Ферапонтов монастырь вырос меж двух озер, на месте, облюбованном преподобным Ферапонтом. И сегодня, глядя на белые церкви обители, отражающиеся в озерной глади, нельзя не согласиться с основателем обители: «Весьма красно место то и угодно на жительство паче иных мест».
Исторически так сложилось, что датой основания Ферапонтова Белозерского монастыря считается 1398 год, когда прп. Ферапонт, сподвижник прп. Кирилла Белозерского, пришедший вместе с ним из Москвы в глухие северные земли, возымел желание идти на другое место и безмолствовать отдельно. Спросив о том с любовью совета у прп. Кирилла, преподобный Ферапонт удалился на пятнадцать верст от того места, где они прежде жили вместе, и, как гласит текст его жития, «обрете место близ озера Паское зовомо, другое же озеро повыше того — Бородавское, промеж их яко же стрелы вержение или мало множае; весьма красно место то и угодно на жительство паче иных мест, и возлюби е блаженный зело».
На этом-то «месте красне» устроил преподобный Ферапонт себе келью и стал постепенно расчищать пространство вокруг от деревьев и кустарника, чтобы завести здесь пашню и добывать себе пропитание («тем себе святый нужную кормлю управляя бяше на телесную потребу»). Скудна и неуютна была поначалу его жизнь меж Паским и Бородаевским озерами. Ночами рыскали и выли звери близ его смиренной кельи, а порой появлялись и разбойники, требуя имущества и грозя смертью. Но преподобный с терпением переносил все напасти, и звери не повредили ему, и разбойники отступили от него, видя, что взять в его келье нечего.
В скором времени начали приходить к преподобному Ферапонту люди, искавшие уединения от мира и спасения души. Это были, главным образом, местные крестьяне. Они строили себе кельи подле хижины святого и всецело поручали себя его духовному руководству. Очевидно, при. Ферапонт имел особый дар наставлять простые души. Сам не будучи искушенным книжником, «но душевную доброту и ум здрав стяжа», он достиг того, что насельники «самоорганизовавшейся» вокруг него общины беспрекословно слушались его и день ото дня все более возрастали духовно.
Но, заметим, монастырем в полном смысле этого слова община преподобного в описываемое время еще не являлась: в ней не было храма и священника. Лишь через десять лет после прихода прп. Ферапонта к Бородаев-скому озеру здесь выросла деревянная церковь в честь Рождества Пресвятой Богородицы. А некоторое время спустя в обитель пришел и священноинок. Богослужения в церкви стали регулярными, тогда же состоялись и первые монашеские постриги.
Преподобный основатель обители установил в ней строгий общежительный устав: все иноки трапезничали вместе (исключение делалось лишь для больных и престарелых), в кельях им дозволялось держать только книги, иконы и предметы, необходимые для рукоделия. Все без исключения работоспособные насельники были заняты на послушаниях: «инии книги пишут, друзии книгам учатся, инии сети плетут на рыбныя ловления, друзии келлии делают, дрова в магерницу и в хлебню и в трапезу, инии воду носяще и хлебы и варения приготовляют». Наемных работников в монастыре в то время еще не было.
Прп. Ферапонт сам показывал братии пример во всем. Дни он проводил в трудах, а ночи — в молитве. При этом, по смирению своему, игуменом монастыря он стать не согласился и всегда говорил: «Не я оградил святое место сие, но Пречистая Богородица; Она направит нас на полезное и заступит от всех бед».
Ферапонтов монастырь находился в вотчине можайского князя Андрея Дмитриевича. Князь, как доносит до нас предание, был весьма благочестив и всячески поддерживал юную обитель. Лишь об одном он горевал: зачем она так далеко от Можайска. Решив исправить это, он призвал к себе ее основателя и умолил его устроить близ Можайска еще один монастырь. В результате прп. Ферапонт окончил свои земные дни вдалеке от столь полюбившегося ему Белозерья.
История умалчивает о том, как жил Ферапонтов монастырь в первой трети XV века. Очевидно, после отхода из него прп. Ферапонта он на некоторое время как бы «замер» в своем развитии, не угасая, но и не расширяясь. Следующий важный этап в его судьбе связан с игуменством прп. Мартиниана, воспитанника прп. Кирилла Белозерского. Роль его в укреплении монастыря была столь велика, что в какой-то момент у обители преподобного Ферапонта появилось второе, «неофициальное», название — Мартемьянова обитель.
Сорок лет в общей сложности управлял Ферапонтовым монастырем прп. Мартиниан (хотя и не все это время являлся его игуменом). Неподдельным было горе братии, когда в 1447 году ему, по желанию князя Василия Темного (которого преподобный в свое время вместе с игуменом Кирилло-Белозерским благословил на борьбу с Дмитрием Шемякой), пришлось оставить обитель и стать игуменом монастыря преподобного Сергия Радонежского. Много доброго совершил он здесь, но управление подмосковной обителью, которую часто посещали князь и бояре, утомляло его. В 1455 году он вернулся на Белоозеро и еще потрудился довольно на благо Ферапонтова монастыря («И толико потрудися блаженный и подвиги показа на старость жительства своего, яко всем чудитися и дивитися прилежанию его и усердию яже по Бозе»).
При прп. Мартиниане Ферапонтов монастырь вступил в пору своего наивысшего материального и духовного расцвета. Об этом говорит, в частности, тот факт, что в это время из него вышло несколько епископов. Один из них, архиепископ Ростовский Иоасаф, будучи постриженником преподобного, в конце жизни вновь поселился в Ферапонтовой обители. Именно с его деятельностью связано строительство каменного собора Рождества Богородицы и приглашение прославленного иконописца Дионисия для оформления его интерьера. Строительство это было предпринято после большого пожара, уничтожившего все деревянные строения монастыря. Формирование каменного архитектурного ансамбля обители происходило на протяжении XVI—XVII веков. Сначала были построены Благовещенская церковь с трапезной палатой и Казенные кельи, а столетием позже — церковь преподобного Мартиниана, надвратная Богоявленская церковь и колокольня.
И во времена преподобного Мартиниана, и при его ближайших преемниках Ферапонтов монастырь славился «ученостью иноков». Здешняя библиотека была весьма богатой (уступая, пожалуй, лишь собранию рукописей Кирилло-Белозерского монастыря), а некоторые насельники достигли высокого мастерства в переписывании и переплетении книг. Большинство рукописей Ферапонтова монастыря датируется исследователями XVI веком. Очевидно, что этим периодом и ограничивается процветание письменности в обители. В XVII веке действительность ставила перед монастырем более серьезные задачи, чем пополнение книгохранилища.
В начале столетия Ферапонтов монастырь был разорен польско-литовскими и казацкими отрядами. Главной их целью являлся более обширный и богатый Кирилло-Белозерский монастырь, но, хорошо укрепленный, защищаемый многочисленной братией и мирянами, он оказался шайке разбойников не по зубам. Тогда они, ища легкой добычи, отправились грабить окрестности и, разорив близлежащие села и деревни, вышли к Ферапонтовой обители. Монахи знали об их приближении и, не имея возможности защищаться (здесь не было таких стен, как в Кирилло-Белозерском монастыре), постарались хотя бы надежно спрятать наиболее ценные вещи. По-видимому, единственное, что «воровские люди» сумели унести, — это черный бархатный покров с гробницы преподобного Мартиниана. Но, конечно, натешились и наизгалялись и над людьми (а на ту пору в обители находились не только иноки, но и местные жители, спасавшиеся от лютых захватчиков), и над святынями они вволю. После ухода разбойников из монастыря сюда из Кирилло-Белозерской обители прислали монастырского служку Григория Мороза, чтобы он разузнал, куда дальше отправились «воры». Он собственными глазами видел следы их хозяйничанья в монастыре, история сохранила до наших дней его свидетельство в пересказе монастырского летописца: «Был-де он в Ферапонтове монастыре, и на чюдотворцевой-де раки был бархат чорн, и тот-де бархат казаки взяли, и в церквах-де ходили, и Божии-де престолы обругали по церквам, и ворота-де и по кельям двери все призжены, и в кельях и в сенех лошади стояли, и хрестьян-де многих и жонок и девок мучили и огнем жгли, и жжоных крестьян многих видели мертвых».
Оправиться от польско-литовского нашествия монастырь так и не смог, хотя каменное строительство в нем продолжалось на протяжении всего XVII века. Доходы его в это время существенно сократились сравнительно с прошлым столетием, многие его богатые вкладчики и благотворители сами оказались разорены. В первой половине XVII века обители принадлежало два погоста, четыре села, два сельца и более пятидесяти деревень. Крестьяне платили монахам оброк хлебом и деньгами, но из-за всеобщего оскудения, явившегося следствием Смутного времени, оброк этот был очень и очень скромен. К концу столетия ситуация не исправилась, а даже наоборот. Так, в 1627 году в монастырской казне было «41 рубль 6 алтын 3 деньги», а в 1673 году — «4 рубля 9 алтын и 2 деньги». Причиной столь серьезного материального упадка послужил большой пожар, случившийся в 1666 году. В иные месяцы, как указывает автор обстоятельной книги о Ферапонтовом монастыре И. Бриллиантов, монастырский казначей принужден был занимать деньги у Патриарха Никона, находившегося в то время здесь в ссылке. Сам Никон также отмечает скудость монастыря: «Жизнь в Ферапонтовом монастыре скудная, вотчинка за ним небольшая, крестьянишки обнищали до конца».
В 1764 году, роковом для многих монастырей, обитель прп. Ферапонта не закрыли. Правда, в списке уцелевших «штатных» монастырей он занял последнее место. А в последующие годы здесь даже были предприняты некоторые ремонтные работы. Но в 1798 году монастырь все же расформировали. Монахов расселили по другим обителям. В древнем Ферапонтовом монастыре образовался приход.
В 1903 году монастырь стараниями игумений Таисии и с благословения отца Иоанна Кронштадтского возродился в качестве женской обители. К 1906 году в нем было уже 66 насель-ниц. Но недолгим оказался «второй век» монастыря. В 1918 году большевики расстреляли игуменью Серафиму (она приняла мученическую кончину вместе с епископом Варсонофием (Лебедевым)), а в 1924-м завершили разгром монашеской общины, изгнав из него всех сестер. Вскоре в монастыре открылся музей, но вплоть до середины 1970-х годов практически никакой реставрационной и — тем более — научной работы в нем не велось. Сейчас в монастыре по-прежнему музей, являющийся филиалом Кирилло-Белозерского музея-заповедника. Для богослужений верующим отдана над-вратная церковь.