активности в работе, даже если удалось их выделить и ввести в реакцию.
В настоящее время эти проблемы удалось частично решить. Открыты пути стабилизации ферментов, и именно это обстоятельство стало основанием химии иммобилизованных систем, или «биоорганического катализа». Сущность иммобилизации состоит в закреплении выделенных из живого организма ферментов на твердой поверхности или в геле, что обеспечивает его стабильность и непрерывное действие в условиях in vitro. Решены вопросы использования иммобилизованных ферментов в тонком органическом синтезе, в трансформации стероидов, в модификации малостабильных состояний, в разделении рацематов на оптически активные формы. Изучаются перспективы ферментативного обезвреживания сточных вод.
Следующий, четвертый, путь в развитии исследований, ориентированных на применение принципов биокатализа в химии и химической технологии, характеризуется постановкой самой широкой задачи – изучением и освоением всего каталитического опыта живой природы, в том числе и опыта формирования самого фермента, клетки и даже организма. Это такая ступень, на которой возникают основы эволюционной химии, как пролога к принципиально новой химической технологии, способной стать аналогом живых систем.
5.4 Предпосылки возникновения эволюционной химии
Первым практическим поводом к осознанию необходимости изучения химической эволюции явились исследования в области моделирования биокатализаторов. Представляя собой, искусственный отбор каталитических структур, изыскания в этой области не могут не ориентироваться на естественный отбор, который осуществляла природа на путях эволюции от неорганической материи к живым системам.
Вторым и главным поводом к развитию исследований в области эволюционной химии являются реально ощутимые успехи «нестационарной кинетики», или динамики химических систем.
В 1960-х годах были открыты случаи самосовершенствования катализаторов в ходе реакции, тогда как обычно катализаторы в процессе их работы дезактивировались, ухудшались и выбрасывались.
5.5 Понятия «организация» и «самоорганизация» и их познавательные функции в химии
Понятия «организация» и «самоорганизация» имеют очень широкое распространение во многих отраслях знаний и обычно характеризуются как общенаучные понятия. Они обозначают упорядоченность существования качественно изменяющихся, или процессуальных систем. В отличие от понятия «организация», «самоорганизация» отражает законы такого существования динамических систем, которое сопровождается их восхождением на все более высокие уровни сложности и системной упорядоченности.
Существует два разных подхода к проблеме самоорганизации предбиологических систем. Это называемые «субстратный» и «функциональный» подходы.
К первому из них относят те теории происхождения жизни, отправным пунктом которых является строго определенный состав элементов – органогенов и не менее определенная структура входящих в живой организм химических соединений. Рациональными результатами субстратного подхода к проблеме биогенеза, является накопленная информация об отборе химических элементов и структур.