III вселенский собор, состоявшийся в 431 г. в г. Эфес, начал свою работу еще до того, как туда прибыли все сторонники Нестория. Кирилл поспешил воспользоваться численным превосходством александрийцев и потому открыл заседание собора вопреки протестам личного представителя императора, который требовал дождаться приезда антиохийцев. В итоге, собор осудил Нестория и его учение заочно.
Этот вердикт не был признан значительной частью сирийских христиан, за которыми с того времени закрепилось наименование «несториан». Спасаясь от преследований, они вынуждены были искать убежища в Персии, а в дальнейшем, когда сасанидские правители предприняли гонения против христиан, несториане направились в страны Центральной Азии и Дальнего Востока. Здесь они развернули активную и весьма плодотворную миссионерскую деятельность, в результате которой христианство несторианского толка приняли уйгуры, найманы, кераиты и другие кочевые племена. Позже, в XIII веке, известия о наличии в Центральной Азии большого числа приверженцев христианства, дошли до Европы в виде легенды о существовании на востоке некоего могущественного «Царства Иоанна Пресвитера». Желание установить союз с этой державой с целью организации совместного крестового похода стало причиной организации двух дипломатических миссий в Монголию - Плано Карпини (1245 - 1246) и Гильома Рубрука (1249). В настоящее время несторианство исповедуют айсоры - небольшой народ, ведущий свою историю от древних ассирийцев и проживающий в виде небольших компактных общин в нашей стране и в Закавказье.
Победа на Эфесском соборе отнюдь не рассматривалась александрийскими иерархами в качестве конечной цели. Преемник Кирилла Диоскор, еще более фанатичный и властолюбивый, чем его предшественник, стремился к полному и окончательному искоренению любого инакомыслия в церкви, а в конечном итоге - к распространению власти александрийского патриархата на весь христианский мир. Через восемнадцать лет после Эфесского собора, в 449 г. он инициировал созыв нового вселенского собора с целью окончательного искоренения несторианской ереси и разгрома антиохийской школы. Об атмосфере, царившей на этом соборе (названном впоследствии «разбойничьим» и на этом основании исключенном из перечня вселенских соборов) весьма красноречиво говорит призыв, с которым обратился Диоскор к своим соратникам: «Разрубайте надвое тех, кто делит надвое природу Христа». Беззаконие и произвол, чинимые александрийскими вызвали всеобщее негодование в христианском мире. Враждебную позицию по отношению к Диоскору, претендовавшему на высшую власть в христианской церкви, заняла и римская курия. В довершение всего, испортились отношения александрийского патриарха и с государственной властью. Новый император Маркиан, в 450 г. сменивший на престоле Феодосия II, решил положить конец всевластию «фараонов». По его инициативе в следующем, 451 г. в г. Халкидон состоялся IV вселенский собор, предметом рассмотрения которого стали богословские взгляды «александрийцев». Его участники пришли к выводу, что, проповедуя учение о полном поглощении человеческого естества Христа его божественной природой, Кирилл и Диоскор извратили Никео-Цареградский символ веры. В определении Халкидонского собора это учение было названо «монофизитской ересью» (от слов mono - «одна» и fisio - «природа») и предано анафеме. Одновременно собор подтвердил решение Эфесского (III) вселенского собора об осуждении несторианства. Признав оба эти учения равно еретическими, собор принял догматическую формулу, согласно которой обе природы Христа - и божественная, и человеческая - пребывают в нем «нераздельно и неслиянно».
Тем не менее, Египетская, Сирийская и Армянская церкви отказались признать решения IV вселенского собора, что в значительной мере объяснялось не только сугубо религиозными, но политическими мотивами. Сепаратистские настроения местного населения проявлялись по отношению и к центральной власти, и к официальной церкви, которую они презрительно именовали «мелькитской», т.е. «царской». Поэтому на сугубо богословскую проблематику спора наслаивались политические противоречия между центром и периферией Византийской империи. Не случайно зачинщиками многих восстаний, вспыхивавших в восточных провинциях в V в. (Александрия - 451 г., Иерусалим - 458 г., Антиохия - 468 г.) были именно монофизиты.
Вплоть до наших дней верность монофизитскому учению сохранили Армянская, Коптская (Египетская), Эфиопская, Сиро-Яковитская и Малабарская (Индийская) церкви.
После 451 г. в целом завершается становление христианской ортодоксии. Но окончательное размежевание официальной церкви с несторианами, монофизитами и другими течениями в христианстве требовало осуществления ревизии церковных авторитетов. Это было необходимо из-за того, что в ходе христологических споров адепты «не-халкидонских» церквей нередко обосновывали свои взгляды ссылками на труды признанных и почитаемых учителей и отцов церкви. Наиболее остро встал вопрос об отношении церкви к наследию основателя александрийской школы Оригена, взгляды которого в значительной мере предопределили последующее развитие христианского богословия, но в некоторых аспектах оказались несовместимы с никео-царегадской догматикой. В частности, Ориген был сторонником осужденных впоследствии церковью учений о метемпсихозе (переселении душ), палингенезе (вечном возрождении мира) и апокатастасисе (воссоединении с Творцом отпавших от него духов). Помимо этого, в богословских трудах Оригена черпали вдохновение и ариане, и монофизиты, и многие другие еретики.
После долгих колебаний церковь все-таки склонилась к необходимости отмежеваться от богословского наследия Оригена, что было окончательно закреплено императорским эдиктом 543 года. Но такое решение вызвало резкое недовольство александрийских иерархов, увидевших в этом результат происков своих соперников - «антиохийцев». Обвинив власть в потакании скрытым несторианам, они потребовали издания аналогичного императорского указа с осуждением авторитетных учителей антиохийской школы - Феодора Мопсуэстийского, Ивы Эдесского и Феодорита Кирского. Дабы восстановить политическое равновесие, император Юстиниан согласился с требованием «александрийцев» и вслед за эдиктом, осуждающим Оригена, вышел так называемый указ «Три главы», содержавший осуждение трех названых выше деятелей антиохийской школы. Итог этой ревизии церковных авторитетов был подведен V вселенским собором, состоявшимся в Константинополе в 553 г.
Тем не менее, окончательное догматическое и каноническое размежевание с «не-халкидонитами» (несторианами и монофизитами) не решало политической проблемы раскола византийского общества. Тот факт, что восток империи оставался по преимуществу монофизитским всерьез волновал императорскую власть, поскольку именно эти территории долгие годы являлись театром военных действий в борьбе между Византией и Сасанидским Ираном. Кроме того, начиная с VI в. неуклонно возрастал удельный вес выходцев из восточных провинций (в первую очередь - армян) в византийской армии, что также вынуждало власть искать компромисс с монофизитами.
Эта проблема была переведена в плоскость реальной политики с приходом к власти императора Ираклия (610 – 641), считавшего разгром Ирана совей главной жизненной целью. В 610 г. он издает эдикт о вере, где впервые говорится о необходимости унии с монофизитами, а к 617 г. Ираклию удается привлечь на свою сторону патриарха константинопольского Сергия и папу римского Гонория. Завязывается оживленная переписка с главами монофизитских церквей, в ходе которой постепенно вырабатывается догматическая основа будущей унии: признавалось, что Иисус Христос обладает двумя природами (божественной и человеческой), но одной волей. По этим словам (monon - одна, qelhma - воля) сторонников компромисса между православием и монофизитством стали называть монофелитами.
В какой-то мере церковная политика Ираклия оправдала себя: ему удалось привлечь на свою сторону некоторую часть монофизитов, в первую очередь - из офицерского корпуса византийской армии, что позволило в 627 г. нанести Ирану сокрушительное поражение. В то же время большинство монофизитов так и не примкнули к унии с официальной церковью. Это дало повод противникам компромисса со стороны православной иерархии поставить под сомнение целесообразность самой унии, тем паче, что после победы над Ираном ее политическая необходимость уже вовсе не казалась столь очевидной.
Политическая близорукость этой позиции обнаружилась уже через 5 лет после разгрома Ирана, когда Византия стала жертвой арабской экспансии. Ненависть монофизитов к «мелькитам» была столь велика, что в арабах-мусульманах они видели меньшее зло и готовы были сдавать им города без всякого сопротивления. В итоге, в короткий срок Византия потеряла почти все свои владения в Северной Африке и на Ближнем Востоке, а к концу VII в. арабы стали совершать набеги и на Малую Азию. В свою очередь, это дало основание противникам унии говорить о коварстве монофизитов и требовать окончательного догматического осуждения монофелитства. Это решение принял VI вселенский собор, проходивший в Константинополе с ноября 680 по сентябрь 681 гг.
Сама идея унии была к этому времени уже столь серьезно дискредитирована с обеих сторон, что почти никто в христианском мире не выступил против предания монофелитов анафеме. Единственное исключение составили мардаиты - потомки исаврийских горцев, переселенных некогда Ираклием в Ливан для несения пограничной службы. Получив от этого императора значительные привилегии, они почитали его своим благодетелем и поэтому отказались присоединиться к осуждению его детища. По названию своего главного религиозного центра - монастыря Св. Марона ливанские монофелиты стали именоваться маронитами. В течение нескольких веков они продолжали оказывать сопротивление арабам, а с приходом в Ливан крестоносцев активно поддержали последних. Тогда же, в 1182 г. часть маронитов заключила унию с Римско-католической церковью. Окончательный отказ маронитов от монофелитской догматики произошел позже, когда в течение XIV-XVI вв. было заключено еще несколько соглашений об унии с Римом. Таким образом, современные ливанские марониты сохраняют лишь обрядовые и канонические традиции монофелитской церкви VII-XII вв.